樣本采集是進行各種研究的第一步，也是關(guān)鍵的一步，好的開始是成功一半，只有制備了合適的、滿足檢測條件的樣本才能保證實驗和分析更加準(zhǔn)確可靠?？梢杂脕碜龃x組學(xué)的樣本多種多樣，包括組織液、血清、血漿、尿液、唾液、腦脊液、關(guān)節(jié)液、淋巴液、糞便、唾液、植物器官、微生物細(xì)菌、細(xì)胞及其培養(yǎng)基以及真菌及其發(fā)酵液等。

目前還沒有一種通用的代謝組學(xué)樣本采集方法，不同的樣本有不同的特點，收集保存的方法不同，但是都必須要注意或遵循的原則有兩點，一是樣本冰凍后一定避免反復(fù)凍融，二是要防止樣本中的代謝物發(fā)生變化。