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爾云間生信代碼|基于穩(wěn)健排序整合算法對(duì)多數(shù)據(jù)集進(jìn)行整合及可視化

2022-08-23 16:10 作者:爾云間  | 我要投稿

科研有捷徑,輸入代碼,一鍵獲取科研成果!就是這么省事,來具體看下有多方便!

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數(shù)據(jù),規(guī)進(jìn),應(yīng),進(jìn)。關(guān)獻(xiàn)RRobustRankAggreg對(duì)個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)獨(dú),RRADEG個(gè)數(shù)據(jù)DEG。


穩(wěn)?Robust?rankaggregation,RRA,個(gè)RobustRankAggreg級(jí)簡(jiǎn),RRAaggregateRanks數(shù),aggregateRanks數(shù)實(shí)對(duì)個(gè),進(jìn)時(shí)。,個(gè)數(shù)據(jù)現(xiàn),。

結(jié)RRobustRankAggreg,個(gè)GSE數(shù)據(jù)達(dá)logFC個(gè)list個(gè)list,個(gè)GSE數(shù)據(jù)logFC,經(jīng)預(yù)設(shè),調(diào)調(diào),個(gè)數(shù)據(jù)調(diào),調(diào)top10

使用方法:

Rscript??RRA.R??-files=??-padj=??-logfc=


參數(shù)說明:

USAGE:

RRA.R??-files=-padj=-logfc=

PARAMETERS:

-files\tThe?results?name?of?differentially?expressed?genes?were?obtained?by?limma.

-padj?the?DEG?Threshold?padj,Default?value?0.05,string.

-logfc?the?DEG?Threshold?logFC,Default?value?1,string.


操作步驟

1、Rscript??RRA.R調(diào),

2、據(jù)數(shù)內(nèi)對(duì)數(shù)進(jìn)設(shè)。數(shù)3個(gè),-?files,使limma個(gè)GSE數(shù)據(jù)結(jié),'GSE7476.txt,GSE13507.txt,GSE37815.txt,GSE65635.txt';-padj?0.05,據(jù)調(diào);-logfc?1,據(jù)調(diào)。

3、數(shù),,個(gè)進(jìn)執(zhí)執(zhí)內(nèi)會(huì)。執(zhí),會(huì)Program?execution?is?completed<span data-raw-text="" "="" data-textnode-index-1661241119773="17" data-index-1661241119773="1118" class="character" style="margin: 0px; padding: 0px;">"結(jié)。


流程圖

結(jié)


1.調(diào)結(jié)Gene;logFC數(shù),P.Valuep,adj.P.Valp


2.調(diào)據(jù)設(shè)調(diào),Gene;logFC數(shù),P.Valuep,adj.P.Valp


3.調(diào)結(jié)Gene;logFC數(shù),P.Valuep,adj.P.Valp



4.調(diào)據(jù)設(shè)調(diào),Gene;logFC數(shù)P.Valuep,adj.P.Valp



5.調(diào)調(diào)數(shù),top10,GEO數(shù)據(jù)


經(jīng)請(qǐng)權(quán),轉(zhuǎn)使權(quán),轉(zhuǎn)權(quán)


如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B40”領(lǐng)?。?


寫在文末:

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