pubchem2D結(jié)構(gòu)chem3D轉(zhuǎn)化

chem3D最小結(jié)合能的優(yōu)化 ?MM2>minimize energy

run>另存為MOL2文件

或TCMSP中直接下載MOL2文件，進行最優(yōu)能量計算

2. pdb文件處理

? ? 由于解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)時應該盡量保持蛋白質(zhì)的天然狀態(tài)，或者需要在特定的生理生化反應中解析蛋白質(zhì)的瞬時結(jié)構(gòu)，因此pdb數(shù)據(jù)庫中很多蛋白的結(jié)構(gòu)都與其他的蛋白同時出現(xiàn)。這里給大家推薦一個云計算網(wǎng)站，其對于pdb文件的處理小工具是免費給公眾開放的，在保證了用戶友好的按鍵設置的情況下，功能絲毫不弱于同類型的免費軟件。

殷賦云計算工具網(wǎng)站：https://cloud.yinfotek.com/console/

殷賦云計算的小工具很實用

? ? 用這個小工具處理pdb結(jié)構(gòu)就十分簡單明了，并且基本可以實現(xiàn)所有的pymol功能?？梢匀コ蟮鞍讖秃衔锏膩喕?、可以去除溶劑分子與水分子、還可以去除一些可能造成干擾的小分子。 作者：THU-Bimo https://www.bilibili.com/read/cv11549183?from=search&;spm_id_from=333.337.0.0 出處：bilibili

進行分子對接，需要用pymol干什么呢？

（1）查看3D結(jié)構(gòu)
（2）如果是從PDB數(shù)據(jù)庫下載的蛋白和小分子的復合物（是晶體的話需要去除水分子），需要將蛋白和小分子分別提取出來，成為單獨的pdb文件。

(以下是搜索來的，親測可行)
讀取一個PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)，ID是3uf0
flie-get pdb- 填寫id- download，就會下載并顯示這個晶體了。

或fetch ID（PDB）

（1）去除水分子

PyMOL >remove solvent

（2）分離得到蛋白

PyMOL >remove organic
File-Export Molecule-save-r.pdb

這個是二聚體，AB鏈是一樣的，可以刪掉一條。用Notpad++打開pdb文件。

ye

也可以通過軟件進行刪除

首先點擊軟件右下角的顯示：將蛋白顯示類型顯示為chain，刪除多余的chain

（3）分離得到小分子

在pymol中打開晶體復合物，然后選中小分子（點一個原子就是選中）
file-save molecule-sele-p.pdb

增加H質(zhì)子：

鼠標A=action=hydrogen=add即可

(部分圖片來源于網(wǎng)絡)