雖然出道多年,但是熱度不減當年——甲基化思路分享

說起甲基化,那可是老朋友了,但是它老當益壯,從打出生以來,一直都是基金資助、臨床研究的多重熱點。近幾年的基金資助項目中,甲基化相關項目數(shù)量以及資助金額仍占比不小。其中以m6A、m5C和m7G為主題的國自然資助項目為341個,位居第九名,其熱度可想而知。

廢話不多說,咱們直接看看人家大牛市怎么利用甲基化發(fā)高分的!

第一篇?IF:31.793

主要內(nèi)容:
蛋氨酸代謝參與多種細胞功能,包括甲基化反應和氧化還原維持。然而,目前尚不清楚蛋氨酸代謝、RNA甲基化和抗腫瘤免疫是否在分子上相互影響。作者在小鼠模型中評估蛋氨酸限制飲食(MRD)的抗腫瘤免疫作用。在體外和體內(nèi)研究了蛋氨酸和YTHDF1參與腫瘤免疫逃逸的機制。還研究了MRD或YTHDF1耗竭與PD-1阻斷的協(xié)同效應。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在不同的小鼠模型中,限制蛋氨酸飲食可以通過增加腫瘤浸潤性CD8+ T細胞的數(shù)量和細胞毒性來降低腫瘤生長并增強抗腫瘤免疫。機制上,蛋氨酸代謝產(chǎn)生的s-腺苷蛋氨酸促進了腫瘤細胞中m6A甲基化和免疫檢查點(包括PD-L1和VISTA)的翻譯。此外,MRD或m6a特異性結(jié)合蛋白YTHDF1缺失通過恢復CD8+ T細胞的浸潤來抑制腫瘤生長,并與PD-1阻斷協(xié)同,更好地控制腫瘤。在臨床上,YTHDF1的表達與癌癥患者的不良預后和免疫治療結(jié)果相關。總之,蛋氨酸和YTHDF1通過調(diào)節(jié)T細胞的功能在抗癌免疫中發(fā)揮重要作用。靶向蛋氨酸代謝或YTHDF1可能是癌癥免疫治療的潛在新策略。

第二篇?IF:19.328

主要內(nèi)容:
m6A位點的RNA甲基化是最常見的RNA修飾之一,影響RNA的穩(wěn)定性、轉(zhuǎn)運和翻譯。先前的研究發(fā)現(xiàn),肌萎縮性側(cè)索硬化癥(ALS)模型中的RNA不穩(wěn)定與RNA結(jié)合蛋白TDP43的積累有關。作者發(fā)現(xiàn)TDP43識別m6A RNA,并且RNA甲基化對于TDP43結(jié)合和自動調(diào)節(jié)都是至關重要的。此外還觀察到ALS脊髓中廣泛的RNA高甲基化,與TDP43底物甲基化相對應。為了強調(diào)m6A對TDP43結(jié)合和功能的重要性,作者通過單細胞CRISPR-Cas9在原代神經(jīng)元中發(fā)現(xiàn)了幾個m6A因子,這些因子可以增強或抑制TDP43介導的毒性。最有希望的修飾因子—m6A reader YTHDF2在ALS脊髓神經(jīng)元中積累,其敲除延長了攜帶ALS相關突變的人類神經(jīng)元的存活時間??偟膩碚f,這些數(shù)據(jù)表明m6A修飾可調(diào)節(jié)TDP43的RNA結(jié)合,并且m6A在ALS中與TDP43相關的神經(jīng)變性中起關鍵作用。

第三篇?IF:12.779

主要內(nèi)容:
5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, m5C)是最常見的RNA修飾之一,在RNA代謝、核輸出和翻譯中起著重要作用。然而,RNA m5C甲基化在先天免疫中的潛在作用仍然難以捉摸。本研究發(fā)現(xiàn)NSUN2(一種m5C甲基轉(zhuǎn)移酶)的缺失顯著抑制了多種RNA和DNA病毒的復制和基因表達。作者發(fā)現(xiàn)這種抗病毒作用主要是由增強的I型干擾素(IFN)反應驅(qū)動的??共《拘盘柾芬蕾囉诎|(zhì)RNA傳感器RIG-I,而不是MDA5。在人類A549細胞中,NSUN2缺失后m5C的轉(zhuǎn)錄組全圖譜顯示,幾種豐富的非編碼RNA (ncRNAs)的m5C甲基化顯著降低。然而,病毒RNA的m5C甲基化并未因NSUN2缺失而明顯改變。在NSUN2缺失的細胞中,宿主RNA聚合酶(Pol) III轉(zhuǎn)錄的ncRNAs,特別是RPPH1和7SL RNA,大幅上調(diào),導致細胞質(zhì)中未屏蔽的7SL RNA增加,而7SL RNA是RIG-I介導的IFN反應的直接配體。在NSUN2缺失的細胞中,抑制Pol III轉(zhuǎn)錄或沉默RPPH1和7SL RNA可抑制IFN信號傳導,部分挽救病毒復制和基因表達。最后,在離體人肺模型和小鼠模型中,NSUN2的缺失抑制了病毒復制并減少了發(fā)病機制,伴隨著I型IFN反應的增強??偟膩碚f,本研究數(shù)據(jù)表明,RNA m5C甲基化通過調(diào)節(jié)ncRNA的m5C甲基組及其表達來控制抗病毒先天免疫。

第四篇?IF:38.079

主要內(nèi)容:
lncRNAs通常是5'帽和3'聚腺苷化,類似于大多數(shù)典型的mRNA。然而,最近的研究揭示了一類具有獨特結(jié)構的與snoRNA相關的lncRNA。作者鑒定了一個新的與snoRNA相關的lncRNA,命名為LNC-SNO49AB,包含兩個C/D盒snoRNA序列,SNORD49A和SNORD49B;并表明LNC-SNO49AB代表了一種未報道的lncRNA類型,具有5'端m7G和3'端snoRNA結(jié)構。LNC-SNO49AB在白血病患者樣本中高表達,沉默LNC-SNO49AB在體外和體內(nèi)顯著抑制白血病進展。亞細胞定位表明LNC-SNO49AB主要位于核仁內(nèi),并與核仁蛋白纖維蛋白相互作用。然而,LNC-SNO49AB不參與2'-O-甲基化調(diào)節(jié),這是snoRNA的經(jīng)典功能;相反,它的snoRNA結(jié)構影響lncRNA的穩(wěn)定性。進一步研究發(fā)現(xiàn),LNC-SNO49AB可以直接結(jié)合作用于RNA 1的腺苷脫氨酶(ADAR1),促進其同二聚化,并具有較高的RNA A-to-I編輯活性。轉(zhuǎn)錄組分析顯示,LNC-SNO49AB和ADAR1敲低分別在下游信號通路,特別是細胞周期通路中具有非常相似的RNA修飾變化模式。這些發(fā)現(xiàn)提示了一類以前未知的與snoRNA相關的lncRNA,它們通過一種獨立于snoRNA引導的rRNA修飾的方式在核仁中起作用。這是首次報道lncRNA通過增強ADAR1二聚體來調(diào)節(jié)全基因組RNA A-to-I編輯,從而促進造血惡性腫瘤,這表明lncRNA-sno49ab可能是針對白血病治療的新靶點。

第五篇?IF:12.067

主要內(nèi)容:
非小細胞肺癌(NSCLC)在所有惡性腫瘤中死亡率最高。長鏈非編碼RNA (long noncoding rna, lncRNAs)在腫瘤進展中的作用是當代研究熱點?;趯CGA的綜合分析,確定了lncRNA RMRP是與非小細胞肺癌低生存率相關的高度上調(diào)的lncRNA之一。N(6)-甲基腺苷(m6A)在RMRP中富集,增強了RMRP的RNA穩(wěn)定性。體外和體內(nèi)實驗表明,RMRP促進NSCLC細胞增殖、侵襲和遷移。機制方面,RMRP將YBX1招募到TGFBR1啟動子區(qū)域,導致TGFBR1轉(zhuǎn)錄上調(diào)。TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路也受RMRP調(diào)控。此外,RMRP促進了腫瘤干細胞的特性和上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化,從而促進了放療和順鉑的耐藥。臨床數(shù)據(jù)進一步證實RMRP與TGFBR1呈正相關??傊?,本文揭示了m6A RNA甲基化介導的RMRP穩(wěn)定性通過調(diào)節(jié)TGFBR1/SMAD2/SMAD3通路促進NSCLC的增殖和進展。
總之,甲基化雖然出道多年,但是熱度不減當年,想研究甲基化的小伙伴可以方心大膽的干。小云后邊會繼續(xù)給大家詳細解讀甲基化相關的文獻,不想錯過的小伙伴一定要關注小云哦~
