網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)（network pharmacology）是一種綜合應(yīng)用生物信息學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)、網(wǎng)絡(luò)分析學(xué)等多學(xué)科交叉的研究方法，用于探索藥物與靶標(biāo)、通路和疾病之間的相互作用及其作用機制。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)所用到的軟件和數(shù)據(jù)庫非常豐富，以下是一些常用的軟件和數(shù)據(jù)庫：

軟件：

Cytoscape：用于可視化網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和拓撲分析的軟件。

STITCH：用于預(yù)測藥物與蛋白質(zhì)、代謝物等之間的相互作用的軟件。

String：用于預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的軟件。

PharmMapper：用于預(yù)測藥物與蛋白質(zhì)之間的相互作用的軟件。

TCMSP：用于預(yù)測中藥與蛋白質(zhì)之間的相互作用的軟件。

Bioinformatics Toolbox：用于生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析的Matlab工具箱。

數(shù)據(jù)庫：

PubChem：包含藥物和化合物的結(jié)構(gòu)、屬性等信息的數(shù)據(jù)庫。

DrugBank：包含藥物的結(jié)構(gòu)、作用機制、藥代動力學(xué)等信息的數(shù)據(jù)庫。

TCMID：包含中藥與疾病、靶標(biāo)等相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫。

KEGG：包含生物通路和代謝通路等信息的數(shù)據(jù)庫。

Reactome：包含人類生物通路和反應(yīng)等信息的數(shù)據(jù)庫。

HPRD：包含人類蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)等信息的數(shù)據(jù)庫。

這些軟件和數(shù)據(jù)庫可以幫助研究人員進行藥物靶點預(yù)測、藥物作用機制探索、生物通路分析等任務(wù)，從而加速新藥研發(fā)和發(fā)現(xiàn)。