娜吉駕駛著水中潛游艇，慢慢的在海中下行，開始進入深水區(qū)，“已下潛至500m……已下潛至700m……已下潛至750m?！睗撏У腁I系統(tǒng)不斷發(fā)出聲音，“我還從來沒有下潛過那么深，之前，我和我姐姐也是和在海洋生物研究所工作的母親一起做過潛水艇，但也只是下潛過兩百米深，我和我姐姐看到了許許多多奇特生物，我就十分對生物熱愛……”娜吉用通訊與芹澤博士對話，“按目前來說一切正常。”“好的，明白了。”芹澤博士掛斷通訊，然后看向那里，54號前哨站內，帝王組織和地球防衛(wèi)隊的人員正在改造著機甲，這些機甲都是當初被哥斯拉摧毀的，帝王組織因為有權利，所以回收了一些，其中一臺雖然非常老，但是應該有用。芹澤蓮“ 父親，機甲的武裝正在裝上那些“終極的能源”加持?！?/p>

視角重新轉回海中，娜吉之所以駕駛潛艇來到深海中，因為這里檢測到有一種奇特信號，不久前海洋研究所檢測到，帝王組織就是調查這些奇特的事件，所以，娜吉才會來到這個調查并采集一些東西。進行慢慢的深入，黑暗的海底在燈光的照射下慢慢浮現(xiàn)了一個巨大的遺跡或者王朝，娜吉在潛艇內看著，感覺這種巨大的建筑絕對不是人為的，記錄下進行模糊的照片并發(fā)在54號前哨戰(zhàn)中，芹澤博士分析起這些模糊不清的照片，并發(fā)現(xiàn)，這建筑并不是由人類所建造的，更像是巨大的生物，“哥斯拉！”芹澤突然喊起來這個名字，巨大的建筑，那也只有哥斯拉可以建造。

為了繼續(xù)偵查，芹澤博士與芹澤蓮動用地球防衛(wèi)隊提供的核潛艇，并且?guī)е恍┤藛T下海，為了防止有什么生物攻擊。

深入水底 ，不斷進行偵查 ，正在即將進入這個遺跡中時，一艘核潛艇遭受到了攻擊 ，芹澤趕忙詢問發(fā)生了什么事 ？根據(jù)檢測周圍的聲波 ，一頭巨大的生物正在到處徘徊 它突然加速又沖過來 ，又攻擊了核潛艇 ，艦長趕快讓船員將爆炸性水雷拋出，在水中引發(fā)巨大爆炸 但那只生物卻沒受到多大傷害，反倒可能被人類的行為給激怒了 ，在深入調查后，一頭類似于黑古滄龍的巨大生物正在游動 ，娜吉問起芹澤那是黑古滄龍嗎？但芹澤博士明白的并不是黑古滄龍，是和在地心發(fā)現(xiàn)的一種被命名亞級泰坦的生物種群的一種，明顯是黑古滄龍進化的。那頭千噸甚至萬噸的巨獸以高速流動撞爆了一艘核潛艇，想再去攻擊其他的艦隊 ，就在此時，一根巨大的鏈劍一下插進這只巨大滄龍的頭部，巨大的機甲站在深海中，這臺機甲正是那臺被認為最老式的機甲?但卻救了這里的人 ，危險流浪者 ！

因為幾年前，哥斯拉與戴斯特洛伊亞的戰(zhàn)斗導致哥斯拉的其中一塊細胞飛入大氣層外 ，并在以外的太空結晶結合 ，那頭巨大的外星生物在宇宙中被曼加陀的領袖用特制的基因抽取器抽取了一些基因 ，對此憤怒 ，慢慢地降落在俄羅斯，反應到威脅的哥斯拉早已先行一步來到這 ，他那犀利的眼神看著天上這個巨大的結晶 ，降落后的結晶 慢慢的化為怪獸的樣子 ，這個怪獸有著與哥斯拉相似的外貌 ，但體型更大 身體的結晶更為突出 ，讓他變得又和哥斯拉不一樣 。

哥斯拉雖然望著這個類似自己樣貌的家伙 ，雖然想起了自己的過往，但他要守護著這個賴以生存的家園 ，哥斯拉怒吼一聲 ，揮起拳頭打向太空哥斯拉的頭部 ，太空哥斯拉被這一擊打到激怒 ，隨即一尾巴 用尾巴上的結晶刺中哥斯拉，哥斯拉被刺中后 ，又一次沖上去 ，抓住太空哥斯拉的身體 來了個過肩摔 ，?太空哥斯拉操控著結晶 ，紛紛刺向哥斯拉 ，并用結晶將自己包裹住 提供能源 ，然后打開結晶又一拳還給哥斯拉 ，接著使用日冕死亡光線將哥斯拉打退幾千米遠 ，太空哥斯拉飛起來 ，用尾巴纏繞住哥斯拉 然后扔到大樓旁 ，一直滑行到幾萬米遠 ，啊 那個神秘的女人 ，坐著運輸機，望著兩頭巨獸之間的戰(zhàn)斗 ，對此的眼神既怨恨又一點疑惑，她自己心里想著妹妹到底去哪了？

他們一行人進入了這個遺跡的一艘巨大戰(zhàn)艦中 ，娜吉想起自己姐姐的故事 :她與姐姐都很熱愛整個大自然，與自己的父母每一次都去觀望大自然的變化 ，但想起機械哥斯拉就想起自己姐姐 ，她聽過姐姐說:她想仿照動物制造出機械生物 ，當有生物開始功能性滅絕 就克隆出類似的生物 讓它們不再滅絕 ，機械生物是用來觀察動向，而機械哥斯拉不可能是許多人就想做出來的 。

……那個巨大無比的物體降落在了兩大巨獸的戰(zhàn)斗場地，引起了巨大的爆炸 ，一瞬間，無數(shù)的黑霧慢慢射出 ，可怕的巨大黑暗夢魘巨獸，腥紅的眼睛 ，無數(shù)的觸手與鉗子 ，哥斯拉與太空哥斯拉在強大的力量面前 他們決定聯(lián)手 ，明明不是同個的 但是去同親兄弟般戰(zhàn)斗 。

……那股巨大的 “終極的能源 ”打入哥斯拉體內后 他雖然有點難受 ，但很會是用自己強大的細胞恢復 將其全部同化 ，進化成超狀態(tài) ，并一下使用巨大無比的原子光線 ，連同帝王究極大炮，日冕死亡光線一同攻擊 將這個防御力可怕的大怪物和黑暗一同毀滅掉……

曼加陀基地中，娜斯看著這些設計稿 ，“終于要完成這個可怕的家伙了！彌補死龍的遺憾 ?！?/p>