蛋白質(zhì)膠條進(jìn)行質(zhì)譜分析主要包括膠內(nèi)蛋白質(zhì)提取和后續(xù)質(zhì)譜檢測(cè)兩個(gè)部分，膠內(nèi)蛋白質(zhì)提取的大致流程包括切膠、清洗和脫色、膠內(nèi)酶解以及肽段提取等；接著將肽段進(jìn)行液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜檢測(cè)。

在該實(shí)驗(yàn)的操作過(guò)程中首先要將電泳膠上的目標(biāo)蛋白條帶切下，需要注意的是盡量切膠條的內(nèi)圈，避免切到其他的條帶造成污染；接下來(lái)對(duì)膠條進(jìn)行清洗和脫色，將切下的膠條水洗后加入脫色液進(jìn)行脫色，然后利用碳酸氫銨和乙腈進(jìn)行處理，使膠條的顏色完全褪去，并置于37℃條件下自然干燥；最后將蛋白酶溶液加入干燥的膠粒中，使膠粒完全泡漲，膠粒中的蛋白質(zhì)得以充分酶解；利用TFA和乙腈溶液提取酶解后肽段，并在氮?dú)饬髦袑⑻崛〉碾亩稳芤捍蹈?，至此就獲得了可以進(jìn)行質(zhì)譜分析的蛋白質(zhì)肽段樣本。質(zhì)譜分析過(guò)程相比膠內(nèi)酶解過(guò)程簡(jiǎn)單許多，蛋白肽段利用色譜技術(shù)分離后就可以直接進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)，然后將質(zhì)譜數(shù)據(jù)與理論蛋白數(shù)據(jù)進(jìn)行比較、匹配、打分和錯(cuò)配過(guò)濾，以實(shí)現(xiàn)蛋白肽段以及完整蛋白的鑒定。