大家好，歡迎觀看《時空日報》第31期。本期追蹤到時空/單細胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計7篇。以下是應(yīng)用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、腎小管和內(nèi)皮的1型白細胞介素-1受體信號轉(zhuǎn)導(dǎo)在毒素誘導(dǎo)的急性腎損傷中的不同作用

Divergent actions of renal tubular and endothelial type 1 interleukin-1 receptor signaling in toxin-induced acute kidney injury

Journal of the American Society of Nephrology; IF: 13.600; DOI: ?10.1681/ASN.0000000000000191

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析，1型白細胞介素-1受體（type 1 interleukin 1 receptor，IL-1R1）在近曲小管中的激活會加重毒素誘導(dǎo)的急性腎損傷（acute kidney injury，AKI）和細胞死亡，而在內(nèi)皮細胞中的激活則可以通過恢復(fù)VEGFA依賴的內(nèi)皮細胞生存和密度來改善馬兜鈴酸（aristolochic acid，AA）誘導(dǎo)的AKI。該研究強調(diào)了IL-1受體信號通路在毒素暴露后對AKI的細胞特異性作用，提出了在保留內(nèi)皮細胞IL-1R1激活的同時破壞近曲小管中IL-1R1激活的途徑可能會提供超過IL-1R1全局抑制的腎保護作用。

2、基于脂肪酸降解的多組學(xué)鑒定代謝亞型為肝細胞癌提供個性化治療

Multiomics identifies metabolic subtypes based on fatty acid degradation allocating personalized treatment in hepatocellular carcinoma

Hepatology; IF: 13.500; DOI: 10.1097/HEP.0000000000000553

內(nèi)容概要：通過對肝細胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）患者進行RNA測序、PCR陣列、脂質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)了三種脂肪酸降解（fatty acid degradation，F(xiàn)AD）亞型（F1、F2和F3），具有不同的臨床、突變、表觀遺傳、代謝和免疫學(xué)特征，為FAD亞型的診斷提供了初步證據(jù)，并為個體癌癥患者的治療優(yōu)化和臨床決策提供了幫助。

3、通過交叉映射熵推斷的單細胞因果網(wǎng)絡(luò)

Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy

Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad281

內(nèi)容概要：提出了一種新的因果關(guān)系判據(jù)——鄰域交叉映射熵（neighbor cross-mapping entropy，NME），通過應(yīng)用于scRNA-seq數(shù)據(jù)集，NME不僅可靠地推斷出細胞類型的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（gene regulatory networks，GRN），還能識別細胞狀態(tài)，并在單細胞聚類和下游分析中表現(xiàn)出更好的性能。基于連續(xù)因果關(guān)系，NME為從scRNA-seq數(shù)據(jù)中推斷GRN提供了強大的工具，進一步用于識別新的細胞類型/狀態(tài)和預(yù)測細胞類型特異性網(wǎng)絡(luò)模塊。

4、利用多視圖卷積網(wǎng)絡(luò)識別空間分區(qū)的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)

Identifying spatial domains of spatially resolved transcriptomics via multi-view graph convolutional networks

Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad278

內(nèi)容概要：提出了一種名為STMGCN的無監(jiān)督學(xué)習(xí)框架，通過多視圖卷積網(wǎng)絡(luò)（multi-view graph convolution networks，MGCNs）識別空間域，以有效利用空間信息來增強潛在嵌入的表達能力。實驗結(jié)果表明，STMGCN在空間域識別方面具有競爭力，并且可以檢測到在已識別的域中具有富集表達模式的空間可變基因。

5、scRNA-seq揭示涎腺多形性腺瘤內(nèi)的腫瘤異質(zhì)性：初步研究

Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity within salivary gland pleomorphic adenoma: A preliminary study

Journal of Oral Pathology；IF: 5.000; DOI: 10.1111/jop.13465

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq對涎腺多形性腺瘤（salivary gland pleomorphic adenoma，SPA）進行初步研究，發(fā)現(xiàn)SPA內(nèi)存在五種不同的細胞亞型，表明腫瘤細胞具有高度的內(nèi)部異質(zhì)性，揭示了SPA內(nèi)部異質(zhì)性和細胞骨架重塑相關(guān)基因在SPA發(fā)展中的重要作用。

6、COL3A1陽性內(nèi)皮細胞通過NCL-PI3K-AKT軸影響LUAD預(yù)后并調(diào)節(jié)LUAD癌變

COL3A1-positive endothelial cells influence LUAD prognosis and regulate LUAD carcinogenesis by NCL-PI3K-AKT axis

The Journal of Gene Medicine; IF: 3.500; DOI: 10.1002/jgm.3573

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)COL3A1陽性內(nèi)皮細胞與惡性細胞之間的相互作用對LUAD的發(fā)生和發(fā)展具有重要影響。COL3A1陽性內(nèi)皮細胞通過NCL-PI3K-AKT信號通路調(diào)節(jié)LUAD的增殖和凋亡，同時也影響LUAD的免疫微環(huán)境。

7、發(fā)育階段工蜂（Apis mellifera）的細胞異質(zhì)性：單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析

Cellular heterogeneity of the developing worker honey bee (Apis mellifera) pupa: a single cell transcriptomics analysis

G3; IF: 2.600; DOI: 10.1093/g3journal/jkad178

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq技術(shù)將細胞類型映射到工蜂的不同發(fā)育階段，共鑒定出63個不同的細胞群，其中17個細胞群在兩個發(fā)育階段都可識別，為進一步研究蜜蜂細胞水平的生物學(xué)提供了潛在的可能性。

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