叛亂
????阿爾莫林死了，但是阿泰爾并不放心。他擔(dān)心那件神器——金蘋(píng)果可以將其復(fù)活，因此決定燒掉前導(dǎo)師的尸體。以阿巴斯為首的部分刺客對(duì)此十分不滿，認(rèn)為阿泰爾準(zhǔn)備奪取導(dǎo)師之位，并對(duì)他發(fā)動(dòng)了襲擊?；靵y中，阿巴斯偷走了金蘋(píng)果，悄悄離開(kāi)。
????拿到金蘋(píng)果的阿巴斯登上塔樓使用了這件神器，但他無(wú)法掌控，被趕來(lái)的阿泰爾打倒。在拿回金蘋(píng)果后，阿泰爾寬恕了所有參與叛亂之人，他將過(guò)去發(fā)生的一切以及自己對(duì)兄弟會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)都開(kāi)誠(chéng)布公，因此贏得了信任，成為了眾人認(rèn)可的新首領(lǐng)。

再遇瑪利亞
????成為導(dǎo)師后的阿泰爾投入了對(duì)金蘋(píng)果的研究中，他從中獲得了大量的知識(shí)并獲悉先行者的存在。很快阿泰爾意識(shí)到自己正放任敵人成長(zhǎng)。于是在馬斯亞夫之變一個(gè)月后，阿泰爾將組織交由馬利克代管，自己則和杰貝爾等人一起突襲位于阿卡的圣殿騎士大本營(yíng)。臨行前，阿泰爾再次注意到了阿巴斯嚴(yán)重愈發(fā)深刻的恨意。
????阿卡的景象出人意料，這里似乎空無(wú)一人。好不容易找到一支騎士小隊(duì)的阿泰爾意識(shí)到，自己已經(jīng)來(lái)晚了，此時(shí)圣殿騎士已經(jīng)開(kāi)始了撤退，阿泰爾決定弄清對(duì)方的去向。
????在要塞里，阿泰爾發(fā)現(xiàn)了那個(gè)曾假扮羅伯特的女人，并且在偷聽(tīng)對(duì)話時(shí)知道了她的名字——瑪利亞，他為這個(gè)女人的美貌折服。同時(shí)，他還聽(tīng)到騎士們將在新團(tuán)長(zhǎng)阿爾芒的領(lǐng)導(dǎo)下退守塞浦路斯，至于瑪利亞則要留在阿卡。
????當(dāng)其他人離開(kāi)后，阿泰爾試圖與瑪利亞對(duì)話，可對(duì)方直接發(fā)動(dòng)了攻擊。打倒瑪利亞之后，他問(wèn)出了騎士們正伺機(jī)奪回金蘋(píng)果，于是他挾持了瑪利亞，讓她帶路去塞浦路斯。

抵達(dá)利馬索爾
????阿泰爾帶著瑪利亞抵達(dá)了塞浦路斯的利馬索爾，這里有刺客組織的一名眼線亞歷山大，先一步抵達(dá)的圣殿騎士在當(dāng)?shù)仡C布了嚴(yán)苛的律令，當(dāng)?shù)厝酥\求反抗。阿泰爾一行跟著亞歷山大來(lái)到了安排好的藏身處，他向當(dāng)?shù)厝私忉屃爽F(xiàn)狀并詢問(wèn)當(dāng)?shù)氐尿T士據(jù)點(diǎn)位置。亞歷山大說(shuō)目標(biāo)是城堡，他建議阿泰爾配合一名支持塞浦路斯反抗運(yùn)動(dòng)的騎士奧斯曼，幫助對(duì)方成為隊(duì)長(zhǎng)以求暢行無(wú)阻。
????完成任務(wù)后，阿泰爾與奧斯曼成功接頭，對(duì)方透露了兩個(gè)信息：當(dāng)?shù)赜凶サ铗T士的檔案館，利馬索爾的騎士領(lǐng)導(dǎo)者叫弗雷德里克。不久，依靠奧斯曼創(chuàng)造的機(jī)會(huì)，阿泰爾成功將目標(biāo)刺殺。
????但是返回后，阿泰爾發(fā)現(xiàn)藏身處遭到了襲擊，已經(jīng)成為一片火海，包括瑪利亞在內(nèi)的所有人都不見(jiàn)蹤影。調(diào)查過(guò)程中，阿泰爾在大教堂看到了被擒的瑪利亞，那位團(tuán)長(zhǎng)阿爾芒正在此地發(fā)表演說(shuō)。阿泰爾看到阿爾芒殺死了奧斯曼，看到瑪利亞試圖揭發(fā)自己卻被阿爾芒視為叛徒。他從陰暗處現(xiàn)身，救下了瑪利亞。
????瑪利亞依舊想殺死阿泰爾，但阿泰爾用神器作為威脅軟化了瑪利亞。兩人再次見(jiàn)到亞歷山大，得知阿爾芒前往了凱里尼亞，亞歷山大建議兩人去找一名叫帕夏的海盜。
????與帕夏交談后，阿泰爾得知阿爾芒得到了另一件神器，為了得知更多消息他不得不和當(dāng)?shù)氐暮１I展開(kāi)廝殺。此外，亞歷山大還提醒阿泰爾，在到達(dá)凱里尼亞后和當(dāng)?shù)氐姆纯菇M織線人巴納巴斯取得聯(lián)系。

前往凱里尼亞
????途中阿泰爾詢問(wèn)了瑪利亞的過(guò)去：被迫結(jié)婚的瑪利亞不滿現(xiàn)狀，離家出走后裝成男人加入了十字軍。阿泰爾試圖向瑪利亞灌輸刺客的觀念但沒(méi)有成功，不過(guò)兩人的關(guān)系似乎近了一些。
????到達(dá)目的地，阿泰爾剛剛解開(kāi)瑪利亞手上的繩子就被兩名海盜發(fā)現(xiàn)，此時(shí)他倆已經(jīng)成為圣殿騎士的通緝犯，海盜想抓住他們換賞金，混亂中瑪利亞逃走。追趕瑪利亞的過(guò)程中，阿泰爾結(jié)識(shí)了當(dāng)?shù)胤纯菇M織成員馬科斯，后者愿意幫阿泰爾看管瑪利亞。
????在與巴納巴斯碰面后，阿泰爾獲知了阿爾芒的動(dòng)向，對(duì)方承諾幫助阿泰爾，但阿泰爾要刺殺反抗組織中的叛徒約納斯作為回報(bào)。在刺殺過(guò)程中，阿泰爾了解到阿爾芒的手下“公?！闭趯ふ宜同斃麃?。和瑪利亞重聚后，他分享了這一情報(bào)，也獲得了“公?！钡恼鎸?shí)身份莫洛奇。為了規(guī)避風(fēng)險(xiǎn)，他再次和瑪利亞分開(kāi)，要求馬科斯帶她去反抗組織的據(jù)點(diǎn)碰面。
????巴納巴斯告訴阿泰爾，約納斯的死引發(fā)了騷亂，莫洛奇更有可能借題發(fā)揮，阿泰爾決定去看看。室外一片狼藉，士兵和群眾大打出手，這堅(jiān)定了阿泰爾殺死“公?！钡男摹?br>????返回?fù)?jù)點(diǎn)后，巴納巴斯不見(jiàn)蹤影，好在馬科斯帶著瑪利亞平安趕來(lái)。馬科斯告訴阿泰爾約納斯其實(shí)是個(gè)好人，原來(lái)不值得信任的是巴納巴斯。不過(guò)首先，阿泰爾要先殺死那個(gè)作亂的“公?！?。依靠瑪利亞透露的信息，阿泰爾潛入了莫洛奇所在的城堡并解決了對(duì)方。

尋找瑪利亞
????在阿泰爾刺殺“公牛”的同時(shí)，圣殿騎士襲擊了反抗組織的據(jù)點(diǎn)并抓走了瑪利亞。趕回來(lái)的阿泰爾見(jiàn)到僥幸逃出的馬科斯，但有巴納巴斯作為先例，阿泰爾不敢再輕信對(duì)方。馬科斯認(rèn)為是被抓的一名反抗者“黑暗圣女”透露了據(jù)點(diǎn)，阿泰爾則認(rèn)為是巴納巴斯背叛了反抗組織。但馬科斯告訴他，真正的巴納巴斯實(shí)際上在他抵達(dá)的前一天就被殺死了。
????馬科斯請(qǐng)求阿泰爾救出被抓的反抗組織成員，為了彌補(bǔ)自己的過(guò)失，阿泰爾答應(yīng)了，但救出所有囚犯后，他沒(méi)有發(fā)現(xiàn)瑪利亞?，詢問(wèn)后得知瑪利亞被莫洛奇的兒子沙利姆帶走。
????于是阿泰爾返回城堡，在城堡中心，他偷聽(tīng)到阿爾芒和沙利姆的對(duì)話，得知瑪利亞已經(jīng)逃跑，以及亞歷山大也早已投靠圣殿騎士。等阿爾芒離開(kāi)后，阿泰爾潛入地牢見(jiàn)到了那名圣女，但對(duì)方早已瘋癲，迫不得已，阿泰爾幫其結(jié)束了生命。
????現(xiàn)在，阿泰爾決定跟蹤沙利姆以找到逃走的瑪利亞，一路上他目睹了沙利姆的種種暴行，意識(shí)到對(duì)方并沒(méi)有在找瑪利亞后阿泰爾返回去見(jiàn)馬科斯。馬科斯提到沙利姆定期去一座教堂，趕過(guò)去的阿泰爾注意到一名學(xué)者似乎知道那座騎士檔案館，但第二次見(jiàn)面時(shí)學(xué)者被一個(gè)蒙面的圣殿騎士所殺，對(duì)方逃離了阿泰爾的追蹤。
????阿泰爾注意到來(lái)到教堂的沙利姆顯得十分干練，但居然沒(méi)帶任何侍衛(wèi)。阿泰爾不想錯(cuò)過(guò)這個(gè)機(jī)會(huì)，于是開(kāi)始尾隨沙利姆，結(jié)果回到了城堡，別無(wú)選擇的阿泰爾又跟上城堡里抬出的一架空轎，一路來(lái)到了一座港口。在港口，阿泰爾注意到一堆舞女打扮的人正在登轎，并意外的發(fā)現(xiàn)了混入其中的瑪利亞，他想弄明白為什么瑪利亞要重回虎口。跟著轎子，阿泰爾又雙叒叕一次來(lái)到了城堡。
????其實(shí)“公?！庇幸粚?duì)雙胞胎兒子，阿泰爾在教堂門(mén)口見(jiàn)到的是沙哈爾，瑪利亞此行也是為了見(jiàn)他，她想驗(yàn)證阿泰爾所說(shuō)的有關(guān)圣殿騎士陰謀之事的真?zhèn)?。討論變成了?zhēng)吵，兩人大打出手，潛伏在側(cè)的阿泰爾被迫現(xiàn)身，緊接著，真正沙利姆也匆匆趕來(lái)，局勢(shì)變成了二對(duì)二，不過(guò)瑪利亞又一次覓得空隙離開(kāi)了，只留下阿泰爾以一敵二。
????

漫長(zhǎng)而殘酷的戰(zhàn)斗后，阿泰爾殺死了這對(duì)雙胞胎，他返回?fù)?jù)點(diǎn)見(jiàn)到了馬科斯。整個(gè)反抗組織因阿泰爾帶來(lái)的好消息喜出望外，他們終于能解放凱里尼亞了。不過(guò)阿泰爾仍惦記著那座檔案館，馬科斯猜測(cè)其可能在利馬索爾。為了獲得更多情報(bào)，阿泰爾再次返回。

擊潰圣殿騎士
????回到利馬索爾的阿泰爾首先去找亞歷山大對(duì)峙，沒(méi)想到對(duì)方把他稱為叛徒。實(shí)際上，阿爾芒送來(lái)的那個(gè)包裹里裝的是真正巴納巴斯的首級(jí)，他想借此挑撥離間，誤會(huì)解開(kāi)了。亞歷山大告訴阿泰爾，阿爾芒在利馬索爾使用了同樣的伎倆，部分反抗組織成員不再信任阿泰爾。
????阿泰爾決定去城里搜集有關(guān)阿爾芒的消息，在港口阿泰爾跟蹤了一名圣殿騎士，并順藤摸瓜找到了一名叫做季米特里斯的商人，但還沒(méi)問(wèn)出什么消息，商人就被那名曾在凱里尼亞出現(xiàn)過(guò)的蒙面騎士殺害了。一無(wú)所獲的阿泰爾返回?fù)?jù)點(diǎn)后發(fā)現(xiàn)亞歷山大也不見(jiàn)了，只留下一張字條約他去利馬索爾城堡的庭院見(jiàn)面。
????盡管知道有詐，阿泰爾還是去了城堡，在那里他看到了亞歷山大的尸體，他也被那個(gè)騎士所殺。蒙面騎士露出了真面目，原來(lái)是那個(gè)假巴納巴斯，還沒(méi)等阿泰爾作出反應(yīng)，憤怒的群眾就沖進(jìn)了庭院?，F(xiàn)在，在民眾眼中阿泰爾成了謀害亞歷山大的兇手，他無(wú)法對(duì)普通人下手，被逼無(wú)奈使用了金蘋(píng)果。人民在神器的力量下停止了行動(dòng)，阿泰爾也因此心生警惕，提醒自己不要再動(dòng)用這件危險(xiǎn)的東西。他用言語(yǔ)說(shuō)服了眾人，大家在金蘋(píng)果的作用下離去。假巴納巴斯嘲笑阿泰爾，揚(yáng)言要奪走神器，但突然，他被背后的來(lái)人殺死推下了露臺(tái)。
????是瑪利亞，她目睹了一切，知道了伊甸神器的威力，但她還是不能完全信任阿泰爾。阿泰爾向瑪利亞詢問(wèn)檔案館的位置，結(jié)果得知就在他們腳下。一隊(duì)圣殿騎士突然趕來(lái)，等到阿泰爾解決麻煩，瑪利亞早已不見(jiàn)，阿泰爾只能先前往檔案館。
????消滅守衛(wèi)，進(jìn)入檔案館深處后，他看到瑪利亞正在一間大廳內(nèi)同阿爾芒對(duì)峙，但阿泰爾的到來(lái)令瑪利亞分心，這使她被打倒在地。阿爾芒開(kāi)始高談闊論，他表達(dá)了對(duì)塞浦路斯前皇帝伊薩克的不滿，認(rèn)為對(duì)方使得這間檔案館不再是秘密，圣殿騎士只能被迫從伊薩克手中買(mǎi)下這座島。他還告訴阿泰爾，其實(shí)檔案館的館藏早已被轉(zhuǎn)移，隨后他拔劍同阿泰爾決斗。
????阿爾芒猛地躍起，阿泰爾側(cè)身躲閃，想盡辦法招架阿爾芒凌厲的攻擊。不過(guò)阿爾芒太想贏了，這使他早早消耗了大量體力，于是阿泰爾利用破綻不斷刺傷對(duì)手，終于使其不堪重負(fù)，最終被一劍戳死。
????圣殿騎士開(kāi)始對(duì)檔案館發(fā)動(dòng)炮擊，借此將剩下的藏品移走，阿泰爾背起瑪利亞逃出了檔案館。走在利馬索爾的街道上，瑪利亞決定退出圣殿騎士，她想去東方看看。至于阿泰爾，他想盡可能研究清金蘋(píng)果中蘊(yùn)藏的奧秘，同時(shí)，他想陪著瑪利亞踏上新的旅途。

后續(xù)
????大約兩年后，阿泰爾和瑪利亞在利馬索爾成婚，并在當(dāng)?shù)亟⒘诵碌拇炭蛽?jù)點(diǎn)?；槎Y后沒(méi)多久夫妻二人便返回了馬斯亞夫，在那里迎來(lái)了他們的長(zhǎng)子達(dá)里姆。又過(guò)了兩年，他們有了第二個(gè)兒子賽夫。
????那段時(shí)間里阿泰爾一直在進(jìn)行對(duì)金蘋(píng)果的研究，這啟發(fā)他畫(huà)出了有關(guān)鎧甲、新型袖劍以及袖槍的圖紙。他還將一些有可能的發(fā)現(xiàn)以及可能發(fā)生的災(zāi)難記入了日記。除此以外，阿泰爾還留下了關(guān)于先行者和伊甸神器的記述。他不停地思考推敲刺客組織過(guò)去的理念，并在游歷各地的過(guò)程中加以推行。只是在1204年的君士坦丁堡，阿泰爾的改革因暴動(dòng)頻發(fā)沒(méi)能推開(kāi)。
????為了改善組織，阿泰爾付出了比以往任何一名首領(lǐng)都要多的努力?？上У氖?，他的工作因成吉思汗的崛起被迫中斷。