【從零搭建Emacs個(gè)人知識(shí)庫】Zotero：簡單實(shí)用的科研文獻(xiàn)管理器
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在視頻 【從零搭建Emacs個(gè)人知識(shí)庫】什么是雙鏈筆記與 org-roam 初體驗(yàn) 中, 我們介紹了個(gè)人知識(shí)庫與卡片盒筆記的基本概念. 盧曼的卡片盒筆記系統(tǒng)大致將筆記分為3類: 靈感筆記, 文獻(xiàn)筆記與永久筆記. 我們的學(xué)習(xí)和科研也離不開大量文獻(xiàn)的閱讀. 因此, 如何在我們的筆記系統(tǒng)中加入與文獻(xiàn)或文獻(xiàn)筆記的聯(lián)系就至關(guān)重要. 今天我將給大家一款簡單實(shí)用的文獻(xiàn)管理軟件: Zotero. Zotero 可以幫助我們收集文獻(xiàn)的引用信息, 以及管理文獻(xiàn)的 pdf 全文. 下一期我們將介紹如何把 Zotero 整合到 org-roam 的工作流程中. 我使用 Zotero 也有10年時(shí)間了, 這絕對(duì)是一個(gè)對(duì)科研幫助很大的工具.
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歷史
Zotero 原本是火狐 (Firefox) 瀏覽器中的一個(gè)插件, 用于從網(wǎng)頁上讀取文獻(xiàn)信息或保存網(wǎng)絡(luò)快照等, 在火狐上可以直接使用, 而在其它瀏覽器上需要配合瀏覽器插件. 2017 年 Zotero 5.0 發(fā)布, Zotero 成為一個(gè)獨(dú)立的軟件. 在所有瀏覽器中使用都需要同時(shí)運(yùn)行 Zotero.
安裝
Zotero 和它的瀏覽器插件 (Zotero Connector) 都可以從它的官網(wǎng): https://www.zotero.org/download/上下載. Zotero 的PC端支持 Windows, MacOS, Linux 等系統(tǒng), 移動(dòng)端暫時(shí)只支持蘋果系統(tǒng), 但在安卓上有第三方軟件. 瀏覽器插件支持 Edge, Chrome, Safari 以及 Firefox 等主流瀏覽器.
基本使用方法
Zotero 的界面從左至右分為3部分. 中間是文獻(xiàn)列表, 右邊是當(dāng)前選中文獻(xiàn)的信息, 包括標(biāo)題, 作者等. 具體的信息類型會(huì)根據(jù)文獻(xiàn)的類別, 如期刊文獻(xiàn), 書藉, 網(wǎng)頁, 學(xué)位論文等, 而有所有不同. 最左邊是用戶自己設(shè)置的收藏夾 (collection), 可以嵌套, 用于文獻(xiàn)的整理和分類.
同一個(gè)文獻(xiàn)可以出現(xiàn)在多個(gè)不同的收藏夾. 把文獻(xiàn)加入收藏夾的方式很簡單: 用鼠標(biāo)拖動(dòng)文獻(xiàn)至指定的收藏夾即可. 這里有一個(gè)小技巧, 按住 <ctrl> 并點(diǎn)擊文獻(xiàn), 左邊一欄就會(huì)高亮文獻(xiàn)出現(xiàn)的所有收藏夾.
除了按照主題分類文獻(xiàn)外, 我也常會(huì)把同一研究課題相關(guān)的文獻(xiàn)放在同一個(gè)收藏夾. 當(dāng)需要撰寫課題相關(guān)的論文時(shí), 可以使用 Zotero 的導(dǎo)出功能, 將同一個(gè)收藏夾內(nèi)的參考文獻(xiàn)信息導(dǎo)出成 .bib 文件. 如果不用 LaTeX 進(jìn)行寫作, 也可以導(dǎo)出成其它常見格式用于論文寫作. 導(dǎo)出文獻(xiàn)非常靈活, 你也可以 選中任意數(shù)目的文獻(xiàn), 然后鼠標(biāo)右鍵菜單中選擇導(dǎo)出即可.
文獻(xiàn)可以有附件, 一般是 pdf. 這里的 pdf 文件既可以是下載文獻(xiàn)信息時(shí) Zotero 自動(dòng)下載的, 也可以是你手動(dòng)添加的. 當(dāng)文獻(xiàn)有 pdf 附件時(shí), 只要雙擊就能在 Zotero 的內(nèi)置 pdf 閱讀器內(nèi)打開. 最新的 pdf 閱讀器效果還是很不錯(cuò)的, 可以高亮批注等等, 也可以與 Zotero 其它文獻(xiàn)閱讀功能配合, 當(dāng)然我們最終會(huì)使用 Emacs 中的 org-noter 來進(jìn)行文獻(xiàn)閱讀. 你也可以設(shè)置用電腦上其它的 pdf 閱讀器打開 pdf 的默認(rèn)閱讀器.
向 Zotero 中加入文獻(xiàn)
Zotero 的強(qiáng)大就在于它加入文獻(xiàn)的方式非常靈活. 主要用下面3種方式.
通過瀏覽器中的 Zotero Connector 插件
通過文獻(xiàn)的標(biāo)識(shí)碼
通過本地的 pdf 文件
在第一種方法中, 打開任意包含文獻(xiàn)的網(wǎng)站 (最好是期刊官網(wǎng)), 點(diǎn)擊 Zotero 插件的圖標(biāo)就可以自動(dòng)讀取網(wǎng)頁上的文獻(xiàn)信息. 如果網(wǎng)站上允許下載 pdf 全文, Zotero 還會(huì)自動(dòng)下載. 對(duì)于普通網(wǎng)頁, Zotero 默認(rèn)會(huì)保存網(wǎng)頁快照. 這在10年前網(wǎng)速和流量短缺時(shí)是一很有用的功能, 可以在有限的時(shí)間內(nèi)快速保存網(wǎng)頁以便以后閱讀, 如今用處不大了.
第二種方法支持的標(biāo)識(shí)碼包括 DOI, ISBN, Arxiv ID 等. 點(diǎn)擊 Zotero 文獻(xiàn)列表上左起第二個(gè)畫筆的小圖標(biāo), 輸入標(biāo)識(shí)碼, 就可以自動(dòng)下載文獻(xiàn)和 pdf 文件.
這里推薦大家盡量使用前兩種方式下載, 因?yàn)檫@樣可以保證你在論文寫作時(shí), 所引用的參考文獻(xiàn)的信息是準(zhǔn)確無誤的. 這里首要是保證文獻(xiàn)信息的來源準(zhǔn)確. 當(dāng)你有了文獻(xiàn)信息后, 也可 c 通過其它手段下載 pdf 全文, 然后在 Zotero 中用右鍵點(diǎn)擊文獻(xiàn), 選擇添加 pdf 附件 (attachment).
如果實(shí)在不得已, 你也可以采用第三種方法: 手動(dòng)從本地的 pdf 文件創(chuàng)建一個(gè)文獻(xiàn)條目. 方法是點(diǎn)擊文獻(xiàn)列表上左起第一個(gè)綠色的加號(hào), 選擇 Store copy of file. Zotero 會(huì)嘗試從 pdf 文件中讀取文獻(xiàn)的信息并生成一個(gè)文獻(xiàn)條目.
我們?cè)谑褂弥兄貜?fù)添加一個(gè)文獻(xiàn)是很常見的, 比如說你可能幾年前找過這個(gè)文獻(xiàn), 但你忘記了, 后來又在做另一個(gè)課題的時(shí)候碰到了. 在 Zotero 中有一個(gè)很方便的功能, 可以快速整合不同版本的文獻(xiàn)信息. 點(diǎn)擊左側(cè)收藏夾最下面的 Duplicate Items, 就會(huì)顯示文獻(xiàn)庫中所有重復(fù)的條目. 我們可以手動(dòng)選擇保留哪一個(gè)版本的標(biāo)題, 作者, 期刊信息等, 然后選擇 Merge, 將不同版本的文獻(xiàn)合并成同一個(gè)條目.
功能小結(jié)
總結(jié)起來, Zotero 實(shí)現(xiàn)了如下核心功能
收集并整理文獻(xiàn)信息
根據(jù)需要導(dǎo)出文獻(xiàn)引用信息
管理文獻(xiàn) pdf
因?yàn)?Zotero 還有一個(gè)強(qiáng)大的生態(tài), 所以它的功能遠(yuǎn)不止上面介紹的這些. 我平時(shí)使用更多是把 Zotero 作為個(gè)人資料庫里文獻(xiàn)管理的一個(gè)入口, Zotero 的其它功能也可以在 Emacs 中更好地實(shí)現(xiàn). 但是在這里還是要向大家介紹兩個(gè)非常實(shí)用的 Zotero 插件: Better BibTeX 和 ZotFile.
Better BibTeX 可以優(yōu)化導(dǎo)出 .bib 文件時(shí)引用鍵名的生成, 還可以對(duì)導(dǎo)出的 .bib 文件實(shí)時(shí)更新. 它也是 Zotero 與其它筆記軟件, 如 Org-Roam, Obsidian, Roam Research 等進(jìn)行交互的必備插件.
ZotFile 補(bǔ)充了一些 pdf 文件管理的功能. 它可以自動(dòng)對(duì) pdf 附近按自定義規(guī)則重命名, 并用個(gè)人網(wǎng)盤同步, 解決 Zotero 的同步問題.
插件安裝方法
要安裝 Zotero 插件, 我們首先在它的插件網(wǎng)站上下載對(duì)應(yīng)的 .xpi 格式文件, 然后打開 Tools -> ?add-ons , 選擇從文件進(jìn)行安裝即可.
Better BibTex 設(shè)置
Better BibTex 的設(shè)置在 Edit -> Preference 下.
首先修改引用鍵名的格式. 比如這里我推薦的一個(gè)設(shè)置是 authorsAlpha+year+shorttitle(3,3)
authorsAlpha: 采用 bibtex 中的 alpha 風(fēng)格; 單作者取姓的前3字母, 2個(gè)以上取首字母
year: 4位數(shù)字年份
shorttitle(m,n): 標(biāo)題前 m 個(gè)單詞, 其中前 n 個(gè)單詞首字母大寫
大家可以在 https://retorque.re/zotero-better-bibtex/citing/ 中找到更多的設(shè)置 鍵名設(shè)置的原則是在突出重要信息的前提下盡量簡短. 也方便有時(shí)我們直接在 pdf 文件目錄進(jìn)行搜索 (如在手機(jī)和平板上).
第二, 為了保證鍵名的唯一性, 大家可以在下面勾選 across all libraries.
最后, 我們可以設(shè)置 Better BibTeX 自動(dòng)更新導(dǎo)出的 .bib 文件. 當(dāng)我們選中一個(gè)收藏夾并且導(dǎo)出時(shí), 選擇 Better BibTeX 格式, 并且勾選下面的 "自動(dòng)更新". 然后, 我們?cè)?Better BibTeX 的設(shè)置的 Automatic Export 這一頁就可以看到剛剛導(dǎo)出的 .bib 文件了. 我們可以把更新的頻率選為 On change, 即隨時(shí)更新.
Zotfile 同步設(shè)置
在 Edit -> Preference -> Sync 下面, 大家可以注冊(cè)并登錄 Zotero 帳號(hào)實(shí)現(xiàn)不同設(shè)備間的同步. 但是 Zotero 的免費(fèi)空間只有500M, 這對(duì)于 pdf 文件的同步是不夠的. 所以建議大家用下面介紹的 ZotFile 同步 pdf 附件, 而讓 Zotero 只負(fù)責(zé)同步文獻(xiàn)信息.
Better BibTeX 的鍵名無法同步, 但是只要規(guī)則相同, 產(chǎn)生的鍵名是一樣的. 在新機(jī)器上建議大家先設(shè)置好 Better BibTeX 的鍵名規(guī)則, 再登錄 Zotero 帳號(hào)同步文獻(xiàn)信息. 如果已經(jīng)同步了文獻(xiàn)信息, 則需要手動(dòng)更新所有的 Better BibTeX 鍵名, 大的文獻(xiàn)庫需要幾分鐘的時(shí)間.
下面我們講解 Zotfile 的設(shè)置. 設(shè)置界面在 Tools -> ZotFile Preference 菜單下.
第一步, ?我們?cè)O(shè)置在 General Settings -> Custom Locations 下設(shè)置一個(gè)同步目錄. 這里你可以設(shè)置為個(gè)人網(wǎng)盤里一個(gè)子目錄. 下面還有一個(gè)是否使用子文件夾的選項(xiàng), 沒必要勾選, 因?yàn)樽游募A不方便搜索, 而且 Zotero 本身的收藏夾功能已經(jīng)對(duì)文獻(xiàn)做好分類了. 存儲(chǔ)時(shí)沒必要再分一次類.
第二步, 我們給 ZotFile 設(shè)置一個(gè)統(tǒng)一的命名規(guī)則, 用于給新添加的 pdf 文件重命名. 設(shè)置在 Renaming Rules 下面. 這里推薦使用 %b, ?即采用了之前 BibTeX 的鍵名作為文件名. 步, 因?yàn)?ZotFile 可以自動(dòng)給 所以我們要設(shè)置一個(gè)d. 利于我們?cè)诓煌瑱C(jī)器上的使用. ?這樣設(shè)置也可以方便筆記軟件在讀取 .bib 文件時(shí)能通過鍵名更快地找到對(duì)應(yīng)的 pdf 文件. 也方便我們自己的查打.
最后, 我們?cè)?Advanced Settings -> automatically rename new attachment 中選擇 alwasy rename. 這樣可以對(duì)對(duì) Zotero 自動(dòng)下載的 pdf 文件自動(dòng)重命名并移動(dòng)至我們的個(gè)人網(wǎng)盤中. ?如果你是手動(dòng)加入的 pdf 文件, 也可以手動(dòng)重命名并移動(dòng) pdf 文件. 方法是右鍵點(diǎn)擊文獻(xiàn)條目, 選擇 rename and move .
結(jié)語
以上就是 Zotero 的基本設(shè)置. 下次我們會(huì)介紹如何在 org-roam 筆記流程中整合 Zotero, 包括
Emcas 中讀取 Zotero 文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫并進(jìn)行引用
每一條引用的 Zotero 文獻(xiàn)建立一則 org-roam 筆記
將上述筆記作為 org-noter 筆記文件, 在 Emacs 中閱讀 Zotero 文獻(xiàn)的 pdf 附件
關(guān)于 org-roam 和 org-noter 大家可以參考我的視頻 BV1qV4y1Z7h9 與 BV1Tc411s7Tu.
