?大家還記得之前講的免疫浸潤工具大聚匯么（需要的請留言小編會再告知獲取渠道），是的，小編如約而至啦~?我們匯總過所有目前較常使用的全部免疫浸潤工具，感興趣的小伙伴文末獲取。

今天給大家介紹的新工具相信大家都很眼熟吧，但是它和GEPIA還是不一樣。GEPIA目前綜合分析TCGA和GTEx數(shù)據(jù)最好的平臺，目前已經(jīng)更新到2.0版本。前一段時間GEPIA的團(tuán)隊發(fā)表了一個對免疫細(xì)胞進(jìn)行相關(guān)分析的數(shù)據(jù)庫—GEPIA2021(http://gepia2021.cancer-pku.cn/)，GEPIA 2021的功能主要包括：細(xì)胞比例分析、關(guān)聯(lián)分析、亞表達(dá)分析、生存分析，接下來小編就來給大家具體介紹一下。

GEPIA2021的首頁長這樣：

數(shù)據(jù)庫具體使用

1. 免疫細(xì)胞比例分析

在這個部分，我們可以分析不同的組織當(dāng)中免疫細(xì)胞比例。我們需要做的就是選擇想要分析的組織已經(jīng)想要分子的免疫細(xì)胞即可。

例如我們想要分析在膀胱癌當(dāng)中基于CIBERSORT算法得到的兩種B細(xì)胞的變化。

在選擇好之后，點(diǎn)擊plot即可得到相關(guān)的結(jié)果。

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結(jié)果主要包括兩個部分，一個是相同的組織當(dāng)中免疫細(xì)胞比例是否存在差別。另外一個是在相同的免疫細(xì)胞在不同的組織當(dāng)中是否存在差別

2.相關(guān)分析

?? 在相關(guān)分析當(dāng)中，主要用來分析組織當(dāng)中候選免疫細(xì)胞是否有區(qū)別。在這個部分，如果選擇多種組織的話，也是把這些組織的表達(dá)水平融合到一起分析的。

這一部分的結(jié)果主要是通過散點(diǎn)圖來進(jìn)行呈現(xiàn)的。同時對于不同的組織使用不同的顏色進(jìn)行區(qū)分。同時在結(jié)果當(dāng)中給出了相關(guān)分析的相關(guān)系數(shù)。

3. 基因表達(dá)亞組分析

分析基因在不同組織以及不同細(xì)胞之間的某一個表達(dá)情況。主要也是通過選擇想要分析的組織；想要分析的免疫細(xì)胞，同時輸入想要分析的基因即可。

?? 在這個過程當(dāng)中，研發(fā)團(tuán)隊通過數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換。計算了候選基因和免疫細(xì)胞之間的關(guān)系。這樣就可以觀察在不同的免疫細(xì)胞當(dāng)中基因的表達(dá)情況了。

??? 我們點(diǎn)擊 Plot 之后。就可以得到相關(guān)在不同組織當(dāng)中不同免疫細(xì)胞當(dāng)中基因的表達(dá)情況。以及在不同的免疫細(xì)胞分組當(dāng)中不同組織內(nèi)基因的表達(dá)情況。

4.生存分析

??? 分析免疫細(xì)胞在不同腫瘤當(dāng)中對預(yù)后是否有影響。主要的分析方法是通過KM的算法進(jìn)行分析的。在這個數(shù)據(jù)庫當(dāng)中，除了以上的基本選擇，還可以選擇進(jìn)行cutoff的比例(默認(rèn)的是使用中位值進(jìn)行cutoff選擇的)。

預(yù)后分析的結(jié)果是通過生存曲線圖來進(jìn)行展示的。同時里面也包括了預(yù)后分析的P值。

另外需要注意的是，對于免疫細(xì)胞的選擇，如果選擇兩個以上的細(xì)胞，不是對這兩個免疫細(xì)胞分別進(jìn)行預(yù)后分析。而是來分析這些免疫細(xì)胞整體是否影響預(yù)后。對于其免疫評分是通過相加融合到一起的。

??? 對了，需要注意的是：在GEPIA2021當(dāng)中，免疫細(xì)胞的選擇不能超過四個哈。要過了就不能分析了。

??? 到這里關(guān)于GEPIA 2021的主要功能就介紹完了，我們可以發(fā)現(xiàn)網(wǎng)站中的比例分析、關(guān)聯(lián)分析、生存分析等功能簡單有效，操作流程非常簡單，就算是不用懂代碼的小伙伴也可以得到像樣的分析結(jié)果，感興趣的小伙伴趕緊去探索下吧。

?? 另外小編還準(zhǔn)備了很多其他免疫浸潤工具的教程，比如cirbersort，TIMER，ssGSEA，XCell等等，等等。?我們匯總過所有目前較常使用的全部免疫浸潤工具，感興趣的小伙伴掃碼獲取。小編等你們喲~