2052年-太平洋，“帝王計劃”觀察到提亞馬特和另外一種泰坦發(fā)生了領(lǐng)地沖突……而這一種泰坦竟然是“哥斯拉”。這是一只……雌性的哥斯拉。雌性哥斯拉與“提亞馬特”在海中糾纏不休，但是在海中“提亞馬特”更勝一籌！雌性哥斯拉很快不敵“提亞馬特”。這時，另外一只哥斯拉突然趕到，將提亞馬特?fù)魯　瓋芍桓缢估ハ嗫聪驅(qū)Ψ剑l(fā)出咆哮聲。

不久后，雌性哥斯拉襲擊了一處核電站，當(dāng)?shù)亍暗厍蚍佬l(wèi)軍”立刻使用武器，攻擊雌性哥斯拉。但是，隨著另外一聲咆哮，哥斯拉從雌性哥斯拉的前面冒出，為其抵擋了攻擊！隨后，雌性哥斯拉使用“原子能量波”將駐守在這的“地球防衛(wèi)軍”團(tuán)滅。哥斯拉向雌性哥斯拉發(fā)出另外一種咆哮聲，但是，雌性哥斯拉反而向轉(zhuǎn)過頭去，向另外一個方向游去……

很快，這兩件事情就被“芹澤博士”所知道?！扒蹪刹┦俊痹诳匆姶菩愿缢估?，突然想到了之前的“克隆體哥斯拉”。隨即又想起了“奧衡教授”之前所說的話—自己收養(yǎng)了一個女兒“娜迦”。并且懷疑“雌性哥斯拉”是“娜迦”制造的。但是，“曼陀羅”已經(jīng)將自己的大本營搬遷出去，“帝王計劃”沒有任何一個人知道。

又過了幾天，雌性哥斯拉再一次現(xiàn)身。在“地球防衛(wèi)軍”的火力援助下，成功將定位器安裝在雌性哥斯拉身上。但是，整支軍隊也覆滅在雌性哥斯拉的“原子能量波”之下。

—曼陀羅大本營，“娜迦”正在指揮“曼陀羅”人員將實(shí)驗(yàn)廠布置完成，準(zhǔn)備開始戰(zhàn)斗實(shí)驗(yàn)。隨著她的一聲令下，五道閘門緩緩開啟，從閘門里面鉆出來5頭“領(lǐng)主魔熊”。它們向“娜迦”發(fā)出咆哮，表達(dá)自己的不滿！但是，隨即“娜迦”一聲冷笑，另外一個閘門打開，從里面走出來一只……奇怪的泰坦。隨著一道黑光閃過……戰(zhàn)斗結(jié)束了。那只泰坦撲向“領(lǐng)主魔熊”的尸體上啃了起來，越吃越大……另一邊，“曼陀羅”的一名成員拿著一份報告獻(xiàn)給“娜迦”。

………3種……哥……戴……太空……地心……第二測試……56%……（報告內(nèi)容）

突然，“曼陀羅”大本營外面發(fā)生了強(qiáng)烈的震動。雌性哥斯拉從窗外將頭探了進(jìn)來……但是，隨著“娜迦”按下了一旁的遙控器，雌性哥斯拉立刻平靜下來，眼神中透露出和善的神情。但是，哥斯拉在后面不久也趕了過來，哥斯拉望向“曼陀羅”大本營隨即準(zhǔn)備啟動“原子能量波”，但是被雌性哥斯拉叫?！缢估凵裰型嘎冻鲆环N委屈的神情，隨后發(fā)出了低沉的咆哮，表示附和雌性哥斯拉的觀點(diǎn)……“娜迦”看著這一種場面，露出了自信而又邪魅的笑容。

同時，“芹澤博士”通過定位器再次找到“曼陀羅”大本營。并且報告給了“帝王計劃”和“地球防衛(wèi)軍”。企圖通過這2個組織再一次殲滅“曼陀羅”。“娜雅”知道這一件事之后，跟“芹澤博士”商討，讓自己去和“娜迦”談判。但是，?“芹澤博士”以安全為由，拒絕了“娜雅”的請求?！澳妊拧被氐郊液?，和“芹澤蓮”交談，“芹澤蓮”也不贊同“娜雅”去和姐姐向見……

很快“地球防衛(wèi)軍”和“帝王計劃”均報告說“無法攻破曼陀羅防線”，隨即當(dāng)“芹澤博士”看到記錄儀時，不禁大吃一驚（兩只哥斯拉同時為“曼陀羅”守護(hù)大本營?。?/p>

在“芹澤博士”開完會回家后，只見桌子上放著一張照片和一封信。而這張照片正是33年前，“娜雅”在小時候和“娜迦”的合照……原來，“娜雅”決定自己一個人，去“曼陀羅大本營和自己姐姐談判！