針對空間組學(xué)、單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)及其在生命科學(xué)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用，我們通過檢索PubMed數(shù)據(jù)庫，共追蹤到2023年6月1日-30日期間發(fā)表的282文章（包括article、review等；IF≥5），按研究領(lǐng)域分類梳理，詳見下表。此外，華大時空按照影響因子排名和廣譜性遴選了30篇進行概要解讀，供大家參考。

01、綜述/Review

1. 單細(xì)胞多組學(xué)的技術(shù)前景和應(yīng)用

The technological landscape and applications of single-cell multi-omics

2023-06-06;?Nature Reviews. Molecular Cell Biology; IF: 112.700; DOI: 10.1038/s41580-023-00615-w

內(nèi)容概要：討論了過去十年中單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)如何使用以優(yōu)化吞吐量和分辨率、模態(tài)集成、唯一性和準(zhǔn)確性為特征的框架進行調(diào)整和改進，強調(diào)了這些技術(shù)在細(xì)胞譜系追蹤、組織特異性和細(xì)胞特異性圖譜生成、腫瘤免疫學(xué)和癌癥遺傳學(xué)，以及基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化研究中細(xì)胞空間信息映射方面的影響，并探討了已被開發(fā)用于鏈接不同組學(xué)模式的生物信息學(xué)工具。

2. 單細(xì)胞多組學(xué)時代的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷

Gene regulatory network inference in the era of single-cell multi-omics

2023-06-26;?Nature Reviews. Genetics; IF: 42.700; DOI: 10.1038/s41576-023-00618-5

內(nèi)容概要：回顧了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（gene regulatory network，GRN）的關(guān)鍵原則，包括來自轉(zhuǎn)錄組學(xué)和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子-基因相互作用，并重點討論了使用單細(xì)胞多模態(tài)數(shù)據(jù)的方法的比較和分類，強調(diào)了GRN推斷中的挑戰(zhàn)和使用其他數(shù)據(jù)模式的進一步發(fā)展。

3. 脊髓損傷：分子機制和治療干預(yù)

Spinal cord injury: molecular mechanisms and therapeutic interventions

2023-06-26;?Signal Transduction and Targeted Therapy; IF: 39.300; DOI: 10.1038/s41392-023-01477-6

內(nèi)容概要：綜述了脊髓損傷（spinal cord injury，SCI）的流行病學(xué)和病理生理學(xué)，介紹了神經(jīng)再生和神經(jīng)回路重建的最新研究進展，并提出了SCI修復(fù)和臨床應(yīng)用的未來方向。

4. 基于蛋白質(zhì)基因組學(xué)的功能基因組研究：在植物中的方法、應(yīng)用和展望

Proteogenomics-based functional genome research: approaches, applications, and perspectives in plants

2023-06-24;?Trends in Biotechnology; IF: 17.300; DOI: 10.1016/j.tibtech.2023.05.010

內(nèi)容概要：總結(jié)了植物蛋白質(zhì)基因組學(xué)的研究成果，并介紹了各種蛋白質(zhì)基因組學(xué)方法的技術(shù)特點。將蛋白質(zhì)基因組學(xué)與其他組學(xué)（例如代謝組學(xué)、肽組學(xué)）相結(jié)合，可以更深入地了解植物的基因功能。

02、時空/單細(xì)胞技術(shù)

SpatialTemporal and?Single-Cell?Technology

5. 分子分辨率的空間單細(xì)胞翻譯組學(xué)

Spatially resolved single-cell translatomics at molecular resolution

2023-06-30;?Science; IF: 56.900; DOI: 10.1126/science.add3067

內(nèi)容概要：建立了空間翻譯組測序技術(shù)——RIBOmap（Ribosome-bound mRNA mapping），并將RIBOmap應(yīng)用于HeLa細(xì)胞和小鼠大腦組織，揭示了亞細(xì)胞定位、細(xì)胞周期依賴、細(xì)胞類型特異和腦區(qū)特異的翻譯調(diào)控。

6. 利用程序化cDNA串聯(lián)的高通量RNA異構(gòu)體測序

High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation

2023-06-08;?Nature Biotechnology; IF: 46.900; DOI: 10.1038/s41587-023-01815-7

內(nèi)容概要：介紹了一種以編程方式將互補DNAs（cDNAs）串聯(lián)成最適合長讀長測序的單分子技術(shù)MAS-ISO-seq（multiplexed arrays isoform sequencing），與Sequel IIe測序儀相比，該技術(shù)將通量提高了15倍以上，每次運行的cDNA讀數(shù)接近4,000萬。將MAS-ISO-seq應(yīng)用于腫瘤浸潤性T細(xì)胞的scRNA-seq時，顯示不同剪接基因的發(fā)現(xiàn)增加了12~32倍。

7. 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示乳腺癌上皮內(nèi)T細(xì)胞的克隆擴增

Clonal expansion of intra-epithelial T cells in breast cancer revealed by spatial transcriptomics

2023-06-12;?International Journal of Cancer; IF: 6.400; DOI: 10.1002/ijc.34620

內(nèi)容概要：該研究將激光捕獲顯微解剖與RNA提取、外顯子捕獲和測序相結(jié)合，開發(fā)了一種強大的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法ST-FFPE，可用于福爾馬林固定石蠟包埋（formalin fixed paraffin-embedded，F(xiàn)FPE）的腫瘤樣本分析。使用ST-FFPE分析來自三陰性乳腺癌患者的存檔FFPE樣本，驗證了該方法的可行性，并發(fā)現(xiàn)與間質(zhì)腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞相比，上皮內(nèi)腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞的多樣性減少，而克隆性增加。

03、生信工具/Bioinformatics Tools

8. 通過轉(zhuǎn)錄組網(wǎng)絡(luò)的從頭聯(lián)合嵌入對寡細(xì)胞和單細(xì)胞進行空間重建

Spatial reconstruction of oligo and single cells by de novo coalescent embedding of transcriptomic networks

2023-06-15;?Advanced Science; IF: 15.100; DOI: 10.1002/advs.202206307

內(nèi)容概要：建立了一種單細(xì)胞/寡細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)從頭空間重構(gòu)算法：D-CE（De Novo Coalescent Embedding）。使用來自人類、小鼠、果蠅和斑馬魚等多個不同物種的組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，重構(gòu)了對應(yīng)組織的空間基因表達模式，并證明了D-CE的性能優(yōu)于目前已知的從頭空間重構(gòu)算法（novoSpaRc和CSOmap）和轉(zhuǎn)錄組分析中常用的降維可視化方法。

9. 多模態(tài)圖像融合為質(zhì)譜成像提供了更高的空間分辨率

Multimodal image fusion offers better spatial resolution for mass spectrometry imaging

2023-06-09;?Analytical Chemistry; IF: 8.008; DOI: 10.1021/acs.analchem.3c02002

內(nèi)容概要：介紹了一種基于多模態(tài)圖像融合的深度學(xué)習(xí)模型——DeepFERE，該方法不僅能夠在質(zhì)譜成像（mass spectrometry imaging，MSI）中保留豐富的化學(xué)信息，而且能夠在高分辨率下提高組織結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)的可視化。將DeepFERE應(yīng)用于小鼠腦樣本的MSI數(shù)據(jù)集，表明該方法優(yōu)于基于視覺檢查和定量評估的常用方法。此外，在人類肝癌和結(jié)直腸腺癌的兩個MSI數(shù)據(jù)集上驗證了DeepFERE劃定癌變區(qū)域和癌旁區(qū)域邊界的能力。

04、生長發(fā)育/Growth and Development

10. 人類乳腺單細(xì)胞空間基因組圖譜

A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast

Nature; IF: 64.800; DOI: 10.1038/s41586-023-06252-9

內(nèi)容概要：構(gòu)建了單細(xì)胞和空間分辨率的綜合人類乳腺細(xì)胞圖譜（Human Breast Cell Atlas，HBCA），包含來自126名女性的714,331個細(xì)胞和來自20名女性的117,346個細(xì)胞核。同時，使用四種不同技術(shù)的空間測繪揭示了一個意想不到的豐富的組織駐留免疫細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)，以及導(dǎo)管和小葉區(qū)域之間明顯的分子差異。HBCA為研究乳腺生物學(xué)、發(fā)育及乳腺癌等疾病提供了全面的參考。

11. 作為單細(xì)胞比較基因組學(xué)模型的兔子發(fā)育圖譜

An atlas of rabbit development as a model for single-cell comparative genomics

2023-06-15;?Nature Cell Biology; IF: 21.300; DOI: 10.1038/s41556-023-01174-0

內(nèi)容概要：通過高分辨率全胚胎組織學(xué)、scRNA-seq和scATAC-seq聯(lián)合分析，構(gòu)建了兔發(fā)育早期（妊娠7~9天）的超過180,000個單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性圖譜，以及來自涵蓋原腸胚形成、胚胎著床、羊膜生產(chǎn)和早期器官發(fā)生的胚胎形態(tài)學(xué)圖譜，并展示了如何利用兔子和小鼠圖譜的組合從稀疏的獼猴和人類數(shù)據(jù)中獲取新的生物學(xué)見解。

12. 大麥籽粒萌發(fā)的空間分辨轉(zhuǎn)錄組分析

Spatially resolved transcriptomic analysis of the germinating barley grain

2023-06-23;?Nucleic Acids Research; IF: 14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad521

內(nèi)容概要：開發(fā)了用于分析谷物大麥籽粒萌發(fā)過程的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程，以55 μm空間分辨率分析大麥籽粒吸水膨脹后0、1、3、6和24小時的5~6種組織類型的轉(zhuǎn)錄特征，檢測到超過14,000個差異表達基因，并確定了特定的目標(biāo)功能基因組，如生長素運輸基因。大麥籽粒萌發(fā)期間的空間細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)可從https://spatial.latrobe.edu.au/獲取。

13. 在胚胎和成年哺乳動物心臟中持續(xù)存在具有最小細(xì)胞-細(xì)胞通訊的獨特單核二倍體心臟亞群

Distinct mononuclear diploid cardiac subpopulation with minimal cell-cell communications persists in embryonic and adult mammalian heart

2023-06-09;?Frontiers of Medicine; IF: 8.100; DOI: 10.1007/s11684-023-0987-9

內(nèi)容概要：聯(lián)合scRNA-seq、snRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，分析來自小鼠胚胎第17.5天和出生后第2、8天的12,645個心肌細(xì)胞（cardiomyocytes，CMs），確定了CM發(fā)育過程中的一種特殊的單核二倍體CMs（MNDCMs）狀態(tài)維持通路。該通路的CM-成纖維細(xì)胞通訊最少，并鑒定了2個具有不同增殖活性、代謝特性和通訊模式的新型MNDCMs亞群，突出了發(fā)育過程中細(xì)胞微環(huán)境對CMs命運決定的重要性。

05、再生醫(yī)學(xué)/Regenerative Medicine

14. 單細(xì)胞分析揭示槲皮素在促進頭發(fā)再生中的重要作用

Single-cell profiling reveals a potent role of quercetin in promoting hair regeneration

2023-06-07;?Protein and Cell; IF: 21.100; DOI: 10.1093/procel/pwac062

內(nèi)容概要：報道了通過背部涂抹和口服灌胃槲皮素（quercetin，Que）兩種方式均能有效促進小鼠的毛發(fā)再生，并通過構(gòu)建Que促進毛發(fā)再生的高分辨動態(tài)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，揭示了Que通過激活內(nèi)皮細(xì)胞中的HIF-1α信號通路來促進毛發(fā)再生的分子機制。

15. 時空轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示渦蟲再生的動態(tài)特征和關(guān)鍵調(diào)控因子

Spatiotemporal transcriptomic atlas reveals the dynamic characteristics and key regulators of planarian regeneration

2023-06-02;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39016-0

內(nèi)容概要：建立了渦蟲再生的特征細(xì)胞分布和基因表達模式的綜合時空景觀（6個時間點），以及渦蟲再生的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄圖譜（8個時間點），通過整合繪制了渦蟲再生的綜合3D時空轉(zhuǎn)錄組圖譜，這為破譯再生和識別穩(wěn)態(tài)相關(guān)基因提供了強大工具。

07、疾病研究/Disease Research

惡性腫瘤

16. 癌癥中Y染色體的缺失通過逃避適應(yīng)性免疫來驅(qū)動生長

Y chromosome loss in cancer drives growth by evasion of adaptive immunity

2023-06-21;?Nature; IF: 64.800; DOI: 10.1038/s41586-023-06234-x

內(nèi)容概要：深入研究自然發(fā)生的Y染色體缺失（loss of the Y chromosome，LOY）突變膀胱癌細(xì)胞，以及通過CRISPR-Cas9技術(shù)靶向敲除Y染色體的細(xì)胞，結(jié)合snRNA-seq和空間蛋白質(zhì)組學(xué)驗證，證明了膀胱癌中的LOY與更具侵襲性的腫瘤生長和不良預(yù)后有關(guān)。此外，LOY突變腫瘤會促進腫瘤微環(huán)境中CD8+T細(xì)胞的耗竭，從而使它們對PD-1靶向免疫療法敏感。

17. Stereo-seq揭示人類肝癌浸潤區(qū)促進肝細(xì)胞-腫瘤細(xì)胞串?dāng)_、局部免疫抑制和腫瘤進展

An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte-tumor cell crosstalk, local immunosuppression and tumor progression

2023-06-19;?Cell Research; IF: 44.100; DOI: 10.1038/s41422-023-00831-1

內(nèi)容概要：聯(lián)合Stereo-seq和scRNA-seq系統(tǒng)研究腫瘤組織、腫瘤邊緣區(qū)域、腫瘤旁組織，以及正?；蜣D(zhuǎn)移性淋巴結(jié)的細(xì)胞組成和轉(zhuǎn)錄特征，揭示了人類肝癌腫瘤侵襲前沿特征，為開發(fā)肝癌和其他實體腫瘤的新治療策略鋪平了道路。

18. 胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀黏液性腫瘤的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)確定NKX6-2是胃分化和惰性生物潛能的驅(qū)動因素

Spatial transcriptomics of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas identifies?NKX6-2?as a driver of gastric differentiation and indolent biological potential

2023-06-07;?Cancer Discovery; IF: 28.200; DOI: 10.1158/2159-8290.CD-22-1200

內(nèi)容概要：利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)和單細(xì)胞反卷積方法，分析來自胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀黏液性腫瘤（intraductal papillary mucinous neoplasms，IPMN）患者的一組具有不同程度異型增生和上皮形態(tài)的冷凍檔案樣本，發(fā)現(xiàn)NKX6-2不僅是在早期 IPMN中觀察到的獨特胃轉(zhuǎn)錄譜和組織學(xué)表型的驅(qū)動因素，而且它在IPMN上皮細(xì)胞中的持續(xù)表達預(yù)示著這種囊性前體病變的惰性生物學(xué)潛力。

19. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和表觀基因組學(xué)揭示單核細(xì)胞在神經(jīng)母細(xì)胞瘤骨髓轉(zhuǎn)移中的作用

Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis

2023-06-26;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39210-0

內(nèi)容概要：應(yīng)用scRNA-seq和scATAC-seq分析來自11例受試者（涵蓋3種主要神經(jīng)母細(xì)胞瘤亞型）的骨髓抽吸物，并將其與5例年齡匹配且無轉(zhuǎn)移的骨髓進行比較，發(fā)現(xiàn)神經(jīng)母細(xì)胞瘤腫瘤細(xì)胞通過巨噬細(xì)胞遷移抑制因子和midkine信號重構(gòu)骨髓微環(huán)境，特別是單核細(xì)胞，其具有M1和M2特征，并表達腫瘤促進因子，類似于腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞。

20. 單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組分析揭示肝轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的細(xì)胞異質(zhì)性

Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer

2023-06-16;?Science Advances; IF: 13.600; DOI: 10.1126/sciadv.adf5464

內(nèi)容概要：聯(lián)合使用scRNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組、免疫組化染色和流式細(xì)胞術(shù)，分析來自從6例結(jié)直腸癌（colorectal cancer，CRC）患者27個樣本的41,892 個CD45?非免疫細(xì)胞和196,473個CD45+免疫細(xì)胞，全面繪制了CRC和匹配良好的肝轉(zhuǎn)移性CRC的細(xì)胞圖譜，揭示了成纖維細(xì)胞的不同譜系和功能，以及不同腫瘤微環(huán)境中免疫細(xì)胞的動態(tài)性質(zhì)。

非癌疾病

21. 抗原驅(qū)動的結(jié)腸炎癥與原發(fā)性硬化性膽管炎的發(fā)育不良的發(fā)生有關(guān)

Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis

2023-06-15;?Nature Medicine; IF: 82.900; DOI: 10.1038/s41591-023-02372-x

內(nèi)容概要：結(jié)合流式細(xì)胞術(shù)、bulk RNA-seq、scRNA-seq，以及T細(xì)胞和B細(xì)胞受體測序技術(shù)，分析來自65例原發(fā)性硬化性膽管炎（primary sclerosing cholangitis，PSC）患者、108例炎癥性腸?。╥nfammatory bowel disease，IBD）患者和48例健康個體的右結(jié)腸組織，發(fā)現(xiàn)PSC和IBD之間炎癥的性質(zhì)和促進發(fā)育不良的機制是不同的，且PSC炎癥可能是抗原驅(qū)動的。

22. 髓鞘功能障礙導(dǎo)致阿爾茨海默病模型中的淀粉樣蛋白-β沉積

Myelin dysfunction drives amyloid-β deposition in models of Alzheimer's disease

2023-05-31;?Nature; IF: 64.800; DOI: 10.1038/s41586-023-06120-6

內(nèi)容概要：利用具有髓磷脂缺陷的阿爾茲海默?。ˋlzheimer's disease，AD）小鼠模型，結(jié)合bulk和單細(xì)胞RNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)年齡依賴性的髓鞘結(jié)構(gòu)缺陷直接或間接地促進A-β斑塊形成，是AD的上游風(fēng)險因素。改善少突膠質(zhì)細(xì)胞健康和髓鞘完整性可能是延緩AD發(fā)展和減緩進展的有希望的靶點。

23. 心臟周細(xì)胞獲得纖維化表型并有助于心肌梗塞后的血管成熟

Cardiac pericytes acquire a fibrogenic phenotype and contribute to vascular maturation after myocardial infarction

2023-06-23;?Circulation; IF: 37.800; DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.123.064155

內(nèi)容概要：使用NG2Dsred;PDGFRαEGFP周細(xì)胞:成纖維細(xì)胞雙報告小鼠和誘導(dǎo)型 NG2CreER小鼠來研究心肌梗死中周細(xì)胞的命運和表型調(diào)節(jié)，結(jié)合聚合酶鏈反應(yīng)陣列和scRNA-seq技術(shù)，發(fā)現(xiàn)在心肌梗塞愈合過程中，心臟周細(xì)胞上調(diào)纖維化相關(guān)基因的表達，表現(xiàn)出基質(zhì)合成和基質(zhì)重塑特征。周細(xì)胞特異性TGF-β信號傳導(dǎo)通過防止不良擴增重塑在梗死脈管系統(tǒng)的成熟中發(fā)揮核心作用，但它不調(diào)節(jié)纖維化重塑。

24. 類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎中滑膜成纖維細(xì)胞異質(zhì)性的驅(qū)動因素

Drivers of heterogeneity in synovial fibroblasts in rheumatoid arthritis

2023-06-05;?Nature Immunology; IF: 30.500; DOI: 10.1038/s41590-023-01527-9

內(nèi)容概要：使用配對的scRNA-seq和scATAC-seq、多重成像技術(shù)和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)，以及細(xì)胞外在因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的體外建模，建立了類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎（rheumatoid arthritis，RA）患者發(fā)炎關(guān)節(jié)中成纖維細(xì)胞樣滑膜細(xì)胞（fbroblast-like synoviocyte，F(xiàn)LS）異質(zhì)性的空間圖譜，并定義了其獨特的轉(zhuǎn)錄特征和染色質(zhì)可及性模式，這是由局部暴露于骨髓和T細(xì)胞衍生的不同促炎細(xì)胞因子驅(qū)動的。

25. 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)通過新興細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)對銀屑病的嚴(yán)重程度進行分層

Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity by emergent cellular ecosystems

2023-06-02;?Science Immunology; IF: 24.800; DOI: 10.1126/sciimmunol.abq7991

內(nèi)容概要：通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分析來自3名健康對照和11例銀屑?。╬soriatic disease，PsO）/PsO關(guān)節(jié)炎患者的25個皮膚活檢組織樣本，并與公共scRNA-seq數(shù)據(jù)集進行整合，揭示了健康皮膚和發(fā)炎皮膚之間免疫微生態(tài)位的顯著差異，發(fā)現(xiàn)輕度和重度PsO具有不同的分子特征，重度PsO可能會嚴(yán)重改變遠端未受影響皮膚部位的細(xì)胞和代謝組成。

26. 神經(jīng)精神性狼瘡小鼠模型大腦中1型干擾素信號的空間富集

Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model

2023-06-25;?Brain, Behavior, and Immunity; IF: 15.100; DOI: 10.1016/j.bbi.2023.06.021

內(nèi)容概要：利用神經(jīng)精神癥狀（neuropsychiatric symptom，NPSLE）狼瘡小鼠模型，并結(jié)合基于圖像的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的1型干擾素可能通過抑制一般細(xì)胞通訊通路，在介導(dǎo)NPSLE行為表型中發(fā)揮重要作用。1型干擾素信號調(diào)節(jié)劑是NPSLE的潛在治療選擇。

27. scRNA-seq揭示PegIFN-α在慢性乙型肝炎患者中的免疫調(diào)節(jié)作用

Single-cell RNA sequencing reveals the immunoregulatory roles of PegIFN-α in patients with chronic hepatitis B

2023-06-27;?Hepatology(Baltimore, Md.); IF: 13.500; DOI: 10.1097/HEP.0000000000000524

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq繪制了在PegIFN-α治療前后慢性乙型肝炎（chronic hepatitis B，CHB）患者外周免疫細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組圖譜，拓展了對CHB病理特征和PegIFN-α免疫調(diào)節(jié)作用的理解，為CHB的臨床診斷和治療提供了新見解。

08、其他研究/Other Research?

28. 蜜蜂群體攻擊與基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)有關(guān)

Single-cell dissection of aggression in honeybee colonies

2023-06-01;?Nature Ecology and Evolution; IF: 16.800; DOI: 10.1038/s41559-023-02090-0

內(nèi)容概要：使用bulk RNA-seq、scRNA-seq和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（gene regulatory network，GRN）分析，比較覓食蜂和兵峰大腦，以及來自低攻擊性和高攻擊性群體的覓食蜂、兵蜂大腦的基因表達與調(diào)節(jié)，發(fā)現(xiàn)GRN可塑性與群體攻擊性密切相關(guān)，與攻擊性較小的群體相比，攻擊性較強群體的兵峰和覓食者之間的GRN動態(tài)差異較大，確認(rèn)了與蜜蜂群體攻擊行為相關(guān)的基因調(diào)控影響了構(gòu)成勞動分工基礎(chǔ)的機制。

29. 層級波動形成一種與意識狀態(tài)相聯(lián)系的動態(tài)流

Hierarchical fluctuation shapes a dynamic flow linked to states of consciousness

2023-06-05;?Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-38972-x

內(nèi)容概要：通過多模態(tài)跨尺度融合的計算建?？蚣埽治霾煌庾R狀態(tài)（包含睡眠、麻醉、困倦、迷幻、精神疾病等）下的功能影像數(shù)據(jù)，并結(jié)合電生理學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)證據(jù)，發(fā)現(xiàn)全局意識狀態(tài)是由沿低維宏觀尺度梯度約束的有效分層處理支持，可以概念化為源自自發(fā)皮層活動的拓?fù)涮卣鳌?/p>

30. 通過YAP/TAZ和TEAD機械控制哺乳動物晝夜節(jié)律

Mechanical control of the mammalian circadian clock via YAP/TAZ and TEAD

2023-06-28;?The Journal of Cell Biology; IF: 7.800; DOI: 10.1083/jcb.202209120

內(nèi)容概要：使用單細(xì)胞晝夜節(jié)律的高通量分析，并結(jié)合受控制的機械、生化和遺傳擾動分析，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子YAP/TAZ的高核水平會導(dǎo)致哺乳動物細(xì)胞內(nèi)Rev-erbα表達的明顯變化，以及隨后成纖維細(xì)胞晝夜節(jié)律時鐘的故障。這種新的分子機制是TED依賴性的，可以解釋與高核YAP/TAZ易位相關(guān)情況（如在癌癥和衰老）中晝夜節(jié)律的受損。