文章來(lái)源：“分子動(dòng)力學(xué)”公眾號(hào)

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合金體系的創(chuàng)建，主要有兩種方法，如下：

1. 程序創(chuàng)建data file文件

根據(jù)合金體系的結(jié)構(gòu)，按著data file的文件格式編程產(chǎn)生相關(guān)data file文件，由read_data命令讀入即可。

可以說(shuō)，這是一種萬(wàn)能的方法，具體不多說(shuō)，主要是要了解data file的格式，并且有一定的編程基礎(chǔ)。

http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html

2. lammps命令創(chuàng)建

lammps提供的命令也能很方便的創(chuàng)建合金結(jié)構(gòu)，當(dāng)然可能僅限于一些比較規(guī)則的晶體結(jié)構(gòu)。這里以B1結(jié)構(gòu)(rocksalt)的NaCl為例進(jìn)行說(shuō)明（NaCl顯然不是合金，但合金類似）。

創(chuàng)建結(jié)構(gòu)的命令不外乎lattice, create_box, create_atoms，這里只是強(qiáng)調(diào)在合金體系創(chuàng)建的應(yīng)用。

先直接給出命令，如下：

具體說(shuō)明：

(1) lattice第一行為晶格矢量，其中$x為晶格矢量；第二行和第三行每一個(gè)basis對(duì)應(yīng)原胞中的一個(gè)原子。對(duì)于B1結(jié)構(gòu)，是包含8個(gè)原子，即4個(gè)Na，4個(gè)Cl。

(2) region是定義盒子的區(qū)域

(3) create_box定義盒子，指定原子類型的數(shù)量。這里的2是因?yàn)橛袃煞N類型。

(4) create_atoms在盒子中，以lattice晶格創(chuàng)建原子。這里的basis有兩個(gè)參數(shù)，第一個(gè)指定是lattice中的哪一個(gè)原子，這里從1到8；第二個(gè)參數(shù)指定原子類型，因?yàn)橛袃煞N類型，所以為1或者2.

建議可以先看manual，熟悉上面涉及到的幾個(gè)命令。

lattice:?http://lammps.sandia.gov/doc/lattice.html

create_box:?http://lammps.sandia.gov/doc/create_box.html

create_atoms:?http://lammps.sandia.gov/doc/create_atoms.html

這里，我們看到只是指定了兩種原子類型，但并沒(méi)有告訴程序是哪兩種，它怎么會(huì)知道呢？

所以這需要在后面的勢(shì)參數(shù)中指定。