散文網(wǎng) » 科技 »學習 » 新品速遞 | 高深度超微量蛋白質(zhì)組學-切片類樣本

新品速遞 | 高深度超微量蛋白質(zhì)組學-切片類樣本

2022-12-01 09:02 作者:上海歐易生物 0人讀過 | 我要投稿

前言

組織切片的病理學檢測一直是診斷病原以及觀察機體組織病理變化的重要方法。在臨床醫(yī)學、疾病動物模型檢驗、藥理毒理學分析等相關(guān)科學研究中發(fā)揮著重要作用。同時組織切片（例如FFPE石蠟切片）通過一系列的制作流程可以實現(xiàn)長期保存，在一定時間范圍內(nèi)積累了大量的可回顧性信息。

另一方面基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學鑒定隨著軟硬件技術(shù)的發(fā)展，實現(xiàn)了更加精準的蛋白表達譜鑒定。已經(jīng)由傳統(tǒng)的常規(guī)蛋白質(zhì)組學進入到了超微量樣本蛋白質(zhì)組的時代。目前微量蛋白質(zhì)組學驅(qū)動的精準醫(yī)療通過對臨床樣本的質(zhì)譜檢測實現(xiàn)發(fā)現(xiàn)疾病標志物，以及藥物靶標的發(fā)現(xiàn)和驗證正成為研究的熱點。

上海鹿明生物科技有限公司致力于質(zhì)譜為核心的蛋白質(zhì)組學方法開發(fā)，在超微量蛋白質(zhì)組學方面繼凍存的組織樣本有了新的突破，對經(jīng)過包埋的切片和組織類樣本也實現(xiàn)了穩(wěn)定的蛋白質(zhì)組檢測。為這些珍貴的樣本的回顧性信息的深度挖掘提供了新的手段。接下來就從實驗方法，鑒定深度兩方面為大家詳細介紹。

方法介紹

首先，對切片樣本進行脫蠟（膠）和水化的處理后，采用“單管法”提取方式，采用特定的表面活性劑提高蛋白提取率及酶解效果，方法優(yōu)勢如下：

1、避免因轉(zhuǎn)管等操作造成樣本損失；

2、表面活性劑可以增加蛋白提取效率且無需丙酮沉淀等步驟從而最大限度保留蛋白；

3、離子型表面活性劑只需要加入酸即可去除，不影響質(zhì)譜檢測。

搭載布魯克新一代4D質(zhì)譜tims Pro2進行DIA檢測，實現(xiàn)高精高深的檢測。實驗流程示意圖見圖1。

圖1 組織切片微量蛋白質(zhì)組學實驗流程

鑒定深度

總的來說對于7um厚切片面積為20mm的小鼠組織約能提取5μg的蛋白。對于一些結(jié)締組織含量較高蛋白較難釋放的樣本適當增加樣本量也能達到相應(yīng)的蛋白提取效果。同一物種等量樣本的條件下冰凍切片的蛋白鑒定數(shù)要比石蠟切片的鑒定數(shù)略高（參見小鼠腎臟數(shù)據(jù)）。無論哪種樣本總體蛋白鑒定數(shù)均達到了4000+。

石蠟包埋的小鼠各器官組織進行提取并酶解后，在4D平臺timsTOF Pro 上200ng的上樣量，60分鐘的梯度鑒定蛋白數(shù)達到了4000+、肽段數(shù)達到了34000+（圖2所示）。又對小鼠肝臟樣本做三重復，實驗結(jié)果顯示檢測十分穩(wěn)定。

圖2 石蠟切片保存的不同小鼠組織蛋白及肽段鑒定深度

圖3 石蠟切片保存的小鼠肝臟組織蛋白及肽段鑒定深度

同樣的冰凍包埋的小鼠腎臟組織進行重復實驗，進行提取并酶解后，在4D平臺timsTOF Pro 上200ng的上樣量，60分鐘的梯度鑒定蛋白數(shù)達到了5000+、肽段數(shù)達到了44000+（圖4所示）。

圖4 冰凍切片保存的小鼠腎臟樣本蛋白及肽段鑒定深度

技術(shù)重復性

4次重復樣本鑒定蛋白種類overlap大于99%，定量相關(guān)性都達到0.97以上，顯示出檢測方法具有極高的穩(wěn)定性。

圖5 韋恩圖及相關(guān)性圖分析

總結(jié)

此次超微量蛋白質(zhì)組學鑒定方法，實現(xiàn)了對切片類樣本穩(wěn)定且高效的鑒定。對樣本新鮮程度的要求大大降低，能夠?qū)σ欢〞r間區(qū)域內(nèi)的樣本進行回顧性信息的深度挖掘，為病理學檢驗結(jié)果提供另一維度的有力驗證。

繼單細胞蛋白質(zhì)組產(chǎn)品之后，進一步推出的高深度超微量蛋白質(zhì)組學檢測服務(wù)實現(xiàn)了單細胞蛋白質(zhì)組-微量蛋白質(zhì)組-常規(guī)蛋白質(zhì)組的系統(tǒng)解決方案，提供樣品全數(shù)量級別的專業(yè)蛋白質(zhì)組學檢測服務(wù)，滿足不同的科研需求。樣本類型覆蓋細胞、組織、穿刺、FFPE、體液等各種類型研究需求。超微量蛋白質(zhì)組具體送樣參考要求如下：