單晶XRD常見問題及解答(一)
在做單晶X射線衍射(單晶XRD)測試時(shí),科學(xué)指南針檢測平臺(tái)工作人員在與很多同學(xué)溝通中了解到,好多同學(xué)對單晶XRD不太了解,針對此,科學(xué)指南針檢測平臺(tái)團(tuán)隊(duì)組織相關(guān)同事對單晶xrd常見問答進(jìn)行整理,希望可以幫助到科研圈的伙伴們;
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1.怎么分辨晶體能否測試?
答:晶體是要規(guī)則,無明顯裂紋的晶體(且晶體不小于20微米)。
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2.怎么選擇合適的靶材?
答:一般含有金屬原子的,優(yōu)先選擇鉬靶測試。純有機(jī)的,可能要選擇銅靶。
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3.什么時(shí)候選擇常溫或者低溫?
答:這個(gè)要拿到晶體測試后,才能確定。一般有機(jī)和MOF類可能需要選擇低溫。
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4.如果只解析晶體結(jié)構(gòu),需要提供的數(shù)據(jù)類型有哪些?
答:要提供.raw, .hkl, .p4p,._ls類型的文件,有時(shí)候也需要原始衍射圖,結(jié)構(gòu)式。
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5.長出來的晶體怎么區(qū)別是單晶還是多晶?兩者區(qū)別是什么?
答:把晶體挑選出來進(jìn)行測試,單晶和多晶的衍射圖譜不一樣。單晶的衍射圖譜(左圖)是一個(gè)個(gè)獨(dú)立的衍射點(diǎn),而多晶的衍射圖譜(右圖)是一個(gè)個(gè)環(huán)。
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6.蛋白單晶我一個(gè)月都沒有,還是一些絮狀物,該不該重新做?
答:絮狀物大部分不是晶體,測試時(shí)沒有衍射點(diǎn)。建議重新設(shè)置條件進(jìn)行培養(yǎng)。
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7.除了CCDC數(shù)據(jù)庫,最新文獻(xiàn)的單晶結(jié)果可以參考嗎?是不是文獻(xiàn)的可靠性不如數(shù)據(jù)庫的高???
答:最新的單晶文獻(xiàn)可以參考??煽啃裕瑑烧呤且粯拥?。但是數(shù)據(jù)庫的信息比文獻(xiàn)要全面些,建議把晶胞參數(shù)輸入數(shù)據(jù)庫里進(jìn)行比對。
8.單晶研磨之后,晶體結(jié)構(gòu)沒有改變,還是原來的,但是肯定變成了多晶了啊,這樣測試物相是啥沒問題,但是不能反應(yīng)晶體學(xué)取向了吧?那我單晶不研磨直接測試可以嗎?
答:這個(gè)要看測試目的。如果是需要得到樣品的純度,建議把樣品研磨成粉末進(jìn)行測試。如果是需要看晶體的生長取向,建議直接用單晶樣品進(jìn)行測試。
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9.請問一下我用CIFTOOLs導(dǎo)出來的晶體數(shù)據(jù)中沒有氫鍵的數(shù)據(jù),這是前面解析的過程中需要處理的呢?還是我這個(gè)物質(zhì)中沒有氫鍵呢?
答:氫鍵的計(jì)算是需要在命令區(qū)加個(gè)指令HTAB,一般格式是HTAB 給體原子受體原子。如下圖所示
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10.老師,我是做蛋白單晶的,今天講的單晶解析可以用于蛋白解析么?
答:單晶解析包括空間群的確定、找粗結(jié)構(gòu)和精修結(jié)構(gòu)。每步里面的解析思路是適用于任何晶體的。
11.我們輸入size命令后,size后那幾個(gè)數(shù)字是從哪里看來的?
答:這個(gè)尺寸在單晶測試時(shí),由儀器可以評估出長寬高。
12.精修輪數(shù)是先按照經(jīng)驗(yàn)確定后再實(shí)際精修的嗎?
答:精修輪數(shù)L.S.,一般按照經(jīng)驗(yàn)來定,一般定為L.S. 8或10。
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