轉(zhuǎn)錄本的定義和概念

轉(zhuǎn)錄本是由一條基因通過轉(zhuǎn)錄形成的一種或多種可供編碼蛋白質(zhì)的成熟的mRNA。

通過pcr實驗的時候反轉(zhuǎn)錄獲得cDNA時，引物的設(shè)計就是根據(jù)轉(zhuǎn)錄本設(shè)計的。那在我們的研究的疾病中，如何確定我們是那個轉(zhuǎn)錄本？

好的方法就是我選擇該基因不同轉(zhuǎn)錄本【共有的序列】進(jìn)行引物設(shè)計，那們不管是表達(dá)那個轉(zhuǎn)錄本，都可以檢測到我們需要的（當(dāng)然研究具體某一個轉(zhuǎn)錄本的功能的時候不能這樣子做）

引物設(shè)計思路

接下來介紹引物設(shè)計思路

一、高分引物

1.方法1:

https://www.home-for-researchers.com/static/index.html#/

使用科研者之家的【AI寫作助手】進(jìn)行高分引物查找--推薦

GAPDH forward primer, 5-AACTTTGGCATTGTGGAAGGGCTC-3; GAPDH reverse primer, 5-TGGAAGAGTGGGAGTTGCTGTTGA-3.

隨便選擇一個高分文獻(xiàn)的引物進(jìn)行下一步的核對

2.方法2:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

PMC：免費查找全文

需要安裝顯示影響因子的插件，選擇高分文獻(xiàn)的引物比較靠譜

二、轉(zhuǎn)錄本

三、blast

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

TOTAL SCORE 越高越好

E value 越小越好

不要看預(yù)測的，只要關(guān)注自己的物種的基因的轉(zhuǎn)錄本是否都可以預(yù)測到

說明該高分文獻(xiàn)的前引物是可以檢測到8個不同的轉(zhuǎn)錄本，說明該引物比較好。同樣的方法核對后引物。

GAPDH forward primer, 5-AACTTTGGCATTGTGGAAGGGCTC-3;?

GAPDH reverse primer, 5-TGGAAGAGTGGGAGTTGCTGTTGA-3.