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有機(jī)酸靶向代謝組學(xué)火熱研究、IF:49.962——探究衰老與癌癥的秘密

2022-03-08 08:55 作者:上海歐易生物  | 我要投稿


前言


美國威爾康奈爾醫(yī)學(xué)中心John Blenis和Ana P. Gomes課題組Nature發(fā)表了題為“”的研究成果,通過蛋白質(zhì)組學(xué)、(有機(jī)酸)靶向代謝組學(xué)、全轉(zhuǎn)錄組學(xué)等研究方法,發(fā)現(xiàn)丙酸代謝的副產(chǎn)物甲基丙二酸(MMA)在老年人的血清中增加,具有誘導(dǎo)轉(zhuǎn)錄因子SOX4的表達(dá)、重塑腫瘤細(xì)胞和微環(huán)境以促進(jìn)癌癥的侵襲性和發(fā)展的能力,揭示了MMA的積累代表了衰老與癌癥發(fā)展之間的聯(lián)系,表明MMA是晚期癌癥有希望的治療靶標(biāo)。



中文標(biāo)題:甲基丙二酸促癌重編程

研究對象:人血清

發(fā)表期刊:Nature

影響因子:49.962

運(yùn)用生物技術(shù):?蛋白質(zhì)組學(xué)、(有機(jī)酸)靶向代謝組學(xué)、全轉(zhuǎn)錄組學(xué)


研究背景


人類從65歲開始,患癌癥和死亡的風(fēng)險(xiǎn)大大增加。盡管如此,人類對年齡與癌癥之間復(fù)雜關(guān)系的理解仍處于起步階段。幾十年來,這種聯(lián)系主要?dú)w因于老年人對致變原的暴露時間增加。然而,這種觀點(diǎn)并沒有考慮到飲食,運(yùn)動和預(yù)防新陳代謝退化小分子的作用??紤]到越來越多的證據(jù)表明,癌細(xì)胞外在因素是調(diào)控腫瘤進(jìn)展的關(guān)鍵,研究人員提出假設(shè),衰老可能會產(chǎn)生一個支持腫瘤發(fā)展和侵襲性的系統(tǒng)環(huán)境


研究思路



研究結(jié)果


1.?衰老是支持腫瘤發(fā)展的外在因素之一


為了驗(yàn)證這上述的假設(shè),在30名年輕的(≤30歲)和30名老年的(≥60歲)健康捐獻(xiàn)者(圖1a)的10%人血清(HS)中培養(yǎng)了人類癌癥A549和HCC1806細(xì)胞。用年輕血清處理的大多數(shù)細(xì)胞保持其上皮形態(tài),而用老年血清中大部分變成間充質(zhì)細(xì)胞,失去極性并顯示紡錘形形態(tài)。這些表型獨(dú)立于供體種族,類似于上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT),這是一種被癌細(xì)胞劫持以獲得促轉(zhuǎn)移特性的發(fā)育過程。除了與侵襲性表型相關(guān)的serpine1和MMP2蛋白表達(dá)增加外,用老年血清培養(yǎng)的細(xì)胞顯示上皮細(xì)胞鈣粘蛋白的顯著喪失以及間充質(zhì)標(biāo)志物纖連蛋白和波形蛋白的增加(圖1b)。此外,還促進(jìn)對化學(xué)治療藥物卡鉑的抗性(圖1c)。為了確定用老年血清處理的細(xì)胞是否也會顯示出增強(qiáng)的轉(zhuǎn)移潛能,用HS處理MDA-MB-231乳腺癌細(xì)胞注射到無胸腺小鼠的尾靜脈中。老年血清顯著地增強(qiáng)了細(xì)胞定植肺部并形成轉(zhuǎn)移性病變的能力(圖1d,e)。這些數(shù)據(jù)表明,全身衰老和年齡誘導(dǎo)的循環(huán)因素有助于促進(jìn)癌癥侵襲性的獲得。


圖1 | 年齡誘導(dǎo)的循環(huán)因子促進(jìn)癌癥侵襲

a、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)圖表;

b、在血清中培養(yǎng)4天的A549細(xì)胞的免疫印跡;

c、在血清中培養(yǎng)4天的A549細(xì)胞中對卡鉑的抗性;

d,e、通過免疫印跡和肺定植測定評估在血清中培養(yǎng)5天的MDA-MB-231-螢光素酶細(xì)胞的轉(zhuǎn)移性質(zhì)


2.?老年血清可誘導(dǎo)癌癥的侵襲性,具有明顯的代謝特征


在老年血清的蛋白質(zhì)組學(xué)分析中,未顯示癌細(xì)胞的侵襲性的促炎特征(圖2)??紤]到飲食,運(yùn)動和熱量限制等代謝能干預(yù)癌癥的易感性和結(jié)果,由此檢查了供體血清的代謝組學(xué)。在有機(jī)酸代謝組學(xué)、靶向代謝組學(xué)檢測到的179個循環(huán)代謝物中,只有10個在統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著水平上改變(雙側(cè)t檢驗(yàn),P<0.5)(表1)??紤]到它們在衰老過程中已知的作用,預(yù)計(jì)谷胱甘肽,亞精胺,谷氨酰胺和α-酮戊二酸的水平將顯著下降。老年血清中只有三種代謝物持續(xù)增加:磷酸烯醇丙酮酸,喹啉酸和甲基丙二酸(MMA)。為了測試這三種代謝物中的任何一種是否負(fù)責(zé)誘導(dǎo)促侵襲作用,用每種代謝物處理A549細(xì)胞。只有MMA誘導(dǎo)了完全的前侵襲性上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化樣表型,上皮細(xì)胞鈣粘蛋白下降,同時纖維連接蛋白和波形蛋白增加(圖3)。


圖2 |?60個人血清的蛋白質(zhì)組學(xué)火山圖


表1 |?靶向代謝組學(xué)檢測的10種在統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著改變的代謝物


圖3 |?三種代謝物誘導(dǎo)癌細(xì)胞侵襲結(jié)果


3.?代謝物MMA可誘導(dǎo)癌細(xì)胞侵襲


MMA主要是丙酸代謝副產(chǎn)物的二羧酸。丙酰輔酶A是由支鏈氨基酸和奇數(shù)鏈脂肪酸的分解代謝產(chǎn)生的,其生成的琥珀酰輔酶A的方式依賴于維生素B12為三羧酸循環(huán)提供燃料。MMA的積累是由于該途徑中酶的通量增加和(或)失調(diào)所致,并且是一組稱為甲基丙二酸血癥的先天性代謝疾病以及維生素B12缺乏癥的標(biāo)志物。


通過測量所有60位供體血清中MMA的絕對濃度,其結(jié)果表明,老年血清(15–80μM)中MMA水平高于年輕血清(0.1–1.5μM)(圖4a)。此外,在10個異常樣本(5個來自未誘導(dǎo)EMT的老年捐贈者,5個來自誘導(dǎo)EMT的年輕捐贈者)中,MMA水平始終與在癌細(xì)胞中觀察到的表型相關(guān)(圖5g)。已知維生素B12水平會隨著年齡的增長而下降,通過對血清中維生素B12的測量顯示,老年捐獻(xiàn)者的維生素B12水平略有下降(圖5h),然而,這種下降與離群樣本中的MMA水平無關(guān)(圖5i)。雖然不能排除維生素B12缺乏導(dǎo)致MMA隨年齡增加的可能性,但其他因素如主要器官丙酸代謝的失調(diào)也可能與此有關(guān)。


為了更好地理解MMA的促侵襲性質(zhì),用MMA處理HCC1806,A549和MCF-10A細(xì)胞。1mM及以上的濃度足以誘導(dǎo)EMT樣表型和促侵襲性蛋白的表達(dá)(圖4b)。MMA還能增加細(xì)胞的遷移和侵襲能力(圖4c),并促進(jìn)干細(xì)胞樣特性。用MMA體外處理MDA-MB-231細(xì)胞增加了侵襲性標(biāo)志物并且足以以濃度依賴性方式穩(wěn)健地增加細(xì)胞以無胸腺小鼠肺定殖的能力(圖4d)。為了評估血清中的另一種成分是否可以促進(jìn)MMA進(jìn)入癌細(xì)胞,采用兩種不影響MMA等極性代謝物的方法去除了脂質(zhì)或大于3 kDa分子的老年血清,結(jié)果表明誘導(dǎo)促侵襲性質(zhì)的能力被消除,同時血清MMA水平顯著降低。這意味著負(fù)責(zé)該表型的MMA與血清中大于3kDa的脂質(zhì)結(jié)構(gòu)復(fù)合,促進(jìn)其進(jìn)入癌細(xì)胞。


總之,與脂質(zhì)結(jié)構(gòu)復(fù)合的MMA是一種循環(huán)因子,有助于癌細(xì)胞衰老的促侵襲作用,并足以驅(qū)動腫瘤進(jìn)展和侵襲性。


圖4?|?MMA誘導(dǎo)癌細(xì)胞的侵襲性特征

a、所有血清樣品中MMA的濃度;

b、用MMA處理10天的A549細(xì)胞的免疫印跡;

c、用MMA處理10天的MCF-10A細(xì)胞的遷移力和侵襲測定;

d、用MMA處理5天的MDA-MB-231-熒光素酶細(xì)胞的肺定植測定;

e、血清MMA最終濃度;

f、原發(fā)腫瘤的生物發(fā)光強(qiáng)度;

g、用MDA-MB-231-熒光素酶細(xì)胞轉(zhuǎn)移至每天皮下注射MMA的小鼠;

h、用MDA-MB-231-熒光素酶細(xì)胞異種移植并用MMA皮下或通過飲用水處理的小鼠的Kaplan-Meier曲線


圖5?|?異常樣本與整體樣本

g、異常樣本的MMA濃度;

h、整體樣本的維生素B12濃度;

i、異常樣本的維生素B12濃度


4.?MMA通過激活TGFβ信號傳導(dǎo)和隨后誘導(dǎo)SOX4觸發(fā)促侵襲性轉(zhuǎn)錄重編程


為了研究MMA如何促進(jìn)觀察到的細(xì)胞可塑性,用MMA處理10天的A549細(xì)胞中進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。發(fā)現(xiàn)MMA誘導(dǎo)顯著的轉(zhuǎn)錄重編程?;蚣患治?GSEA)顯示MMA調(diào)節(jié)與細(xì)胞命運(yùn)決定相關(guān)的遺傳程序。通過篩選MMA處理后表達(dá)上調(diào)的轉(zhuǎn)錄因子,發(fā)現(xiàn)這些最上調(diào)的一種轉(zhuǎn)錄因子是SOX4。在用不同濃度的MMA處理的各種細(xì)胞模型中以及在用老化血清培養(yǎng)的細(xì)胞中SOX4的水平顯著增加(圖6a,b)。用MMA或用老年血清處理后,細(xì)胞在無胸腺小鼠的肺中形成集落(圖6c,d)。


接下來研究MMA如何改變SOX4水平。通過RNA測序數(shù)據(jù)的進(jìn)一步分析顯示TGFβ信號傳導(dǎo)途徑的幾個組分增加,包括TGFβ-2配體的上調(diào)。證實(shí)了TGFβ-2 mRNA的增加,其與用MMA處理的癌細(xì)胞培養(yǎng)基中TGFβ-2豐度隨時間的增加相關(guān)(圖6e)。此外,為支持這些發(fā)現(xiàn)的生理相關(guān)性,對來自循環(huán)MMA水平升高的小鼠的腫瘤組織的分析顯示,TGFβ-2 mRNA顯著上調(diào),同時誘導(dǎo)TGFβ信號傳導(dǎo)和SOX4上調(diào)(圖6f,g)。為了測試TGFβ信號傳導(dǎo)的激活是否負(fù)責(zé)SOX4的上調(diào),同時用MMA和TGFβ受體抑制劑或泛TGFβ中和抗體處理癌細(xì)胞。培養(yǎng)基中TGFβ受體的抑制和TGFβ配體的中和足以阻斷MMA誘導(dǎo)SOX4表達(dá)和促侵襲性質(zhì)的能力(圖6h)。這些數(shù)據(jù)表明MMA依賴于以自分泌方式激活TGFβ信號傳導(dǎo)以誘導(dǎo)SOX4,并因此誘導(dǎo)維持腫瘤進(jìn)展的細(xì)胞可塑性所必需的轉(zhuǎn)錄重編程。


圖6?|?MMA通過激活TGFβ信號傳導(dǎo)和隨后誘導(dǎo)SOX4觸發(fā)促侵襲性轉(zhuǎn)錄重編程

a,b、用MMA(血清)處理10天的免疫印跡;

c,d、5天內(nèi)用SOX4基因沉默5mM MMA(老年血清)處理的MDA-MB-231-熒光素酶細(xì)胞的肺定植測定;

e、經(jīng)5mM MMA處理的A549細(xì)胞的條件培養(yǎng)基中TGFβ-2配體的水平;

f,g、通過qPCR(免疫印跡)測定注射較低劑量MMA的小鼠腫瘤樣品中的TGFβ-2 mRNA;

h、在TGFβ中和抗體存在下用5mM MMA處理的A549細(xì)胞的免疫印跡


研究結(jié)論


綜上所述,本研究結(jié)果表明機(jī)體衰老的代謝失調(diào)有助于腫瘤發(fā)展的侵襲性特性。具體而言,衰老促進(jìn)MMA的增加,這反過來賦予癌細(xì)胞作為轉(zhuǎn)移性病變遷移,侵入,存活和繁殖所必需的性質(zhì),這導(dǎo)致癌癥相關(guān)存活率降低。盡管需要更深入的研究來充分確定導(dǎo)致致瘤過程的年齡驅(qū)動變化的范圍,但本研究證明了代謝重編程是衰老與腫瘤發(fā)生間的重要關(guān)系。


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本文研究了促進(jìn)癌細(xì)胞發(fā)展和侵襲的外在因素—衰老。通過在兩組年齡的人血清中培養(yǎng)癌細(xì)胞證明了衰老會形成一個有助于癌細(xì)胞發(fā)展和侵襲的身體環(huán)境。通過有機(jī)酸向代謝組學(xué)分析了人血清的代謝物組成,發(fā)現(xiàn)只有三種代謝物在老年血清種增加,并最終確定了甲基丙二酸MMA與脂質(zhì)結(jié)合的復(fù)合因子負(fù)責(zé)誘導(dǎo)癌細(xì)胞侵襲的作用。


文末看點(diǎn)


上海鹿明生物科技有限公司多年來,一直專注于生命科學(xué)和生命技術(shù)領(lǐng)域,是國內(nèi)早期開展以蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)為基礎(chǔ)的多層組學(xué)整合實(shí)驗(yàn)與分析的團(tuán)隊(duì)。目前在多層組學(xué)研究已經(jīng)有了成熟的技術(shù)方法。


有機(jī)酸代謝組學(xué)可以用在哪些研究呢?

疾病標(biāo)志物篩選

病因與病理機(jī)制探究
疾病復(fù)發(fā)診斷
臨床療效評價(jià)
藥物毒理學(xué)評價(jià)
新生兒篩查/遺傳病篩查前研究



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End本文系鹿明生物原創(chuàng)

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