這款動(dòng)車組在2008年8月6日開始服務(wù)城鐵S2線。此前曾據(jù)聞被命名為“和諧號(hào)”，但并不屬于CRH系列，至7月22日起命名為“和諧長(zhǎng)城號(hào)”。2009年春運(yùn)期間，其中一列“和諧長(zhǎng)城號(hào)”曾短暫服務(wù)于石家莊—北京西—天津—秦皇島的臨時(shí)城際特快列車。2009年7月30日，其中一列從北京鐵路局轉(zhuǎn)配到沈陽鐵路局，開始服務(wù)于新開通的沈撫城際鐵路，來往沈陽至撫順北。

NDJ3內(nèi)燃動(dòng)車組目前共有6組列車。配屬北京局集團(tuán)公司，行走北京城市鐵路S2和S5線，來往黃土店站與八達(dá)嶺延慶站（S2）和懷柔北站（S5）之間。

NDJ3-0004曾配屬原沈陽鐵路局，曾擔(dān)當(dāng)過沈陽北—撫順北4327/02次，已停運(yùn)。

鞍山—撫順北4329/30次，已停運(yùn)。

鐵嶺—撫順北4372/3 4374/1次，已停運(yùn)。

NDJ3-0004因原沈陽鐵路局在2010.11.01的調(diào)整中將沈撫城際改為1+6的機(jī)輛模式后現(xiàn)已回庫(kù)封存。后重新配屬北京局集團(tuán)公司，開行S2線列車。

2017年12月31日，中國(guó)鐵路北京局集團(tuán)公司開行黃土店至懷柔北站的市郊鐵路S5線。

2019年10月開始，NDJ3型內(nèi)燃動(dòng)車組兩邊的機(jī)車上“和諧”二字被涂掉，目前所有機(jī)車的正面及側(cè)面均僅有“長(zhǎng)城號(hào)”三字，而不是原來的“和諧(換行)長(zhǎng)城號(hào)”五字。

2019年12月30日?北京市郊鐵路S5線隨清河站開通改至清河至古北口