Rosetta從頭蛋白抗體設(shè)計、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用

一.?從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計

目標：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。

1?蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測簡介

1.1?主鏈二面角與二級結(jié)構(gòu)

1.2?側(cè)鏈堆積與三級結(jié)構(gòu)

2?蛋白質(zhì)設(shè)計簡介

2.1?蛋白質(zhì)設(shè)計的分類及應(yīng)用

二.??Rosetta基礎(chǔ)

三. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer?、Linux和Python基礎(chǔ)

教學目標：能夠使用vim編輯器簡單編輯文件，能夠使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。

?

3?Pose/mover/scorefunction

4?LINUX 入門命令

4.1?用戶屬組及權(quán)限 目錄文件屬性

4.2?LINUX基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量

4.3?shell常用命令練習

4.4?conda介紹

四．?結(jié)構(gòu)擾動與結(jié)構(gòu)優(yōu)化

五．序列設(shè)計

PackRotamer和FastDesign

教學目標：了解Rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和RosettaScript編寫應(yīng)用（以pack/min/pack為例）。

5?Minmover,????MC?Mover,?Fastrelax mover

5.1?Movemap

6?RosettaScript組成和要素

6.1?Filter?ResidueSelector?

TaskOperation

6.2 DSSP/Disulfidize Mover

六. 蛋白-蛋白對接基礎(chǔ)

目標：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測手段。

7?Translat和rotation mover

7.1?Low?resolution的全局搜索

7.2?High resolution的精細調(diào)整

7.3?FoldTree?

七. 抗體設(shè)計

目標：熟悉抗體模型預(yù)處理流程, 掌握RAbD常用命令

8?抗體結(jié)構(gòu)文件的處理

8.1?PyIgClassify

8.2?抗體抗原對接模型

8.3?CDR區(qū)優(yōu)化

8.4?Framework區(qū)優(yōu)化

案例實踐：

??SSD和MSD設(shè)計任務(wù)

八. CartisenDDG?突變掃描

九.?RosettaScript應(yīng)用

目標：熟悉RosettaScript開發(fā)流程，了解序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計原理，完成從頭蛋白質(zhì)設(shè)計的操作練習。

9?序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計

9.1?Input和Output flags控制輸入輸出

9.2?CleanAtom結(jié)構(gòu)預(yù)處理

9.3?ROSETTACLASH.LOG和RosettaCommons

9.4?ResFile等輔助文件

9.5?小改中改與大改

9.6?練習答疑

案例實踐：

FastDesign設(shè)計任務(wù)