個(gè)人學(xué)習(xí)記錄：建樹流程3——MrBayes的使用
在用MrModeltest2得到最佳模型后就可以用于建樹了，打開輸出的文件，直接去搜索尋找生成的Bayes進(jìn)化模型選擇的命令模塊。
上課給了我們Bayes初級(jí)的較簡(jiǎn)單的腳本，將上面得到的進(jìn)化模型模塊替換腳本內(nèi)對(duì)應(yīng)內(nèi)容就可以直接用了。
MrBayes下載（http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html），解壓后直接到bin文件夾目錄里找到mb.3.2.7-win64.exe，點(diǎn)開就能出現(xiàn)Bayes的命令提示符框。
MrBayes喂進(jìn)去的是 .nex文件，也就是之前提到的PAUP使用的文件格式，但是將mega生成的 .nex 文件喂進(jìn)去會(huì)報(bào)錯(cuò)，因?yàn)閙ega生成的文件里面的內(nèi)容不符合MrBayes處理所需的格式，需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化調(diào)整。這一步研究了半天，按照標(biāo)準(zhǔn)手動(dòng)修改內(nèi)容可以達(dá)到目的，后來還是去請(qǐng)教了一下老師，用DAMBE這個(gè)軟件來輸出 .nex 文件是最方便快捷的。
先來講一下DAMBE標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)的方式，后面再詳細(xì)解釋。DAMBE下載（https://www.softpedia.com/get/Science-CAD/DAMBE.shtml），安裝的時(shí)候會(huì)提示該軟件發(fā)布者不詳，存在隱患，我就直接忽略了，堅(jiān)持安裝，然后運(yùn)行軟件。
打開之前比對(duì)調(diào)整好的 .fas文件
接著將其保存為 .NEX 文件
然后可以比對(duì)一下mega輸出的文件跟DAMBE輸出的有什么不同。先看一下mega的，用Notepad++打開查看。
將其導(dǎo)入PAUP進(jìn)行再次輸出為test.nex 再看看，會(huì)看到有變化，但是依舊不能直接用于MrBayes的運(yùn)算。
再來看一下能夠直接喂給MrBayes的文件（DAMBE輸出的）。
主要的變化框出來了，不再有begin taxa 和taxlabels 了，begin? data替換了begin characters， datatype變化 ， missing替換了gap。
如果不想多下亂七八糟的軟件可以手動(dòng)修改內(nèi)容，最重要的修改是以下幾點(diǎn)：
begin? taxa和 begin characters刪掉，以 Begin data 為起始。
taxlabels刪掉（其實(shí)不刪似乎也沒有影響）
datatype=nucleotide會(huì)無法識(shí)別數(shù)據(jù)類型，改為datatype=DNA，gap改不改成missing好像沒有影響。
將最上面Bayes腳本（替換了進(jìn)化模型選擇模塊的）復(fù)制粘貼到 filename.nex(.NEX) 的文末，保存，將文件放在MrBayes運(yùn)行文件的同一目錄下，輸入
也可以不把Bayes腳本放在filename.nex中，運(yùn)行上面這條命令加載了數(shù)據(jù)湖，再輸入腳本里的命令內(nèi)容也行，一樣的。
Bayes法運(yùn)算量較大，耗時(shí)還是挺長(zhǎng)的。
然后可以用TreeView或者其他的軟件來查看編輯得到的樹 filename.NEX.con.tre?
貝葉斯運(yùn)算量比較大，電腦容易跑斷，可以在mcmc命令中加入checkfreq=n (n為保存斷點(diǎn)間隔的代數(shù)）參數(shù)即可保存斷點(diǎn)；下次從斷點(diǎn)繼續(xù)運(yùn)算時(shí)，在mcmc? 那行命令中加入append=yes參數(shù)即可。
