之前跟你們說過，每當(dāng)小云寫文章無思路的時(shí)候，就會(huì)去找經(jīng)驗(yàn)豐富的胖師兄求助，此時(shí)此刻，小云也正在猶豫要不要開口、如何開口更加自然。

我還沒想好怎么開口，美女粉絲發(fā)來一條信息：小云你好，你發(fā)的文章我基本上都看過，但是有個(gè)問題想請(qǐng)教，我看分析免疫浸潤(rùn)的都是腫瘤，那么非腫瘤疾病能不能分析免疫浸潤(rùn)？

哎呀呀，不得不說她這個(gè)問題提的不錯(cuò)，其實(shí)非腫瘤疾病也能分析免疫浸潤(rùn)哦。

（沒有思路找小云，超多個(gè)性化、創(chuàng)新性高的分析思路供你選擇！）

沒想到跟粉絲聊聊天，這思路不就來了嗎？這回不用麻煩胖師兄了?？磥硇≡埔院笠喔劢z互動(dòng)才行呀！

話不多說，今天小云就借用一篇6分+脂質(zhì)代謝的純生信分析文章，帶你看看非腫瘤疾病是如何分析免疫浸潤(rùn)的。

?研究思路

利用GEO數(shù)據(jù)庫中椎間盤退變（IDD）血液樣本的GSE124272基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析，結(jié)合脂質(zhì)代謝相關(guān)基因（LMRGs），利用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）篩選出與IDD進(jìn)展有關(guān)的hub LMRGs，并對(duì)hub LMRGs進(jìn)行功能富集分析和免疫浸潤(rùn)分析。采用主成分分析、機(jī)器學(xué)習(xí)模型和表達(dá)驗(yàn)證等方法來評(píng)估hub LMRGs。

主要研究結(jié)果

1.?? 椎間盤退變（IDD）患者DEGs的鑒定和富集分析

分析IDD中的差異表達(dá)基因DEGs 并進(jìn)行富集分析，KEGG和GSEA結(jié)果提示，在IDD發(fā)生過程中，toll樣受體信號(hào)通路、鐵死亡、中性粒細(xì)胞胞外誘捕網(wǎng)形成等信號(hào)通路顯著富集 (圖1)。

2.?? 椎間盤退變（IDD）患者的免疫細(xì)胞分析

采用CIBERSORT方法進(jìn)行免疫浸潤(rùn)分析，估計(jì)兩組血液中22種免疫細(xì)胞的相對(duì)比例（圖2A）。中性粒細(xì)胞在IDD患者的血液中異常上調(diào)，而γδT細(xì)胞下調(diào)(圖2B)。還分析了各樣本中免疫細(xì)胞的表達(dá)情況和比例（圖2C-D）。

3.?? 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）及椎間盤退變進(jìn)展中脂質(zhì)代謝相關(guān)基因（LMRGs）的篩選與驗(yàn)證

進(jìn)行WGCNA分析，將所有基因歸納為不同的共表達(dá)模塊，評(píng)估模塊-性狀關(guān)系熱圖，其中g(shù)rey60模塊相關(guān)性最強(qiáng)。將IDD組中的差異基因DEGs、grey60模塊中差異基因和KEGG數(shù)據(jù)庫中的750個(gè)LMRGs取交集，得到10個(gè)基因 (圖3B)?；谶@10個(gè)基因建立機(jī)器學(xué)習(xí)模型來驗(yàn)證這些基因的預(yù)測(cè)能力。利用驗(yàn)證集驗(yàn)證這10個(gè)基因在正常和IDD患者椎間盤（IVD）組織中的表達(dá)情況（圖3E）。其中CYP27A1、FAR2和CYP1B1被鑒定為中心基因，而CYP1B1是與IDD臨床性狀的相關(guān)性最強(qiáng)的基因。

4.?? 基于CYP1B1的功能分析及免疫浸潤(rùn)分析

驗(yàn)證集中CYP1B1均顯著高表達(dá)(圖4B)，將IDD患者分為高CYP1B1組和低CYP1B1組，GESA分析顯示富集在多種免疫相關(guān)通路（圖4C-D）。還分析了免疫浸潤(rùn)與CYP1B1表達(dá)的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)中性粒細(xì)胞浸潤(rùn)水平與CYP1B1表達(dá)呈正相關(guān)，而γδT細(xì)胞與CYP1B1表達(dá)呈負(fù)相關(guān)（圖4E-F）。

5.?? Nomogram椎間盤退變預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建

基于3個(gè)LMRGs的表達(dá)水平，構(gòu)建預(yù)測(cè)IDD進(jìn)展的nomogram模型，證實(shí)了模型對(duì)IDD的預(yù)測(cè)能力（結(jié)果未展示，感興趣的找小云要原文哦）。

總結(jié)

看完這篇文章是不是就知道非腫瘤疾病也能分析免疫浸潤(rùn)啦，方法與腫瘤類似，如果你關(guān)注的疾病是非腫瘤，快來分析一下與免疫浸潤(rùn)的相關(guān)性吧！篩選出關(guān)鍵的免疫細(xì)胞，還可以以此為基礎(chǔ)設(shè)計(jì)后續(xù)的實(shí)驗(yàn)課題哦。

小云有話說

如果您想設(shè)計(jì)免疫浸潤(rùn)相關(guān)的課題思路或者生信分析思路，但是時(shí)間和精力有限，我們可以提供如下幫助：免費(fèi)評(píng)估（只要提供疾病即可）、腹誹設(shè)計(jì)、生信分析和實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目實(shí)施等。歡迎咨詢小云哦！