實(shí)操指南| 如何快速解鎖植物樣品CUT&Tag實(shí)驗(yàn)？
Cleavage Under Target & Tagmentation (CUT&Tag)是一種新興的研究DNA-蛋白質(zhì)互作的方法。
2019年，Steven Henikoff團(tuán)隊(duì)將該技術(shù)首次應(yīng)用于哺乳動(dòng)物細(xì)胞，在《Nature Communications》上公布。該方法克服了傳統(tǒng)ChIP-Seq技術(shù)的很多缺點(diǎn)，省時(shí)，操作簡(jiǎn)便，數(shù)據(jù)信噪比高，需要的細(xì)胞起始量低。
除了動(dòng)物組織，細(xì)胞樣品，該項(xiàng)技術(shù)在植物領(lǐng)域也越來(lái)越受到大家的關(guān)注和青睞。研發(fā)人員對(duì)CUT&Tag技術(shù)進(jìn)行改進(jìn)，打破植物細(xì)胞壁、大液泡和次生代謝產(chǎn)物的壁壘，使其能夠廣泛應(yīng)用于植物染色質(zhì)的釋放。目前已在棉花，水稻，擬南芥的植物樣品中取得成功；
案例一：
Efficient chromatin profiling of H3K4me3 modification in cotton using CUT&Tag
發(fā)表單位：浙江大學(xué)關(guān)雪瑩團(tuán)隊(duì)
文獻(xiàn)來(lái)源：DOI: 10.1186/s13007-020-00664-8
實(shí)驗(yàn)樣品：棉花
抽提細(xì)胞核流程圖
Tips：
1.如果樣品少，可以不進(jìn)行過(guò)濾操作；
2.抽提完細(xì)胞核后，可以無(wú)縫銜接CUT&Tag Assay Kit (pAG-Tn5) for Illumina (RK20265);
試劑配方:
Nuclear isolation buffer A (10 mM Tris pH 8.0, 10 mM KCl, 0.5 mM spermidine)50 mL for one sample;
Nuclear isolation buffer B (10 mM Tris pH 8.0, 10 mM KCl, 0.5 mM spermidine, 0.5% Triton X-100, 0.1% cocktail) ;
Nuclear wash buffer (10 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM spermidine, protease inhibitor cocktail 0.1%).
案例二：
Rapid and Low-Input Profiling of Histone Marks in Plants Using Nucleus CUT&Tag
發(fā)表單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)李興旺課題組
文獻(xiàn)來(lái)源：DOI:10.3389/ fpls.2021.634679
實(shí)驗(yàn)樣品：單子葉植物水稻和雙子葉植物油菜籽
Formaldehyde-fixed nuclei (Zhao et al., 2020)，doi: 10.1038/s41467-020-16457-5 ；
The native nuclei from fresh tissue (Sun et al., 2020),doi: 10.1186/s13059-020- 02063-7 ;
Tips：
1、Buffer S (50 mM HEPES-KOH (pH7.5), 150 mM NaCl, 1 mM Ethylene Diamine Tetra-acetic Acid (EDTA), 1%Triton X-100, 0.1%sodium deoxycholate, 1%SDS)
2、水稻，油菜可以將樣品量減少到0.1
or 0.01 g ；
3、抽提完細(xì)胞核后，可以無(wú)縫銜接CUT&Tag Assay Kit (pAG-Tn5) for Illumina (RK20265);
ABclonal（愛(ài)博泰克）推出了基于pAG-Tn5的CUT&Tag解決方案，為蛋白-DNA互作研究提供了有利的工具，并成功在1000個(gè)擬南芥細(xì)胞核樣品中富集H3K4me3靶標(biāo)基因（圖1）。
同時(shí)，針對(duì)不同需求的客戶群體，推出了靈活可選擇的產(chǎn)品套餐。包括CUT&Tag試劑盒,轉(zhuǎn)座體,單酶,以及經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的CUT&Tag抗體（ABclonal自產(chǎn)抗體）。
圖1擬南芥根細(xì)胞核CUT&Tag實(shí)驗(yàn)結(jié)果（Peak IGV圖）
ABclonal
公司簡(jiǎn)介
愛(ài)博泰克生物科技有限公司（ABclonal Technology Co.,Ltd.）成立于2011年，作為生命科學(xué)解決方案的提供商，旨在為更多的科研工作者、IVD企業(yè)、新技術(shù)開(kāi)發(fā)企業(yè)提供抗體、酶、NGS產(chǎn)品和蛋白制品等全套解決方案。
