實(shí)踐課課堂效果極差，基本上就能學(xué)到有哪些軟件，每一步的目的都沒有講明白，一步跟不上就gg了，課上只能說是走馬觀花，還是得課下自己摸索一遍……

bioedit的功能還是挺多的，序列編輯、酶切位點(diǎn)檢測啥的，這里只用一下序列堿基編輯的功能來人工校正一下序列的對(duì)其。下載安裝就不說了（下載地址：https://bioedit.software.informer.com/7.2/）

win11下，bioedit的界面看著好糊，不過不耽誤使用。不支持拖拽打開文件，老老實(shí)實(shí)File→open

編輯用的都在這些工具里，隨便玩，瞎點(diǎn)點(diǎn)，拖拖拽拽，自然就知道是咋用的了，沒啥可講的。

玩亂了開始辦正事，ctrl+z??撤回大法，太亂了就重新打開文件，或者直接Accessory Application里找ClustalW

開潤

一般問題集中出現(xiàn)在gap兩側(cè)，著重看一下，例如我這個(gè)例子里面就是，判斷依據(jù)不太好描述，只能說是憑借經(jīng)驗(yàn)來主觀地判斷實(shí)際客觀情況（唐突哲學(xué)）

咋樣方便咋樣來，弄得沒問題后保存輸出就行了，原先叫test.fas，改個(gè)名字，叫test1.fas

打開MEGA，這個(gè)軟件更新很快，不過主體上沒有大的變化。MEGA支持拖入文件打開，打開fas文件出現(xiàn)窗口問你如何打開，Align操作編輯序列，跟之前bioedit里的操作感覺一樣，沒必要去弄了，直接點(diǎn)分析就行了。

先算個(gè)距離矩陣

看一下用建樹模型最佳是哪個(gè)，這里直接用了默認(rèn)參數(shù)，一般來說應(yīng)該不用調(diào)整

結(jié)果里GTR+G的模型排在最前面，先記下來

用ML法建樹，使用上面得到的最佳模型。

得到樹的編輯界面，邊上有編輯工具，適當(dāng)?shù)拿阑{(diào)整就好

MEGA里面的其他方法（NJ、MP等）默認(rèn)設(shè)置參數(shù)就行

總體上來說MEGA的使用還是比較直觀簡單的，就是ML法的模型選擇有點(diǎn)難理解，有的時(shí)候可能最優(yōu)模型是多項(xiàng)配合，但MEGA里不支持這種模型組合的話就只好選擇排在下面的最優(yōu)項(xiàng)了。