如何理解什么是力場(chǎng)？

在化學(xué)和分子建模的背景下，力場(chǎng)是一種計(jì)算方法，用于估計(jì)分子內(nèi)原子之間以及分子之間的力。更準(zhǔn)確地說(shuō)，力場(chǎng)是指用于計(jì)算分子力學(xué)、分子動(dòng)力學(xué)或蒙特卡羅模擬中原子或粗粒粒子系統(tǒng)的勢(shì)能的函數(shù)形式和參數(shù)集。所選能量函數(shù)的參數(shù)可以來(lái)自物理和化學(xué)實(shí)驗(yàn)、量子力學(xué)計(jì)算，或兩者兼而有之。力場(chǎng)是原子間勢(shì)，使用與經(jīng)典物理學(xué)中的力場(chǎng)相同的概念，不同之處在于化學(xué)中的力場(chǎng)參數(shù)描述了能量景觀(guān)，全原子力場(chǎng)為系統(tǒng)中每種類(lèi)型的原子（包括氫）提供參數(shù)，而聯(lián)合原子間勢(shì)將甲基和亞甲基橋中的氫和碳原子視為一個(gè)相互作用中心。粗粒度勢(shì)能通常用于長(zhǎng)時(shí)間模擬蛋白質(zhì)、核酸和多組分復(fù)合物等大分子，但會(huì)犧牲化學(xué)細(xì)節(jié)以獲得更高的計(jì)算效率。

力場(chǎng)：分子如何運(yùn)動(dòng)，為啥會(huì)運(yùn)動(dòng)，是因?yàn)榉肿訒?huì)受到分子間的相互做那個(gè)用力，建模只是描述了分子的坐標(biāo)，這種坐標(biāo)是一種虛無(wú)的，沒(méi)有啥信息，為了讓上面的原子有信息就需要給定一個(gè)參數(shù)叫做力場(chǎng)。這個(gè)力場(chǎng)不僅會(huì)告訴你原子的尺寸大小，電荷數(shù)，質(zhì)量，鍵長(zhǎng)，鍵角，二面角等所有用來(lái)描述分子的參數(shù)，同時(shí)他還會(huì)告訴你不同分子之間原子的相互作用力隨位置關(guān)系的大小。

力場(chǎng)根據(jù)功能的劃分？

根據(jù)對(duì)分子抽象程度的不同，分子力場(chǎng)一般分為精細(xì)化力場(chǎng)、原子力場(chǎng)、粗?；?chǎng)三類(lèi)。

精細(xì)化力場(chǎng)對(duì)分子的描述是超原子級(jí)別的，力場(chǎng)中所包含的位點(diǎn)個(gè)數(shù)多于分子中的原子數(shù)，可以更加細(xì)致地描述分子的相互作用，如水分子力場(chǎng)中就存在質(zhì)荷與電荷分開(kāi)的情況。原子力場(chǎng)對(duì)分子的描述是（準(zhǔn)）原子級(jí)別的，

若考慮分子中的所有原子并為其定義力場(chǎng)參數(shù)，則稱(chēng)為全原子力場(chǎng)；若忽略分子中的一些原子（如非極性H原子），將相互作用整合到相鄰原子上，則稱(chēng)為聯(lián)合原子力場(chǎng)。

而粗粒化力場(chǎng)對(duì)分子的描述是亞原子級(jí)別的，它進(jìn)一步抽象分子結(jié)構(gòu)，將更大的基團(tuán)視為一個(gè)位點(diǎn)，從而簡(jiǎn)化分子的拓?fù)湫螒B(tài)。顯然，對(duì)分子抽象程度越高的力場(chǎng)，計(jì)算速度越快，能處理的體系也越大，但對(duì)分子的描述越不精確。選擇哪種分子模型，應(yīng)根據(jù)實(shí)際情況加以權(quán)衡。

在早期的分子力場(chǎng)中，電荷點(diǎn)通常被賦予了固定的位置以及電荷數(shù)。這種力場(chǎng)又被稱(chēng)為不可極化力場(chǎng)，其缺點(diǎn)是不允許分子中的電荷重新分布，因此不能描述分子的極化現(xiàn)象。

這種考慮了極化效應(yīng)的力場(chǎng)被稱(chēng)為極化力場(chǎng) (polarizable FF)，利用極化力場(chǎng)進(jìn)行的分子動(dòng)力學(xué)模擬被稱(chēng)為極化分子動(dòng)力學(xué)模擬。極化分子力場(chǎng)相較于不可極化分子力場(chǎng)更加復(fù)雜，計(jì)算也更為龐大。在模擬過(guò)程中處理極化效應(yīng)的方式有波動(dòng)電荷 模型、經(jīng)Drude 振子模型以及誘導(dǎo)點(diǎn)偶極子模型等。目前，極化分子動(dòng)力學(xué)模擬也已被廣泛用于聚合物/鋰鹽解質(zhì)體系的研究中。

材料力場(chǎng)

cvff(consistent valence forcefield)：參數(shù)用于有機(jī)分子、蛋白質(zhì)模擬，函數(shù)形式略復(fù)雜。cvff_aug是對(duì)其擴(kuò)展，可以用于研究硅酸鹽、鋁硅酸鹽、磷酸鹽、泥土

CFF(consistent family of forcefield)：包括CFF91和CFF95。適用面很廣，涵蓋有機(jī)無(wú)機(jī)小分子、聚合物、多糖和生物大分子，還支持金屬。函數(shù)形式挺復(fù)雜。參數(shù)由從頭算獲得，非鍵參數(shù)從CVFF弄來(lái)，不適合凝聚相模擬。

pcff：基于CFF91，適用范圍做了擴(kuò)展，主要用于聚合物和有機(jī)材料，也能用于無(wú)機(jī)材料，還有糖、核酸、脂的參數(shù)。

COMPASS=Condensed-phase Optimized Molecular Potentials for Atomistic Simulation Studies：在pcff基礎(chǔ)上改進(jìn)的新版本，同樣由從頭算獲得參數(shù)，在凝聚相模擬方面大有改善。適用于有機(jī)和一些無(wú)機(jī)分子、高分子，常用于材料領(lǐng)域的各種性質(zhì)計(jì)算，不支持生物分子。模擬超臨界水不錯(cuò)。能夠適應(yīng)很寬范圍的壓強(qiáng)和溫度。MS中COMPASS(即2.8)>COMPASS2.7>COMPASS2.6。在MaterialStudio中御用，參數(shù)是加密不公開(kāi)的，雖然lammps也能用，但是參數(shù)不全。

普適力場(chǎng)

Dreiding：普適型力場(chǎng)，但支持的元素有限，并非涵蓋整個(gè)周期表?？梢杂糜谟袡C(jī)、生物、主族無(wú)機(jī)分子。結(jié)構(gòu)、結(jié)合能的計(jì)算結(jié)果精度一般。沒(méi)有指定計(jì)算電荷的方法，建議用擬合靜電勢(shì)電荷，原文用Gasteiger勉強(qiáng)應(yīng)付。

UFF=Universal Force Field：涵蓋整個(gè)周期表的普適型力場(chǎng)。比Dreiding更好。函數(shù)不復(fù)雜。UFF計(jì)算結(jié)構(gòu)、結(jié)合能的計(jì)算結(jié)果精度一般，主要適合找不到適合的力場(chǎng)時(shí)湊合用。默認(rèn)用QEq電荷。缺少純金屬單質(zhì)的參數(shù)，都是離子的。

反應(yīng)力場(chǎng)

REBO：反應(yīng)力場(chǎng)，主要用于固體，無(wú)非鍵參數(shù)。后來(lái)添加了C、H的LJ參數(shù)的叫做AI-REBO力場(chǎng)。

ReaxFF=Reactive force field：ADF、MS、lammps支持，作者本人也有相應(yīng)的程序但不公開(kāi)。這是反應(yīng)力場(chǎng)，引入鍵級(jí)概念，可以研究模擬過(guò)程中的設(shè)計(jì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)改變的化學(xué)反應(yīng)，挺流行。對(duì)于結(jié)構(gòu)新鮮的體系可能差一些。用于爆炸、燃燒過(guò)程的反應(yīng)貌似不錯(cuò)。支持所有主族和部分過(guò)渡金屬元素。電荷由EEM獲得。參數(shù)很多很復(fù)雜難找全。形式復(fù)雜，步長(zhǎng)需要比較小，比如0.1~0.5fs。計(jì)算速度慢，貌似介于半經(jīng)驗(yàn)與一般分子力場(chǎng)耗時(shí)之間，只適合最多用于幾千個(gè)分子，再多的話(huà)就得和普通力場(chǎng)聯(lián)用（類(lèi)似QM/MM）。

專(zhuān)業(yè)小分子力場(chǎng)

MMX：早期的有機(jī)小分子力場(chǎng)。

MM2/MM3/4=Molecular Mechanics versions 2/3/4：用于小分子。函數(shù)復(fù)雜。計(jì)算小分子結(jié)構(gòu)能量好，適合構(gòu)象搜索、計(jì)算頻率、獲得最穩(wěn)定結(jié)構(gòu)。由于VDW參數(shù)不好，凝聚相問(wèn)題差。MM3是這一類(lèi)中最流行的。MM3也有蛋白質(zhì)參數(shù)，叫MM3PRO。

MMFF=Merck Molecular Force Field：各方面類(lèi)似于MM2/3，但比之更好。在CFF之后才發(fā)展的，也是從頭算計(jì)算參數(shù)，但提升至MP2級(jí)別。參數(shù)比較細(xì)而且廣泛。凝聚相問(wèn)題仍不好。

大分子力場(chǎng)

CHARMM=Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics，函數(shù)形式簡(jiǎn)單，包含以下版本：

CHARMM19：聯(lián)合原子力場(chǎng)，也適用于蛋白質(zhì)。

CHARMM22：全原子力場(chǎng)，適用于蛋白質(zhì)。

CHARMM22/CMAP：適用于隱勢(shì)GBSW。名字編號(hào)是最初使用這種力場(chǎng)的CHARMM版本得名的。

CHARMM27：適用于核酸和脂（膜）。與22結(jié)合可以混合使用模擬蛋白+核酸體系。應(yīng)當(dāng)用TIP3P，是在這種水模型下擬合的。

CHARMM General Force Field(CGenFF)：用于藥物類(lèi)小分子，也可視為通用有機(jī)小分子力場(chǎng)?？山Y(jié)合其它CHARMM全原子力場(chǎng)使用。

CHARmm：CHARMM的商業(yè)版本，歸Accelrys。

AMBER=Assisted Model Building with Energy Refinement：適合蛋白和核酸的凝聚相模擬，有機(jī)小分子支持得少。函數(shù)形式簡(jiǎn)單。包含以下版本：

ff12力場(chǎng)(parm10.dat+frcmod.ff12SB)：與ff10的區(qū)別是對(duì)蛋白的骨架和側(cè)鏈扭轉(zhuǎn)項(xiàng)參數(shù)做了進(jìn)一步修正以更吻合實(shí)驗(yàn)。核酸的參數(shù)沒(méi)變。這是目前最好的amber力場(chǎng)。

ff10力場(chǎng)(parm10.dat)：對(duì)ff99的各種參數(shù)補(bǔ)丁的集合，相當(dāng)于parm99.dat+frcmod.ff03+bsc0+chi.OL3+新的離子參數(shù)+原子和殘基名的修改以順應(yīng)PDB format version 3。蛋白的參數(shù)和ff99SB相同。

ff99SBildn(frcmod.ff99SBildn)：對(duì)ff99SB的異亮氨酸、亮氨酸、天冬氨酸、天冬酰胺的側(cè)鏈參數(shù)改進(jìn)的補(bǔ)丁。

ff99SBnmr(frcmod.ff99SBnmr)：基于NMR數(shù)據(jù)對(duì)ff99SB的骨架參數(shù)進(jìn)行修正的補(bǔ)丁。

ff03.r1力場(chǎng)(parm99.dat+frcmod.ff03)：ff99力場(chǎng)的修改版。獲取電荷時(shí)通過(guò)連續(xù)介電模型表現(xiàn)溶劑可極化效應(yīng)，修改了蛋白phi、psi骨架參數(shù)，減少了對(duì)螺旋構(gòu)象的偏愛(ài)。核酸參數(shù)相對(duì)于ff99沒(méi)變。ff03.r1與amber9中的ff03略有不同，那時(shí)仍用的是ff94的方法得來(lái)的碳、氮端基原子電荷，如果仍想用那時(shí)代的ff03就調(diào)用oldff/leaprc.ff03.

ff03ua力場(chǎng)(parm99.dat+frcmod.ff03+frcmod.ff03ua)：ff03力場(chǎng)的united-atom版本，側(cè)鏈的氫原子被united了，骨架上的氫原子和芳香環(huán)上的氫原子仍被保留。由于骨架還是全原子故骨架勢(shì)參數(shù)沒(méi)變，側(cè)鏈上的參數(shù)因用了united故重新擬合。核酸參數(shù)完全沒(méi)變，且還是全原子。

ff02力場(chǎng)(parm99.dat+frcmod.ff02pol.r1)：ff99力場(chǎng)的可極化版，給原子上增加了可極化的偶極子。frcmod.ff02pol.r1是對(duì)原ff02的扭轉(zhuǎn)參數(shù)的修正。

AMBER=Assisted Model Building with Energy Refinement：適合蛋白和核酸的凝聚相模擬，有機(jī)小分子支持得少。函數(shù)形式簡(jiǎn)單。包含以下版本：

ff02EP力場(chǎng)(parm99EP.dat+frcmod.ff02pol.r1)：ff02力場(chǎng)基礎(chǔ)上給諸如氧、氮、硫原子增加了偏離原子中心的點(diǎn)電荷以表現(xiàn)孤對(duì)電子效應(yīng)。據(jù)稱(chēng)比f(wàn)f02稍好點(diǎn)。

ff99力場(chǎng)(parm99.dat)：大部分參數(shù)來(lái)自ff94力場(chǎng)，修改了許多扭轉(zhuǎn)角的參數(shù)。甘氨酸的骨架參數(shù)有問(wèn)題，螺旋和延展構(gòu)象的平衡性不對(duì)。而對(duì)于DNA，ff99長(zhǎng)時(shí)間模擬中亞穩(wěn)態(tài)占統(tǒng)治地位，即alpha和gamma二面角傾向于分別為gauche+和trans狀態(tài)。雖然在RNA中也有這問(wèn)題，但不嚴(yán)重。ff99的這些毛病在ff94里也有。

ff99SB力場(chǎng)(parm99.dat+frcmod.ff99SB)：對(duì)ff99的蛋白二面角參數(shù)進(jìn)行修正，二級(jí)結(jié)構(gòu)間分布的比例得到了改善，也解決了甘氨酸骨架參數(shù)問(wèn)題。

bsc0(frcmod.parmbsc0)：解決上述ff99在核酸模擬問(wèn)題上的補(bǔ)丁，同時(shí)還改進(jìn)了RNA的糖苷的gamma二面角扭轉(zhuǎn)勢(shì)?？蓞⒖糷ttp://mmb.pcb.ub.es/PARMBSC0。

ff99SB+bsc0力場(chǎng)：把bsc0補(bǔ)丁用到ff99SB上，相對(duì)于ff99同時(shí)增進(jìn)對(duì)蛋白和核酸的效果。這個(gè)組合使gamma二面角過(guò)分偏離了trans型。如果初始結(jié)構(gòu)有很多gamma角為trans的情況，還是用ff99比較好。

ff99SBildn(frcmod.ff99SBildn)：在ff99SB基礎(chǔ)上修改氨基酸側(cè)鏈參數(shù)的補(bǔ)丁。

ff99SBnmr(frcmod.ff99SBnmr)：在ff99SB基礎(chǔ)上修改骨架扭轉(zhuǎn)項(xiàng)參數(shù)以更符合NMR數(shù)據(jù)的補(bǔ)丁。

AMBER=Assisted Model Building with Energy Refinement：適合蛋白和核酸的凝聚相模擬，有機(jī)小分子支持得少。函數(shù)形式簡(jiǎn)單。包含以下版本：

ff98力場(chǎng)(parm98.dat)：對(duì)ff94改進(jìn)了糖苷的扭轉(zhuǎn)角參數(shù)。

ff96力場(chǎng)(parm96.dat)：與ff94扭轉(zhuǎn)角不同，算出來(lái)的能量更接近量化結(jié)果。來(lái)自Beachy et al，由于構(gòu)象有明顯偏向beta等問(wèn)題，使用不廣泛。

ff94力場(chǎng)(parm94.dat)：來(lái)自Cornell, Kollman et al。適合溶劑環(huán)境。電荷由RESP HF/6-31G*獲得。

ff86力場(chǎng)(parm91X.dat)：將ff84擴(kuò)展為全原子力場(chǎng)。和ff84一樣對(duì)氫鍵也是用Lennard-Jones 10-12勢(shì)，故如果想在sander里用ff84/86，得重新帶著-DHAS_10_12選項(xiàng)編譯。之所以相應(yīng)的文件叫parm91X是因?yàn)閷?duì)原始ff86做了一些修正。（parm91X.dat是parm91.dat的補(bǔ)完版，加入了一些非鍵項(xiàng)，但非鍵項(xiàng)比如Mg、I等的參數(shù)都沒(méi)調(diào)好，只是近似。）

ff84(parm91X.ua.dat)：最早的AMBER力場(chǎng)，用于模擬核酸和蛋白質(zhì)的聯(lián)合原子力場(chǎng)。不推薦使用，但在真空或者距離依賴(lài)的介電常數(shù)下模擬還有用。

parmAM1和parmPM3力場(chǎng)(parmAM1.dat/parmPM3.dat)：用這個(gè)參數(shù)對(duì)蛋白質(zhì)優(yōu)化可以得出與AM1/PM3相同的優(yōu)化結(jié)果。如今已沒(méi)什么價(jià)值。

GAFF力場(chǎng)(gaff.dat)=Generation Amber Force Field：普適型有機(jī)小分子力場(chǎng)，函數(shù)形式和AMBER力場(chǎng)相同，與AMBER力場(chǎng)完全兼容。

GLYCAM-06力場(chǎng)(GLYCAM_06g.dat)：對(duì)以前GLYCAM力場(chǎng)做了改進(jìn)，并且納入了一小部分脂類(lèi)的參數(shù)。

GLYCAM-04EP力場(chǎng)(GLYCAM04EP.dat)：將GLYCAM04擴(kuò)展到可用于TIP5P模型下的模擬。給氧加上非原子中心點(diǎn)電荷表現(xiàn)孤對(duì)電子效應(yīng)。

GLYCAM-04力場(chǎng)(GLYCAM04.dat)=glycans and glycoconjugates in AMBER：專(zhuān)用于糖的模擬，和AMBER完全兼容，可一起用于糖蛋白的模擬。官網(wǎng)：http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/index.jsp

lipid11：與Amber力場(chǎng)完全兼容的模擬磷脂和膽固醇的力場(chǎng)。

AMOEBA：可極化力場(chǎng)，能模擬水、蛋白、單價(jià)離子、有機(jī)分子。速度比起一般的固定點(diǎn)電荷力場(chǎng)慢8倍。

GROMOS=Groningen Molecular Simulation：適合烷烴、蛋白、核酸凝聚相的模擬，函數(shù)形式簡(jiǎn)單。A前邊的數(shù)字代表此力場(chǎng)所含原子類(lèi)型數(shù)目，后面的是版本號(hào)。

G43B1：適用于真空下的模擬，現(xiàn)在基本不用。

G43A1：是最早的GROMOS96力場(chǎng)，是聯(lián)合原子力場(chǎng)（極化的氫才表達(dá)出來(lái)），用于凝聚相，后面那些都是對(duì)這個(gè)的小幅改進(jìn)

G43A2：是改進(jìn)了烷烴中原子類(lèi)型的二面角參數(shù)

G45A3：是改了烷烴的VDW參數(shù)以更好地符合實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)（氣化焓、可壓縮率、壓強(qiáng)、水合熱等）

G45A4：是為了改進(jìn)核酸的模擬，增加了二面角參數(shù)、原子類(lèi)型、改動(dòng)了原子電荷

G53A5和G53A6：調(diào)整了參數(shù)，分別使生物分子（蛋白、DNA、糖、脂）在環(huán)己烷和水中的溶解自由焓貼近實(shí)驗(yàn)值。但是蛋白模擬時(shí)的結(jié)構(gòu)比起G45A4卻有了缺陷。

G54A7/B7：修改了psi/phi的扭轉(zhuǎn)角參數(shù)以改正模擬蛋白質(zhì)時(shí)對(duì)螺旋的穩(wěn)定性問(wèn)題，加入了一個(gè)-CH3的原子類(lèi)型，修改了Na+和Cl-以符合其水合能，加入了一個(gè)和手性改變相關(guān)的improper項(xiàng)。模擬蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性比G53A6更好了。G54B7是用于真空模擬，是在G53B6基礎(chǔ)上做了類(lèi)似G54A7對(duì)G53A6的改進(jìn)得到的。

OPLS=Optimized potentials for liquid simulations：Jorgensen搞的。適合有機(jī)小分子、蛋白凝聚相的模擬。函數(shù)形式簡(jiǎn)單。最初OPLS-UA是聯(lián)合原子力場(chǎng)，現(xiàn)在一般都用OPLS-AA全原子力場(chǎng)。

MARTINI：流行的粗粒化力場(chǎng)，四個(gè)原子（氫也算）湊一個(gè)原子，可以做磷脂、蛋白質(zhì)、聚合物、糖、膽固醇。在gromacs里可以用。一般25~40fs一步，不能考慮二級(jí)結(jié)構(gòu)的變化，必須事先指定好。http://md.chem.rug.nl/~marrink/coarsegrain.html

ENCAD=Energy Calculation and Dynamics：不流行。專(zhuān)門(mén)模擬溶液下蛋白和核酸，側(cè)重于模擬過(guò)程中的能量保守性。

Shinoda2007=粗?；?chǎng)，專(zhuān)用于模擬水與表面活性劑體系，平均三個(gè)重原子折合一個(gè)bead。

模擬有機(jī)小分子熱力學(xué)性質(zhì)用Charmm generalized >= OPLS-AA >= GAFF，但實(shí)際上GAFF已經(jīng)很好了。它們計(jì)算各種有機(jī)分子的密度、蒸發(fā)焓都很準(zhǔn)確，但是介電常數(shù)、等溫壓縮系數(shù)計(jì)算得都一般。GAFF對(duì)于帶有硝基的分子不好。OPLS和GAFF對(duì)于苯甲醛、甲酸，以及有兩個(gè)及以上Br或Cl相距較近的情況都不好。對(duì)蛋白質(zhì)構(gòu)象的模擬: ff99SB+ildn+nmr > CHARMM27 >OPLS >> f99。

Berger：專(zhuān)門(mén)用于磷脂的力場(chǎng)

PFF=Polarizable Force Field

VAMM=Virtual atom molecular mechanics

金屬力場(chǎng)

Sutton-Chen：適合FCC金屬模擬

對(duì)勢(shì)、EAM適合fcc,bcc模擬，近似DFTB勢(shì)適合bcc,hcp模擬。柳百新的勢(shì)號(hào)稱(chēng)fcc,bcc,hcp都能模擬。

磷脂膜模擬的力場(chǎng)

Gromos96：rtp本身自帶了DPPC參數(shù)，結(jié)果不好。

CHARMM27及改進(jìn)版CHARMM36c：專(zhuān)門(mén)且常用的膜力場(chǎng)。

Glycam06：支持了少數(shù)磷脂分子，非主流。

GAFF：GAFF力場(chǎng)沒(méi)有膜的參數(shù)，直接用在膜模擬效果不好。

Lipid11(2012)：Skjevik提出的膜力場(chǎng)，作為amber系列力場(chǎng)的擴(kuò)展，參數(shù)來(lái)自GAFF，幾種頭部（PC,PE,PS,PH,P2,PGR,PGS,PI）和幾種尾部可以自由搭配（模塊化）組成磷脂，還支持膽固醇，完全兼容amber力場(chǎng)，leap已支持。非主流。Dickson(2012)的GAFFlipid力場(chǎng)只是一個(gè)階段性的膜力場(chǎng)，將會(huì)被融合進(jìn)Lipid11。

Berger(1997)：聯(lián)合原子膜力場(chǎng)。成鍵參數(shù)基于GROMOS87，LJ參數(shù)基于OPLS-UA，適合搭配Gromos87，很常用也很好，幾乎是唯一致命的問(wèn)題在于不直接兼容Gromos96，若搭配OPLSAA需要很留神。雖然也有一些人結(jié)合Gromos96來(lái)模擬膜蛋白，但終究比較古怪，需謹(jǐn)慎。原文只給出了DPPC的參數(shù)，后來(lái)又有人基于此弄了其它磷脂的。Berger本身沒(méi)直接提供參數(shù)和拓?fù)湮募?，Peter Tieleman基于Berger的參數(shù)制作了DPC、POPC、DPPC、DMPC、DLPC、DOPC、PLPC、POPE的itp文件，都需要lipid.itp中的參數(shù)，可以在這里下載：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads

G43A1-S3 (2006)：Chiu弄的兼容Gromos43A1的膜力場(chǎng)。支持PC/PE/sphingomyelin和cholesterol。此力場(chǎng)的POPC不建議使用。

Kukol(2009)：完全兼容Gromos96 G53A6的膜力場(chǎng)，烷烴鏈?zhǔn)锹?lián)合原子，結(jié)果很好，和Berger相仿佛，彌補(bǔ)了它不支持Gromos96的遺憾。拓?fù)湮募脑牡难a(bǔ)充材料里得到。包含DPPC、DMPC、POPG、POPC、DMPC的參數(shù)。此力場(chǎng)的POPC不建議使用。

DAVID POGER(2010)：完全兼容gromos96 G53A6的膜力場(chǎng)。JCC的文章中只提出了DPPC的參數(shù)，JCTC的文章中還提出了DLPC、DMPC、DOPC、POPC的參數(shù)。網(wǎng)址和gmx的拓?fù)湮募篽ttp://compbio.chemistry.uq.edu.au/~david/research/lipids.html

Stockholm lipids (Slipids) (2012)：Jambeck弄的全原子膜力場(chǎng)。兼容amber。支持DPPC、DLPC、DMPC、POPC、DOPC、SOPC、POPE、DOPE、sphingomylin、PG和PS頭部集團(tuán)、膽固醇。gromacs的拓?fù)湮募皖A(yù)平衡的結(jié)構(gòu)從這里下：http://people.su.se/~jjm/Stockholm_Lipids/Downloads.html

MARTINI：粗?；?。網(wǎng)址和gmx的拓?fù)湮募篽ttp://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads