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記錄一次用lme4(R包)計(jì)算廣義遺傳力

2023-08-21 21:34 作者:Albert_Xin  | 我要投稿

廣義遺傳力是指遺傳變異占總變異的百分?jǐn)?shù),遺傳方差占表型方差的百分?jǐn)?shù)用H表示,這里我使用一年多點(diǎn)的數(shù)據(jù)進(jìn)行演示,這里我們考慮環(huán)境編譯。

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備:第一列為品種名,第二列為重復(fù)的編號(hào),第三列為環(huán)境因子,第四列為表型

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

lme4安裝

遺傳力計(jì)算公式

遺傳力計(jì)算公式

其中,Vg表示表遺傳方差,Vge表示基因環(huán)境互作變異,L表示環(huán)境個(gè)數(shù),Ve表示環(huán)境變異,R表示重復(fù)次數(shù)。

請(qǐng)將head改為圖中所示的head,然后后使用如下r腳本進(jìn)行計(jì)算。

方表示,這里我使用一年多點(diǎn)的數(shù)據(jù)進(jìn)行演示,這里我們考慮環(huán)境編譯。

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備:第一列為品種名,第二列為重復(fù)的編號(hào),第三列為環(huán)境因子,第四列為表型

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其中,Vg表示表遺傳方差,Vge表示基因環(huán)境互作變異,L表示環(huán)境個(gè)數(shù),Ve表示環(huán)境變異,R表示重復(fù)次數(shù)。

請(qǐng)將head改為圖中所示的head,然后后使用如下r腳本進(jìn)行計(jì)算。

然后我們就可以看見(jiàn)遺傳力了

計(jì)算結(jié)果


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