科研代碼分享│R繪制ROC曲線
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Roc曲線,受試者工作特征曲線 (receiver operating characteristic curve,簡(jiǎn)稱Roc曲線),又稱為感受性曲線(sensitivity curve)。
Roc曲線是根據(jù)一系列不同的二分類方式(分界值或決定閾),以真陽性率(靈敏度)為縱坐標(biāo),假陽性率(1-特異度)為橫坐標(biāo)繪制的曲線。傳統(tǒng)的診斷試驗(yàn) 評(píng)價(jià)方法有一個(gè)共同的特點(diǎn),必須將試驗(yàn)結(jié)果分為兩類,再進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
Roc曲線的評(píng)價(jià)方法與傳統(tǒng)的評(píng)價(jià)方法不同,無須此限制,而是根據(jù)實(shí)際情況,允許有中間狀態(tài),可以把試驗(yàn)結(jié)果劃分為多個(gè)有序分類,如正常、大致正常、可疑、大致異常和異常五個(gè)等級(jí)再進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
因此,Roc曲線評(píng)價(jià)方法適用的范圍更為 廣泛。
Roc曲線下的面積值在1.0和0.5之間。在AUC>0.5的情況下,AUC越接近于1,說明診斷效果越好。AUC在 0.5~0.7時(shí)有較低準(zhǔn)確性,AUC在0.7~0.9時(shí)有一定準(zhǔn)確性
AUC在0.9以上時(shí)有較高準(zhǔn)確性。AUC=0.5時(shí),說明診斷方法完全不起作用,無診斷價(jià)值。AUC<0.5不符合真實(shí)情況,在實(shí)際中極少出現(xiàn)。
R中繪制Roc曲線
R的RocR包中主要是兩個(gè)函數(shù):prediction和performance。前者是將預(yù)測(cè)結(jié)果和真實(shí)標(biāo)簽組合在一起,生成一個(gè) prediction對(duì)象,然后再用performance函數(shù),按照給定的評(píng)價(jià)方法,生成一個(gè)performance對(duì)象,最后直接對(duì) performance用plot函數(shù)就能繪制出相應(yīng)的Roc曲線。
Roc R代碼:


SPSS 9.0以上版本可進(jìn)行Roc分析
簡(jiǎn)單操作步驟如下:
1.定義列變量,并輸入數(shù)據(jù)
(1)診斷分類值或檢測(cè)結(jié)果(test):多個(gè)診斷試驗(yàn)則定義test1,test2,...
(2)金標(biāo)準(zhǔn)類別(group):1=病例組,0=對(duì)照組
(3)分類頻數(shù)(freq),需要進(jìn)一步執(zhí)行第二步
2.說明頻數(shù)變量路徑:Data\Weight Case..., 選項(xiàng):Weight case by, 填表:Freqency Variable (freq)
3.Roc分析:路徑:Grahps\Roc Curve... 填表:Test Variable(test), State Variable (group), Value of state variable,選項(xiàng)包括:
(display) Roc Curve,with diagonal reference line (機(jī)會(huì)線), standard error and confidence interval (面積的標(biāo)準(zhǔn)誤,及其可信區(qū)間), Coordinate points of the Roc curve (Roc曲線的坐標(biāo)點(diǎn))
?options:test direction (如果檢測(cè)值小劃歸為陽性,則需要選), cofidence level (%):需要除95%以外的可信度,可在此定義。
如果是連續(xù)型測(cè)量資料,則不需要第1步的(3)及第2步。
