科研代碼大全|R可視化：ggstatsplot包—科研界的美圖秀秀：差異統(tǒng)計(jì)&相關(guān)性散點(diǎn)圖分析
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比較幾組數(shù)據(jù)差異的時(shí)候，我們可視化的圖比較多種多樣，比如可以繪制箱線圖、散點(diǎn)圖或小提琴圖等。ggstatsplot包可以將這3種合并在一起進(jìn)行展示，今天來(lái)記錄并分享下用ggstatsplot包作圖的過(guò)程。以下是今天要做的2個(gè)圖：
（1）差異統(tǒng)計(jì)；
（2）相關(guān)性散點(diǎn)圖分析。
1.?安裝r包
安裝非常簡(jiǎn)單，常規(guī)安裝方法：
方法一：直接install.packages(“ggstatsplot”)
方法二：進(jìn)入CRAN官網(wǎng)下載r包，然后本地安裝。
安裝時(shí)需注意一點(diǎn)，R版本必須4.0.0及以上
2.?作圖示例1: 箱線圖+提琴圖+散點(diǎn)圖
安裝成功后，開始進(jìn)行分析，用ggbetweenstats函數(shù)作圖，以下為示例數(shù)據(jù)和作圖代碼：
示例數(shù)據(jù)：
代碼：
library(ggstatsplot)
?
## plot
rt=read.table("input.txt",header=T,check.names=F,row.names=1,sep="\t")
pdf("boxplot.pdf",width = 6,height = 5)
ggbetweenstats(
??data = rt,
??x = group,
??y = AFP,
??title = "AFP expression",
??messages = FALSE
)
dev.off()
結(jié)果：
3.?作圖示例2: 相關(guān)性圖
示例數(shù)據(jù)和上述文件一樣，用ggscatterstats函數(shù)作圖，用于分析2個(gè)基因之間的相關(guān)性，作圖代碼如下：
代碼：
library(ggstatsplot)
?
pdf("cor.pdf",width = 6,height = 5)
ggscatterstats(
??data = rt,
??x = AFP,
??y = CD24,
??type = "p",
??conf.level = 0.99,
?# marginal=F,
??messages = TRUE
)
dev.off()
結(jié)果：
參考教程：
[1] https://indrajeetpatil.github.io/ggstatsplot/index.html
如需示例數(shù)據(jù)及代碼文件，搜索以下鏈接回原文，評(píng)論區(qū)留言后領(lǐng)取哦~
https://mp.weixin.qq.com/s/K_jsTIkO-1JE5D52jvFpxQ
