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信號通路是基礎(chǔ)科研的精粹所在,掌握通路浩瀚數(shù)據(jù)的鑰匙就是KEGG數(shù)據(jù)庫!

2021-04-12 19:46 作者:酸談講科研  | 我要投稿

信號通路是基礎(chǔ)科研的精粹所在,而掌握通路浩瀚數(shù)據(jù)的鑰匙就是KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。KEGG——京都基因與基因組百科全書,是日本京都Kanehisa Laboratories根據(jù)文獻證據(jù)手工整理的一個龐大數(shù)據(jù)庫(包括信號通路、基因、疾病、藥物等等)。


KEGG有別于其他數(shù)據(jù)庫的一個顯著特點就是具有強大的圖形功能,它利用直觀圖形而不是繁縟的文字來介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系,簡單明了。但初見KEGG也不是這么好用的,因為日本人清奇的腦回路,很(sang)貼(xin)心(bin)的(kuang)在網(wǎng)站里放了16個子數(shù)據(jù)庫。



大多數(shù)人看到這里就嚇懵了,但其實根本不用方,一般醫(yī)學(xué)科研人員要用的功能很簡單。也就是……

1) 根據(jù)疾病或者表型找相關(guān)通路

2) 根據(jù)確定的分子查詢相關(guān)通路

3) 根據(jù)差異分子列表構(gòu)建通路網(wǎng)絡(luò)


疾病 & 通路


單分子 & 通路



一組分子 & 通路



通路解讀 & 分析

以上內(nèi)容大家按需取用,找到通路后,課里還講了對于找到通路后怎么看,通路里的數(shù)據(jù)要怎么分析。真正的包教包會,一條龍服務(wù)。




學(xué)完上面這些就結(jié)束了?too na?ve,解螺旋的風(fēng)格一向是加量不加價,除了KEGG外,還講怎么從GEO找數(shù)據(jù),一菜雙吃,喂飽為止。



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