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聚焦基因組學(xué)研究,JMP參加第七屆國(guó)際統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)與基因組學(xué)高峰論壇

2021-07-14 14:31 作者:JMP數(shù)據(jù)分析  | 我要投稿

7月10日-7月11日,由重慶醫(yī)科大學(xué)和陸軍軍醫(yī)大學(xué)共同主辦的第七屆國(guó)際統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)與基因組學(xué)高峰論壇在重慶隆重舉辦。JMP軟件參加了大會(huì)并發(fā)表專題演講。


JMP中國(guó)區(qū)數(shù)據(jù)分析顧問周暘女士在大會(huì)上發(fā)表了題為《基于JMP Genomics的交互式集成單細(xì)胞RNA測(cè)序工作流(An Integrated and Interactive Single-Cell RNA Sequencing Workflow in JMP Genomics)》的專題演講。在她的演講中,周暘女士詳細(xì)地介紹了JMP產(chǎn)品解決方案——JMP Genomics在單細(xì)胞RNA測(cè)序方面的強(qiáng)大功能及其一站式解決方案。


由于單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)能夠幫助基因?qū)W者更好地探索單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜,了解在不同組織微環(huán)境下細(xì)胞表達(dá)及功能差異。為發(fā)現(xiàn)罕有細(xì)胞,細(xì)胞譜系分化軌跡提供了前所未有的機(jī)會(huì)。目前,單細(xì)胞RNA測(cè)序已成為研究細(xì)胞異質(zhì)性的關(guān)鍵生物學(xué)問題(尤其是在腫瘤學(xué)和免疫學(xué)研究中)的首選。

在過去十年中,單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)從2009年首次手動(dòng)分離,到2017年原位條形碼,數(shù)據(jù)采集技術(shù)有了長(zhǎng)足進(jìn)步。技術(shù)的飛速進(jìn)步帶來的大量基因數(shù)據(jù)的同時(shí),也給基因數(shù)據(jù)分析工作者和研究家提出了新的挑戰(zhàn)。單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析的難點(diǎn)在于它的高維、稀疏性、跨細(xì)胞群體的異質(zhì)性、技術(shù)噪音以及缺乏可重復(fù)性。

為了更好地幫助全球基因分析工作者,解決上述單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析痛點(diǎn),JMP Genomics 10中推出了全新的標(biāo)準(zhǔn)化、交互式且可重現(xiàn)的單細(xì)胞RNA測(cè)序工作流程,可以幫助科學(xué)家們更加自如地探索單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)。

通過數(shù)據(jù)質(zhì)量控制(QC),可變基因選擇,稀疏SVD分析,聚類分析,基因重要性篩選,動(dòng)態(tài)的可視化以及差異基因表達(dá)分析一站式工作流,可幫助用戶通過充分地探索復(fù)雜和稀有細(xì)胞群體,并檢測(cè)跨細(xì)胞類型及其基因差異化表達(dá)。


同時(shí),借助于JMP Pro中強(qiáng)大的預(yù)測(cè)建模功能,以及軟件與R和Python開源軟件包友好的集成,JMP Genomics 10讓分析人員能夠以更加快捷、高效的方式進(jìn)行基因及組學(xué)的重要研究。

JMP Genomics 數(shù)據(jù)庫(kù)中含有200多套基因數(shù)據(jù),其數(shù)據(jù)分析的流程及數(shù)據(jù)解讀也可供給基因數(shù)據(jù)愛好者及研究者參考和借鑒。不斷創(chuàng)新的JMP Genomics,還相繼引入了預(yù)測(cè)建模,模型評(píng)估,模式學(xué)習(xí)等功能。

針對(duì)分析研究人員面臨的現(xiàn)有軟件操作復(fù)雜難以上手、功能缺乏不能滿足需求、處理高通量數(shù)據(jù)速度過慢、不同格式數(shù)據(jù)讀取難度大、分析結(jié)果不直觀等一系列棘手問題,?JMP Genomics也恰好可以滿足分析人員的需求。

作為JMP產(chǎn)品家族的一員,JMP Genomics秉承了JMP獨(dú)特的交互式的可視化分析,無需編程,通過菜單式的“拖拉拽”等簡(jiǎn)單操作,就可以在集成的工作流中輕松展開分析,并直接生成清晰直觀、一目了然的分析結(jié)果。

對(duì)于高通量的基因組學(xué)數(shù)據(jù),JMP Genomics強(qiáng)大的引擎可以迅速讀取和處理目前市面上眾多主流的基因組學(xué)數(shù)據(jù)文件,并在全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)、差異化基因表達(dá)的檢測(cè)、藥物靶點(diǎn)的分析和檢測(cè)、動(dòng)植物育種等領(lǐng)域?yàn)檠芯空吆涂茖W(xué)家提供了輕松高效的工作流程。

除專題演講外,JMP展臺(tái)上JMP Genomics基因組學(xué)解決方案的現(xiàn)場(chǎng)演示也引起了與會(huì)嘉賓們的興趣和注意。對(duì)于這樣一款低調(diào)而強(qiáng)大的軟件,大家紛紛駐足觀看、討論,不少與會(huì)嘉賓則表示希望進(jìn)一步體驗(yàn)JMP Genomics的核心功能,嘗試開啟日常基因組學(xué)研究與遺傳學(xué)研究的新天地。

兩天的會(huì)期內(nèi), JMP與學(xué)術(shù)界其他知名專家學(xué)者做了精彩的學(xué)術(shù)報(bào)告,聚焦多組學(xué)數(shù)據(jù)(融合)分析、高維生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)分析等主題,系統(tǒng)地探討了多組學(xué)數(shù)據(jù)和高維數(shù)據(jù)分析的統(tǒng)計(jì)方法、機(jī)器學(xué)習(xí)方法以及國(guó)際前沿?zé)狳c(diǎn)問題,對(duì)促進(jìn)專家學(xué)者間的交流合作和推動(dòng)本領(lǐng)域前沿知識(shí)的傳播等發(fā)揮了積極作用。

想體驗(yàn)JMP Genomics 10中全新的單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)功能,可復(fù)制以下鏈接到瀏覽器申請(qǐng)JMP Genomics 10試用評(píng)估:

https://www.jmp.com/zh_cn/software/genomics-data-analysis-software/jmp-genomics-evaluation.html?td7011U0000009icEQAQ&utm_source=bilibili&utm_medium=social



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