PLAT780 Type_1 Test whether coordinates form a connected set

Atoms given in a CIF should form a 'connected set', i.e. no symmetry operations are needed to get atoms in a bonding position. A connected set of atoms is not needed for the least squares refinement (unless hydrogen atoms are to be added at calculated positions). Geometry listings (bonds, angles, torsions & H-bonds) become unwieldy for non-connected atom sets.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT780.html)

例：PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set Please Do !

警告原因：晶胞內(nèi)配體不完整。

解決策略：將配體四散部分通過對(duì)稱操作變換成一個(gè)完整的配體。在精修時(shí)，除非加氫需要，并不要求你把該連的原子連接在一起，換句話說，如果不是加氫需要，比如一個(gè)苯環(huán)，你可以不讓所有C連接在一起，可以東一個(gè)，西一個(gè)，這不影響你的精修，但這帶來兩個(gè)問題：

1. 你無法理論加氫。

2. 在產(chǎn)生鍵長(zhǎng)鍵角表時(shí)要用到一些額外的對(duì)稱操作，而如果苯環(huán)的6個(gè)原子都在一起，即都在一個(gè)不對(duì)稱單元里，是不需要對(duì)稱操作的。

這個(gè)alert就是希望你：

一個(gè)分子的所有原子，能連在一起的，要在xp中運(yùn)用envi，sgen將它們盡量連到一起去。比如，一個(gè)配體，pd-O2C-ph-CO2，請(qǐng)讓整個(gè)配體完整，不要在解析時(shí)，讓其中一個(gè)CO2和主體phCO2分開，另外，配合物中，盡量讓不對(duì)稱單元中金屬有最多的配位。若使用OLEX2，則可以使用“Move”模式(下圖所示)將分散的配體整合為一體。

Type_1 Test for Flack x value for Centrosymmetric space-group

A Flack parameter value is erroneously given for a structure reported in a centrosymmetric space-group.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT781.html)

警告原因：根據(jù)CIF，該晶體屬于中心對(duì)稱空間群，但卻給出了Flack系數(shù)x的值。

解決策略：刪除Flack系數(shù)x。

PLAT782 Type_2 Test for Unusual C-NO2 an C-CO2 moiety Bond geometry

Warning for a possible misassignment of C-NO2 and C-CO2 moieties. The geometry of the reported moiety appears to be unusual/inconsistent. The C-O bond distances in C-CO2 are expected to add up to about 2.5

Test Criteria: ALERT for C-O bond sum < 2.48 and C-C < 1.48 Angstrom

The N-O bond distances in C-NO2 are expected to add up to about 2.4

Test Criteria: ALERT for N-O bond sum > 2.48 and C-C > 1.48 Angstrom

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT782.html)

例1：PLAT782_ALERT_2_B Unusual Bond Geometry for C-CO2 Moiety Around C17 Check

例2：PLAT782_ALERT_2_B Unusual geometry for C-CO2 moiety involving .. C82

警告原因：C17(例1)/C82(例2)旁邊的C-CO2部分具有不正常的鍵長(zhǎng)幾何構(gòu)型。

解決策略：檢查是否原子指認(rèn)錯(cuò)誤，否則需要對(duì)有問題的鍵的鍵長(zhǎng)進(jìn)行限制。

PLAT789 Type_4 Report the number of atoms with negative _atom_site_disorder_group #

A negative value of the _atom_site_disorder_group number of an atom indicates whether that atom is part of a group disordered over a symmetry element. Check whether this negative sign assignment applies.

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT789.html)

警告原因：無序組分part n中n為負(fù)值。

解決策略：無需處理，有合理解釋即可。