外泌體是一種由細胞釋放到細胞外微環(huán)境的膜性囊泡，是普遍存在的生物組分，在調(diào)節(jié)細胞通訊中發(fā)揮重要的作用。由于外泌體自身的特點，研究者對外泌體在細胞間信號傳遞中的作用，對外泌體作為疫苗或藥物運送的載體，以及對外泌體作為包括腫瘤等疾病在內(nèi)的生物標志物的研究越來越重視。因此，全面、系統(tǒng)的外泌體數(shù)據(jù)庫的建立和使用，對外泌體生物學功能機制研究和臨床應用研究均具有重要意義。

過去幾年里，國自然項目中外泌體的中標項目飆升，成為國自然?“新寵”?。小編今天就為大家介紹幾個針對外泌體研究的規(guī)模較大的數(shù)據(jù)庫，以便研究者了解并合理選擇和使用這些數(shù)據(jù)資源，更好地開展研究工作。

ExoCarta數(shù)據(jù)庫

ExoCarta數(shù)據(jù)庫是一個關(guān)于外泌體蛋白、RNA、脂質(zhì)體的手工數(shù)據(jù)庫，到目前為止，ExoCarta數(shù)據(jù)庫主要整合了已經(jīng)發(fā)表或尚未發(fā)表的文獻資料，自從2009年發(fā)布以來，該數(shù)據(jù)庫已經(jīng)被16000多名獨立研究人員使用。ExoCarta具有友好的網(wǎng)絡(luò)查詢系統(tǒng)，可以查詢多種生物來源的外泌體蛋白、RNA和脂類數(shù)據(jù)，注釋內(nèi)容包括詳細的外泌體組織來源和細胞類型，以及外泌體的分離制備方法。ExoCarta數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)、RNA數(shù)據(jù)集可以下載，直接用于功能富集分析和相互作用網(wǎng)絡(luò)分析。為保持數(shù)據(jù)庫的持續(xù)更新，ExoCarta數(shù)據(jù)庫接受研究數(shù)據(jù)上傳。ExoCarta數(shù)據(jù)庫上線以來，訪問量增長迅速，已成為研究者廣泛使用的外泌體數(shù)據(jù)庫。

Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫

Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫由Mathivanan實驗室建立，是較早的胞外囊泡數(shù)據(jù)庫之一。Vesiclepedia是手工構(gòu)建的囊括所有類型的EV相關(guān)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫。Vesiclepedia數(shù)據(jù)也可以直接用于功能富集分析和相互作用網(wǎng)絡(luò)分析。值得注意的是，Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫與ExoCarta數(shù)據(jù)庫部分相通。Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫中的分子類型包括蛋白質(zhì)、mRNA、miRNA和脂類，目前已收錄來自于41個物種，1254個獨立研究發(fā)表的349988個蛋白質(zhì)、27646個mRNA、10520個miRNA和639個脂類條目。Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫是目前最為豐富的胞外囊泡數(shù)據(jù)庫，特別是包含大量微生物和體液來源的數(shù)據(jù)，為胞外囊泡的研究提供了極大的便利。

?EVpedia數(shù)據(jù)庫

EVpedia是包括原核和真核生物胞外囊泡的高通量數(shù)據(jù)綜合數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫由Kim等于2012年建立。EVpedia數(shù)據(jù)庫存儲2種類型的數(shù)據(jù)：胞外囊泡相關(guān)的出版物和關(guān)于囊泡蛋白、mRNA、miRNA、脂類和代謝物的高通量數(shù)據(jù)集。數(shù)據(jù)庫除了收錄外泌體中的分子信息，還有微粒、納米囊泡、凋亡小體等囊泡信息，并可以根據(jù)物種、囊泡、分子和樣品類型瀏覽和檢索。EVpedia也提供綜合的生物信息學分析工具，可以進行基因本體富集分析、囊泡蛋白和mRNA的網(wǎng)絡(luò)分析。同時該數(shù)據(jù)庫中還列出EVs研究的相關(guān)文獻。

exoRBase數(shù)據(jù)庫

exoRBase數(shù)據(jù)庫是人類血液外泌體RNA-seq數(shù)據(jù)分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存儲庫，還包括已發(fā)表文獻的實驗驗證。exoRBase對標準化RNA-seq數(shù)據(jù)的RNA表達譜進行了整合和可視化，數(shù)據(jù)涵蓋了正常個體和不同疾病患者。exoRBase數(shù)據(jù)庫收集和描述人類血液外泌體中所有長的RNA，目前包含58330個circRNA、15501個LncRNA和18333個mRNA，提供了注釋、表達水平和可能的組織來源。exoRBase將幫助研究人員鑒定血液外泌體中的分子標記。

EVmiRNA數(shù)據(jù)庫

EVmiRNA數(shù)據(jù)庫是首個專注于細胞外囊泡miRNA的數(shù)據(jù)庫，收錄了近500個樣本的miRNA測序信息。EVmiRNA提供三個功能模塊：1）miRNA表達譜和不同來源（例如血液、母乳等）的EV的樣品信息；2）不同EV中特異性表達的miRNA，有助于生物標志物鑒定；3）miRNA注釋，包括EV和TCGA癌癥類型中的miRNA表達，miRNA通路調(diào)節(jié)以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用戶友好的Web界面，具有強大的瀏覽和搜索功能，以及數(shù)據(jù)下載功能。它是第一個專注于EV中miRNA表達譜的數(shù)據(jù)庫，可用于EV生物標志物的發(fā)現(xiàn)和EV調(diào)控機制的探索。

EV-TRACK數(shù)據(jù)庫

EV-TRACK數(shù)據(jù)庫，記錄了EVs相關(guān)研究的生物學和方法學參數(shù)。它是一種獨特的資源，可用于（i）在研究人員之間建立相關(guān)實驗參數(shù)的知情對話；（ii）提高研究EVs的實驗的嚴格性和解釋性；以及（iii）記錄EVs研究的進展。EV-TRACK數(shù)據(jù)庫旨在通過增加有關(guān)EVs生物學和方法學的系統(tǒng)報告，促進EVs研究的標準化，提高實驗的嚴格性，以幫助EVs領(lǐng)域成熟并發(fā)揮其全部潛力。

EMBL-EBI QuickGO數(shù)據(jù)庫

EMBL-EBI QuickGO數(shù)據(jù)庫是一款針對人類蛋白GO功能分析的綜合注釋數(shù)據(jù)庫。Gene Ontology分為分子功能、生物過程和細胞組成三個部分。蛋白質(zhì)或者基因可以通過ID對應或者序列注釋的方法找到與之對應的GO號，而GO號可對應到Term，即功能類別或者細胞定位。

Urinary Exosome Protein Database

Urinary Exosome Protein Database是一個尿液外泌體蛋白數(shù)據(jù)庫，它是基于NHLBI上皮系統(tǒng)生物實驗室（ESBL）已發(fā)表的蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)建立的數(shù)據(jù)庫，所有數(shù)據(jù)均來源于健康志愿者的尿液外泌體。該數(shù)據(jù)庫包含使用兩種不同的質(zhì)譜儀（LCQ質(zhì)量分析器和LTQ質(zhì)量分析器）鑒定的人尿液外泌體蛋白質(zhì)。

請小伙伴們自提網(wǎng)址

1.ExoCarta數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://exocarta.org/index.html

2.Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://microvesicles.org/index.html

3.EVpedia數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/

4.exoRBase數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://www.exoRBase.org

5.EVmiRNA數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA

6.EV-TRACK數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://www.evtrack.org/

7.EMBL-EBI QuickGO數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/

8.Urinary Exosome Protein Database網(wǎng)址：https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/

關(guān)于外泌體常用的數(shù)據(jù)庫就介紹到這里了，相信這些數(shù)據(jù)庫會對您的研究起到重要的指引作用，但是想熟練運用這些數(shù)據(jù)庫，還是需要花點精力詳細研究一番的，小編在這里祝您后期的研究更加順利。

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