在獨(dú)立模式下運(yùn)行GULP

運(yùn)行GULP最方便的方法是通過(guò)Materials Studio界面，該界面執(zhí)行運(yùn)行GULP作業(yè)所需的所有準(zhǔn)備任務(wù)。然而，在某些情況下，可能需要在獨(dú)立模式下運(yùn)行GULP，并在其他地方準(zhǔn)備一組輸入文件。例如，您可能希望在未配置為網(wǎng)關(guān)的服務(wù)器上運(yùn)行計(jì)算，例如不與Materials Studio客戶端通信的計(jì)算機(jī)（可能是因?yàn)榉阑饓ψ柚棺詣?dòng)文件傳輸和作業(yè)啟動(dòng)）。

?

生成輸入文件

GULP需要一個(gè)包含計(jì)算詳細(xì)信息的輸入文件。有關(guān)此文件的更多信息，請(qǐng)參閱GULP文件格式主題。您可以使用文本編輯器創(chuàng)建此文件，例如Windows上的寫字板或Linux上的vi。然而，由于輸入文件中包含的信息非常復(fù)雜，BIOVIA建議您使用Materials Studio為您生成它。您可以使用GULP作業(yè)文件對(duì)話框創(chuàng)建所需的文件，有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱以獨(dú)立模式運(yùn)行作業(yè)主題。

?

將輸入文件傳輸?shù)椒?wù)器

如果您在服務(wù)器機(jī)器上使用文本編輯器手動(dòng)生成輸入文件，則不需要文件傳輸。但是，如果使用Materials Studio在PC上生成文件，則必須先將其傳輸?shù)椒?wù)器，然后才能開始計(jì)算。

如果無(wú)法訪問(wèn)服務(wù)器上的硬盤驅(qū)動(dòng)器，則應(yīng)使用“文件傳輸”工具將文件從客戶端傳輸?shù)椒?wù)器。

?

執(zhí)行作業(yè)

為了幫助您在獨(dú)立模式下運(yùn)行GULP，提供了一個(gè)名為RunGULP的批處理/shell文件。它可以在GULP可執(zhí)行文件所在的目錄中找到，通常在Materials Studio主目錄中的etc/GULP/bin/。RunGULP腳本用于在獨(dú)立模式下啟動(dòng)GULP作業(yè)。

RunGULP.sh是為L(zhǎng)inux服務(wù)器提供的，而RunGULP.bat是為Windows服務(wù)器提供的。

?

用法：

RunGULP.sh [-h] [-np number of cores] seedname(Linux)

或

RunGULP [-h] [-np number of cores] seedname(Windows)

?

選項(xiàng)

說(shuō)明

-h

顯示幫助文本。

-np

指定要在其上運(yùn)行GULP的核心數(shù)量。如果未指定此選項(xiàng)，則使用單個(gè)核心。

Number?of cores

要使用的核心數(shù)量。

seedname

用于標(biāo)識(shí)GULP輸入和輸出文件集的種子。輸入文件應(yīng)該存在于GULP腳本啟動(dòng)的目錄中。

?

從服務(wù)器下載輸出文件

GULP計(jì)算完成后，必須將輸出文件傳輸回電腦，以便在Materials Studio中進(jìn)行分析。

?

將輸出文件傳輸回電腦

1.使用復(fù)制粘貼或文件傳輸工具將輸出文件傳輸?shù)娇蛻舳薖C。

2.生成的輸出文件的完整列表及其內(nèi)容的描述可以在GULP文件格式主題中找到。所有的文件都應(yīng)該從服務(wù)器上下載。

提示：如果已將文件傳輸?shù)組aterials Studio項(xiàng)目文件夾中，但在項(xiàng)目資源管理器中看不到它們，請(qǐng)嘗試使用“刷新”按鈕

更新項(xiàng)目資源管理局。

?

在Materials Studio中打開輸出文件

如果您已將正確的文件從服務(wù)器傳輸?shù)絇C，并將其存儲(chǔ)在Materials Studio項(xiàng)目的文件夾中，則您應(yīng)該能夠使用主題分析GULP結(jié)果中描述的GULP分析選項(xiàng)。具體來(lái)說(shuō)，您可以打開包含起始結(jié)構(gòu)的3D Atomistic文檔并對(duì)其進(jìn)行更新，創(chuàng)建軌跡文檔并設(shè)置其動(dòng)畫，或者繪制計(jì)算過(guò)程中的能量演變。