酵母單/雙雜交│水稻轉(zhuǎn)錄因子文庫—中科院遺傳所陳凡課題組鉅獻
前言
植物轉(zhuǎn)錄因子(Plant transcription factors, TFs)是調(diào)控植物生長發(fā)育和環(huán)境適應性的關(guān)鍵分子。雖然在一些數(shù)據(jù)庫中，如RiceSRTFDB (Priya and Jain, 2013)， Ricettissuetfdb (Chen et al.，PlnTFDB (Pérez-Rodríguez et al.， 2009)和PlantTFDB (Jin et al.， 2017)，可以預測水稻轉(zhuǎn)錄因子功能。但通過具體實驗研究，來直接證實轉(zhuǎn)錄因子對植物的調(diào)控作用仍然是必不可少的。酵母雙雜交（Y2H）和酵母單雜交（Y1H）是被用于研究蛋白-蛋白以及蛋白-DNA互作的最常用技術(shù)。為了方便和促進水稻育種研究，陳凡老師與歐易生物達成合作，整合雙方優(yōu)勢資源，歷經(jīng)春秋與冬夏，成功構(gòu)建了基于粳稻（日本晴）基因組的水稻轉(zhuǎn)錄因子文庫。該項成果以“An efficient screening system to identify protein-protein or protein-DNA interaction partners of rice transcription factors”為題，發(fā)表于雜志JGG上。
截至文章發(fā)表，該文庫已收錄了1683個水稻轉(zhuǎn)錄因子，隸屬于54個家族，覆蓋預測的水稻轉(zhuǎn)錄因子總量的70%。文庫中水稻轉(zhuǎn)錄因子的基因信息來源于PlantTFDB和KOME數(shù)據(jù)庫。文庫載體使用pGADT7，酵母菌株使用Y187，每一個轉(zhuǎn)錄因子菌株獨立保存于96孔板中。
為驗證該文庫在Y2H和Y1H體系中的有效性，作者以O(shè)sMADS1為誘餌篩選水稻轉(zhuǎn)錄因子文庫，進行了酵母雙雜交測試。以Ghd7的啟動子片段為誘餌，進行了酵母單雜交測試。結(jié)果顯示我們的水稻轉(zhuǎn)錄因子文庫可以有效且高通量的檢測蛋白-水稻TF、DNA-水稻TF間的相互作用。另外，該研究中指出，使用該文庫篩選鑒定蛋白-TF互作，采用mating法較為方便，即Y2HGold-Bait誘餌菌液與Y187-TF文庫菌液一對一雜交。而篩選鑒定DNA-TF互作，采用Y1HGold系統(tǒng)，即Y1HGold-pomoter篩選TF文庫質(zhì)粒更簡單高效。此外，可通過降低篩選壓力處理，進行弱相互作用的檢測。
酵母雙雜交篩選流程及結(jié)果驗證：
酵母單雜交篩選流程及結(jié)果驗證：
目前，歐易生物負責該水稻轉(zhuǎn)錄因子文庫的維護和保存工作，并對廣大水稻科研工作者提供轉(zhuǎn)錄因子篩選服務(wù)。如去年歐易生物助力中國科學院分子植物科學卓越創(chuàng)新中心的王二濤老師應用該文庫對水稻-叢枝菌根進行了深入研究，成功構(gòu)建了水稻-叢枝菌轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果發(fā)表于《Cell》封面。
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END本文系歐易生物原創(chuàng)
