BAMM官網(wǎng)的quick-start部分除了介紹了物種多樣化速率的簡要分析過程外，還有性狀進(jìn)化速率分析的簡要過程。

分析之前需要保證以下文件在同一目錄下：

1. BAMM運(yùn)行程序以及其.dll文件

2. 時(shí)間樹，以百萬年為單位的嚴(yán)格二分樹

3. 性狀描述文件，文本文件，每一行為tip（物種名）+Tab（隔位）+trait（性狀數(shù)值）

4. control文件

這里的control文件跟多樣化速率分析的不太一樣，建議將示例文件的traitcontrol.txt復(fù)制過來修改使用。

大致步驟與多樣化分析的一致，這里用軟件給的鯨的數(shù)據(jù)示例來試一下

先用R里的BAMMtools獲取先驗(yàn)參數(shù)

獲取了先驗(yàn)參數(shù)模塊如下

需要注意的是替換的是對應(yīng)的命令行，在control文件里這一部分有還有其他參數(shù)設(shè)置，不要覆蓋消除了

打開命令提示符

再回到R實(shí)行可視化

還可以從bamdata對象計(jì)算95%(或任何其他%)可信的宏進(jìn)化速率移配置集。

下面碼一點(diǎn)目前為止看完這一部分后的個(gè)人疑問：

可以發(fā)現(xiàn)，給的示例的性狀都是連續(xù)的數(shù)量性狀，那么BAMM能分析質(zhì)量性狀嗎，目前還沒有看到解說和實(shí)例。相對于更加穩(wěn)定的質(zhì)量性狀，數(shù)量性狀的變異幅度大，統(tǒng)計(jì)上取樣上存在難度，工作量更大而數(shù)據(jù)的代表性卻偏低，各方面而言都是質(zhì)量性狀在進(jìn)化分析中更占優(yōu)勢。像這種體長體重的數(shù)據(jù)可能存在波動(dòng)范圍，拿我們自己來舉例，我們這一代營養(yǎng)比較好，在身高上普遍超過上一代，這樣的短時(shí)間內(nèi)較大波動(dòng)在以百萬年尺度的種間研究時(shí)應(yīng)該是無法識(shí)別的，當(dāng)然這是所有這類分析和軟件的共有情況，推測分析并不能代表實(shí)際情況。

說這么多實(shí)際上想講的是，僅做這樣的性狀進(jìn)化速率分析可能比較孱弱，從credibleShiftSet函數(shù)置信區(qū)間縮小到30%篩選后依舊有3個(gè)完全不一樣的結(jié)果也可以看出來這一點(diǎn)：每個(gè)分析結(jié)果僅僅是一個(gè)個(gè)根據(jù)觀測數(shù)據(jù)推出來的猜想。那么就要想一下，要分析的性狀是否具有代表性，跟物種的遺傳進(jìn)化是否是緊密關(guān)聯(lián)的。

文獻(xiàn)看得少，目前還沒有看到哪項(xiàng)研究有利用這個(gè)性狀進(jìn)化速率分析的，所以對如何利用這一功能的實(shí)際作用和如何深入分析探討還沒有很好的概念?？赡芤Y(jié)合祖先狀態(tài)重建以及系統(tǒng)發(fā)信號分析，甚至要結(jié)合古氣候模型，才能強(qiáng)有力的去解釋性狀的演化過程。