臨床預(yù)測(cè)模型是指使用數(shù)學(xué)模型來(lái)評(píng)估受試者當(dāng)前患有某種疾病的概率或?qū)?lái)發(fā)生某種結(jié)局的可能性。通過(guò)該模型，利用已知特征來(lái)計(jì)算未知結(jié)局發(fā)生的概率。臨床預(yù)測(cè)模型一般采用各種回歸分析方法建模，回歸分析的統(tǒng)計(jì)本質(zhì)是尋找一種定量因果關(guān)系。簡(jiǎn)單地說(shuō)，回歸分析是評(píng)估變量X對(duì)結(jié)局Y的影響程度的定量描述。常用的方法有多元線性回歸模型、Logistic回歸模型和Cox回歸模型。預(yù)測(cè)模型有效性的評(píng)估和驗(yàn)證是統(tǒng)計(jì)分析、數(shù)據(jù)建模和研究設(shè)計(jì)的關(guān)鍵。預(yù)后模型側(cè)重于研究疾病在特定時(shí)間段內(nèi)復(fù)發(fā)、死亡、傷殘和并發(fā)癥等結(jié)果發(fā)生的概率。這種模型在研究中非常常見，有利于找到預(yù)后相關(guān)的標(biāo)記物，為臨床治療提供參考依據(jù)。

因此，本軟件基于樣本的生存信息，包括生存時(shí)間和生存狀態(tài)，結(jié)合一組基因在各個(gè)樣本中的表達(dá)值，通過(guò)多因素cox模型，采用逐步回歸算法，預(yù)期找到對(duì)生存影響最大的基因組合，結(jié)合對(duì)應(yīng)的回歸系數(shù)構(gòu)建預(yù)后模型，為后續(xù)下游分析提供參考。用戶只需要輸入樣本的生存信息以及基因表達(dá)水平，軟件將自行篩選出對(duì)生存影響最大的基因組合以及對(duì)應(yīng)的回歸系數(shù)，并計(jì)算得到各個(gè)樣本的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，同時(shí)根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分中位值將樣本分為高低風(fēng)險(xiǎn)組，觀察兩組的生存差異。

使用方法：

stepmuti_Riskscore.R??-surdata=

參數(shù)說(shuō)明：

USAGE:

stepmuti_Riskscore.R?-surdata=<surdata>

PARAMETERS:

-surdata????????the?gene?expression?level?in?all?samples?and?survival?information?for?each?sample?,gene?as?column,sample?as?row?,The?first?two?columns?are?survival?time?and?survival?status?respectively.the?input?csv?format.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript?stepmuti_Riskscore.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說(shuō)明內(nèi)容，對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)只有1個(gè)：surdata，表示基因在各個(gè)樣本中的表達(dá)水平以及樣本的生存時(shí)間和狀態(tài)信息，每個(gè)樣本為一行，保存為以逗號(hào)分隔的csv文件，其中前兩列分別為樣本的生存時(shí)間和生存狀態(tài)，從第三列依次往后為各個(gè)基因在樣本中的表達(dá)值。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個(gè)程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會(huì)給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會(huì)顯示"Program?execution?is?completed"結(jié)束語(yǔ)。

結(jié)果展示：

1.?multiCox.xls

該表格表示逐步多因素cox回歸篩選的基因組合，coef表示回歸系數(shù)，HR為風(fēng)險(xiǎn)比，HR.95L和HR.95H分別為95%置信區(qū)間，p.value為顯著性

2.?risk.txt

該表格表示最后篩選的基因組合在樣本中的表達(dá)值以及每個(gè)樣本通過(guò)模型分析計(jì)算出來(lái)的riskscore值。

3.forest.pdf

4.Risk_score.pdf

5.K-M.pdf

6.gene_pheatmap.pdf

7.ROC_RiskScore.pdf

特別說(shuō)明：本代碼經(jīng)申請(qǐng)軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B51”領(lǐng)取！?

寫在文末：

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