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想在零點(diǎn)能ZPE理解方面達(dá)到專(zhuān)家級(jí)水平?

2021-03-02 14:25 作者:計(jì)算老司機(jī)  | 我要投稿

上面的帖文主要是針對(duì)初學(xué)者,用以辨析概念。我提到零點(diǎn)振動(dòng)能只是零點(diǎn)能的一部分,也是化學(xué)研究中用得最多的,其實(shí)還存在其它貢獻(xiàn)項(xiàng)。有朋友看了帖子后建議我在補(bǔ)充一點(diǎn),我就班門(mén)弄斧再加點(diǎn)料。

1. 其它貢獻(xiàn)項(xiàng)是啥?

這是被讀我帖文的朋友抓住問(wèn)的最多的地方。這里我就針對(duì)雙原子分子,老老實(shí)實(shí)地把公式貼出來(lái),合計(jì)6項(xiàng),如下。公式中的第一項(xiàng),就是我們經(jīng)常用到的和計(jì)算的ZPE,這也被稱(chēng)為first-order ZPE, 后面的五項(xiàng)一般相比第一項(xiàng)要小不少,所以也就忽略 了。對(duì)簡(jiǎn)諧處理有了解的朋友可能會(huì)覺(jué)得忽略掉的都是非諧項(xiàng),這也是不對(duì)的。事實(shí)上,非諧效應(yīng)只是其中一部分,還存在其它,例如Be就是轉(zhuǎn)動(dòng)項(xiàng)(第四項(xiàng)),以及轉(zhuǎn)-振耦合等。顯然這讓問(wèn)題復(fù)雜太多了,所以目前這些對(duì)應(yīng)的常數(shù)部分,數(shù)據(jù)較全的是簡(jiǎn)單小分子,對(duì)很多體系數(shù)據(jù)還是不完整的。好消息是絕大部分情況下第一項(xiàng)就能解決問(wèn)題,不過(guò)對(duì)于精細(xì)光譜研究,其它作用項(xiàng)也有其重要性。

2. 到哪里去找這些參數(shù)?

看過(guò)唐伯虎點(diǎn)秋香的朋友該有印象,那就是到哪里可以買(mǎi)到一日喪命散和含笑半步癲。事實(shí)上,在網(wǎng)上就有免費(fèi)的數(shù)據(jù)供查詢(xún)。我最常用的有兩個(gè)。第一是各種理論方法對(duì)應(yīng)的頻率校正因子,要感謝網(wǎng)友的精心收集和更新,請(qǐng)參看下面這個(gè)鏈接:http://bbs.keinsci.com/thread-3805-1-1.html;表格收集很全面,更貼心提供了文獻(xiàn)(感謝\致敬),其風(fēng)格是這樣的:

其中那些0-1之間的這些數(shù)字就是各種校正因子。我另外一個(gè)常用的數(shù)據(jù)庫(kù)是來(lái)自NIST(美國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)局)的合作網(wǎng)站CCCBDB,其鏈接是:https://cccbdb.nist.gov/zpe2x.asp。這里收集了很多結(jié)構(gòu)的ZPE,是在各種理論水平上的,極為全面,其中不乏大量標(biāo)志性數(shù)據(jù)(Benchmark),可以借鑒驗(yàn)證你的方法是否可靠。最后對(duì)于小分子和需要進(jìn)一步熟悉ZPE理論的朋友,我建議你閱讀2007年的一般經(jīng)典文獻(xiàn),免費(fèi)全文鏈接如下:

https://www.nist.gov/system/files/documents/srd/jpcrd362007389p.pdf

其價(jià)值就是細(xì)細(xì)給出了ZPE的理論部分(以雙原子分子為例)。需要提醒注意的是,很多不同文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫(kù)采用了不同的單位,例如NIST數(shù)據(jù)庫(kù)一般用頻率(cm-1), 表達(dá)為ZPE還需要轉(zhuǎn)化,即按照Z(yǔ)PE=1/2hv。

3. ZPE和頻率計(jì)算有什么用?

?您看我這幾天連續(xù)做多個(gè)帖文,可能就感覺(jué)到ZPE還是很有用的,我以個(gè)人有限的知識(shí)和經(jīng)驗(yàn)簡(jiǎn)單列四個(gè)用途:A 將第一性原理計(jì)算的能量和自由能打通,從而將0K電子結(jié)構(gòu)計(jì)算同不同溫度和壓強(qiáng)的熱力學(xué)可以打通;B 用頻率判斷結(jié)構(gòu)在勢(shì)能面的位置特性(鞍點(diǎn)、駐點(diǎn)等)進(jìn)而判斷過(guò)渡態(tài)搜索是否可靠等;C 用來(lái)解釋光譜; D 用來(lái)理解化學(xué)反應(yīng)。這是非常局限的,頻率和ZPE還有其它用途,可以獲得更多物理化學(xué)信息。

這里我挑兩條簡(jiǎn)要解釋一下。對(duì)于一個(gè)反應(yīng)的過(guò)渡態(tài),其特征是有且僅有一個(gè)虛頻(頻率為負(fù)數(shù)),所以我們獲得過(guò)渡態(tài)后必須計(jì)算頻率對(duì)這個(gè)標(biāo)志性特征進(jìn)行檢查(即常說(shuō)的頻率檢查),在滿(mǎn)足上述要求后在查看是否能連接反應(yīng)物和產(chǎn)物(即路徑檢查)。而對(duì)于熱力學(xué)數(shù)據(jù),意義也同樣明顯,因?yàn)榻^大部分第一性原理計(jì)算是不考慮溫度效應(yīng)的,但現(xiàn)實(shí)中這些過(guò)程或反應(yīng)都是在有限溫度下進(jìn)行的,因此能量不是唯一決定因素,我們更多的需要關(guān)注自由能。從能量到自由能,需要額外補(bǔ)充熵的貢獻(xiàn),這就和振動(dòng)有關(guān)了。事實(shí)上,很多軟件都是通過(guò)計(jì)算頻率然后獲得熵的數(shù)值(嚴(yán)格講,是振動(dòng)熵,而沒(méi)有考慮組合熵)。簡(jiǎn)要地講,就是將考察能力從能量擴(kuò)展到自由能,從0K走向有限溫度,盡管具體處理上還需要一些近似處理。

這個(gè)帖子,放在了我的公眾號(hào)和B站(請(qǐng)搜計(jì)算老司機(jī)),請(qǐng)關(guān)注。本帖由計(jì)算老司機(jī)原創(chuàng),歡迎微信轉(zhuǎn)發(fā)鏈接。轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系我,請(qǐng)勿用以商途。


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