1、如何從多肽序列中判定多肽的溶解性?
(1) 多肽中如果含有高比例的疏水性很強(qiáng)的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，多肽很難溶解與水性溶液中或根本不可能溶解。這些氨基酸無(wú)論是純化或合成，都有可能有問題。
(2) 一般情況下疏水性氨基酸的比例<50%，不能連續(xù)5個(gè)連續(xù)aa為疏水性，帶電荷的氨基酸的(正電荷K,R,H,N-terminus,負(fù)電荷D,E,C- terminus)的比例達(dá)到20%，在多肽的N或C短如果能增加極性氨基酸，也可以改善溶解性。

2、 為什么含有Cys,Met,或Trp的多肽難合成?
含有Cys,Met，或Trp的多肽難以合成，同時(shí)難以獲得高純度的產(chǎn)品。主要因?yàn)檫@些基團(tuán)不穩(wěn)定，易氧化。這些多肽的使用和儲(chǔ)存都需要特別注意，避免反復(fù)開啟蓋子。

3、 為什么有些多肽的合成產(chǎn)率或純度會(huì)比較低?
多肽合成與引子合成有比較大的區(qū)別，不能合成的引子很少，但是不能合成的多肽經(jīng)常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr這些氨基酸比鄰或重復(fù)時(shí)，多肽鏈在合成過程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下幾種情形，合成效率和產(chǎn)物的純度都比較低，如：重復(fù)Pro,Ser-Ser，重復(fù)Asp，4個(gè)連續(xù)Gly等。