在六十多年前。地球上來(lái)了一位光之巨人。 光之巨人為保護(hù)人類(lèi)，他與一位人類(lèi)同化，并與怪獸和各種各樣的宇宙人戰(zhàn)斗著。 不久后光之巨人完成了他的使命，返回了遙遠(yuǎn)宇宙的故鄉(xiāng)，跟他同化的地球人也失去了過(guò)往的記憶，回到了自己原本的地方。 光之巨人，他的名字叫奧特曼。 地球以外的擁有文明的宇宙人都和地球人簽訂了和約，并生活在地球上。 地球人與各種宇宙人通過(guò)締結(jié)和平協(xié)議而結(jié)成了一個(gè)的給地球帶來(lái)和平的同盟組織，那就是dcd。 各國(guó)科學(xué)特搜隊(duì)支部也結(jié)束了它們的功能，為了紀(jì)念?yuàn)W特曼，它們被改建成了奧特曼紀(jì)念館。 但是，一群名為暗能獸的怪物出現(xiàn)在了地球上。 各種宇宙人開(kāi)始蠢蠢欲動(dòng)，在暗中策劃各種陰謀活動(dòng)。 為了應(yīng)對(duì)這些怪物與宇宙人、為了應(yīng)付逼近地球的新危機(jī)。 科學(xué)特搜隊(duì)總部決定秘密恢復(fù)科學(xué)特搜隊(duì)各國(guó)支部的職能，并改組為新科學(xué)特搜隊(duì)，秘密的活動(dòng)著。 左進(jìn)和蕭庶，他們以前就是科學(xué)特搜隊(duì)的一員。