分析10x Genomics的單細胞測序結果，在跑完cell ranger的標準流程之后，其他的分析，包括Seurat分析，富集分析，以及一些高級的個性化分析，基本都是基于不同的R包來實現(xiàn)的。下面為大家簡單介紹一下什么是R包，以及R包的一些下載安裝的方法。
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什么是R包？

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首先，先要了解一下R語言，R語言是一種編程語言，是用于統(tǒng)計分析、繪圖的語言和操作環(huán)境，主要用于統(tǒng)計分析、繪圖、數(shù)據挖掘。其特點包括：R 語言環(huán)境軟件屬于 GNU 開源軟件，兼容性好、使用免費；語法十分有利于復雜的數(shù)學運算；數(shù)據類型豐富，包括向量、矩陣、因子、數(shù)據集等常用數(shù)據結構；代碼風格好，可讀性強。
R程序包是多個函數(shù)的集合，具有詳細的說明和示例，包含R函數(shù)、數(shù)據、幫助文件、描述文件等。特定的分析功能，需要用相應的程序包實現(xiàn)，例如：單細胞分析的R包：seurat，其功能不僅包含基本的數(shù)據分析流程，如質控，細胞篩選，細胞類型鑒定，特征基因選擇，差異表達分析，數(shù)據可視化等等。同時也包括一些高級功能，如不同組學單細胞數(shù)據整合分析等。
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如何下載安裝R包？

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要做不同的個性化分析，就要安裝對應的R包，R包安裝成功，就已經成功了一半。根據R包最主要的來源，下載安裝的方式有五種：

1、CRAN? ?

https://cran.r-project.org/mirrors.html

在CRAN網站的官網中的搜索，下載相應的R包。

在RStudio中，直接用下面的函數(shù)來實現(xiàn)：

install.packages(“R包的名稱”)

2、Biocductor???

https://www.bioconductor.org/

Bioconductor，主要是跟生物數(shù)據分析及可視化相關的包?？赏ㄟ^右上角的搜索框檢索你要安裝的 R 包：

點到相應R包的主界面，記錄了包的文獻、版本、功能簡介和安裝的代碼，如下圖箭頭所示：

運行上圖代碼，即可安裝相應的R包。

3、Github?

https://github.com/GitHub是一個面向開源及私有軟件項目的托管平臺，因為只支持Git作為唯一的版本庫格式進行托管，故名GitHub。GitHub擁有1億以上的開發(fā)人員，400萬以上組織機構和3.3億以上資料庫。用法也是在網頁上搜索想要的R包，在R包的主界面中有下載安裝的代碼，如下圖所示。發(fā)布在GitHub的 R 包，通常還需要通過devtools安裝，函數(shù)如下：devtools::install_github("庫名/包名")

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4、本地安裝??
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如果上述3種方法都不能成功安裝R包，可以試試從本地安裝R包。從 GitHub、Bioconductor 下載你要安裝的包的壓縮文件，打開RStudio的Packages標簽，點擊install packages，彈出下圖所示對話框，然后點擊install from的下拉菜單，選擇從本地下載的.zip、.tar.gz安裝，然后點擊第二行Browse加載或者選擇已經下載的壓縮包文件，最后點擊最下面的Install按鈕，便可開始安裝：

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5安裝在服務器上??
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上述4種方式主要針對于PC端的R包安裝，在服務器上一般使用conda安裝，配置好環(huán)境之后，使用代碼：

conda install -c bioconda “R包名稱”

即可實現(xiàn)R包的安裝，且成功率很高。

安裝之后，需要加載，運用函數(shù)library()或者require()，若不報錯即安裝成功，可以正常使用。若報錯，就需要根據具體的報錯內容查找原因，再去逐一解決。R包安裝過程中的報錯有很多原因，在以后的文章中再為大家介紹。

劉靜 | 文案

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