? ? ???PyMOL是一款基于Python語(yǔ)言的三維結(jié)構(gòu)可視化軟件，非常簡(jiǎn)單實(shí)用。2019年，第一次接觸和使用這款軟件，現(xiàn)在將自己安裝和使用的過(guò)程總結(jié)分享出來(lái)，希望能對(duì)大家有些許幫助。過(guò)程我盡量寫(xiě)得詳盡，如有錯(cuò)誤也請(qǐng)大家不吝批評(píng)。

另：1.安裝筆記是2020年初寫(xiě)的，使用的就是自己安裝時(shí)的過(guò)程截圖，所以安裝版本并不是現(xiàn)在最新版，但過(guò)程是相同的。2.本人電腦是win10系統(tǒng)，以下方法均基于windows系統(tǒng)。

一．Python安裝

1. 網(wǎng)址：https://www.python.org/downloads/windows/，選擇相應(yīng)版本安裝包下載即可。

本次安裝版本為Python 3.9.2

2. 安裝時(shí)，選擇“Install launcher for all users”和“Add Python 3.9 to PATH”兩個(gè)選擇框，并以Customize installation方式安裝，隨后安裝選項(xiàng)均為默認(rèn)，直至出現(xiàn)安裝位置。

3. 安裝位置：

新建文件夾作為根目錄（自行定義命名，但需要記住安裝位置）：?

?D:\anacondapython27-64

將python安裝在該目錄中

2. CMD中運(yùn)行D:\anacondapython27-64\python.exe -V

出現(xiàn)軟件版本號(hào)，說(shuō)明安裝成功

二．PyMOL安裝

通常安裝PyMOL有兩種方式：一是從官網(wǎng)下載安裝；二是下載開(kāi)源版。

1. 官網(wǎng)：https://pymol.org/2/

官網(wǎng)安裝，方便快捷，但需要注冊(cè)，付費(fèi)。

或者可以選擇試用30天后付費(fèi)。30天后，一般功能不受影響，但渲染（Ray）后會(huì)出現(xiàn)水印，將無(wú)法生成高質(zhì)量的圖片。

（官網(wǎng)PyMOL給出的運(yùn)行環(huán)境為Python3.7）

Python與PyMol的版本需要相互對(duì)應(yīng)匹配

2.下載開(kāi)源版

本次下載python為python3.9

進(jìn)入U(xiǎn)nofficial Windows Binaries for Python Extension Packages網(wǎng)站（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）

下載與之前安裝的python版本相應(yīng)pymol的whl文件包：

? ? numpy?1.20.1+mkl?cp39?cp39?win_amd64.whl

? ? pymol_launcher?2.1?cp39?cp39?win_amd64.whl

? ? pymol?2.5.0a0?cp39?cp39?win_amd64.whl 或pymol-2.4.0-cp39-cp39-win_amd64.whl

? ? Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl

? ? ? 注：

numpy?1.14.6+mkl?cp27?cp27m?win_amd64.whl代表python2.7 64bit的python和系統(tǒng)。

我下載的是python3.9版本，win系統(tǒng)為64位，因此下載為：??????

? ??1)??numpy?1.20.1+mkl?cp39?cp39?win_amd64.whl

? ?2)? pymol_launcher?2.1?cp39?cp39?win_amd64.whl

? ?3)??pymol?2.5.0a0?cp39?cp39?win_amd64.whl

將下載的文件放在PyMol的根目錄中。

在系統(tǒng)CMD中運(yùn)行文件

分別運(yùn)行指令：

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/numpy-1.20.1+mkl-cp39-cp39-win_amd64.whl

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/pymol-2.5.0a0-cp39-cp39-win_amd64.whl

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/pymol-2.4.0-cp39-cp39-win_amd64.whl（與上一指令為不同版本，嘗試后二者皆可，因此安裝時(shí)二者選擇一個(gè)安裝即可）

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/pymol_launcher-2.1-cp39-cp39-win_amd64.whl

D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl

運(yùn)行完成的情況：

完成運(yùn)行以后在python安裝的文件夾下即有PyMOL.exe文件。

注：

以此種方式安裝出來(lái)的為pymol1的界面，菜單欄窗口和顯示窗口是分離的，pymol1也可以正常使用。但更多功能是在pymol2中實(shí)現(xiàn)，且與官方版本更加接近，

需在CMD下運(yùn)行指令：pip3 install PyQt5

運(yùn)行成功后再重啟pymol，界面即為Pymol2界面。