小編最近總會收到好多私信，說想要做某種腫瘤相關的生信分析，但是一檢索文獻，發(fā)現(xiàn)大部分研究都是基于TCGA數(shù)據(jù)庫，總擔心分析不出來新穎的結果，于是轉站去NCBI GEO，可是好多數(shù)據(jù)要么樣本量不行，要么樣本信息不全，最崩潰的是啥信息都有，就是沒有預后信息。確實，TCGA和GEO是目前最常用的公共數(shù)據(jù)庫資源，里邊的數(shù)據(jù)信息非常豐富，然而隨著近幾年組學數(shù)據(jù)研究迅速發(fā)展，純生信數(shù)據(jù)庫挖掘火熱，該利用的數(shù)據(jù)基本都利用了，也成為好多研究的一大難題。今天，小編給大家介紹一個組學數(shù)據(jù)百科全書—NODE（(National Omics Data Encyclopedia database)）數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下：

https://www.biosino.org/node

打開首頁，可以看到該數(shù)據(jù)庫是有5大元數(shù)據(jù)模塊組成：Project、Experiment、Sample、Run、Analysis.

點開Project，可以看到目前數(shù)據(jù)庫里共有576個公開項目和233個受限項目，該模塊主要是對一個研究的總體描述，包括項目名稱、項目文本描述、項目地址、相關項目等信息。一個Project下關聯(lián)有多個實驗。每一個項目都有一個OEP編號。用戶可以根據(jù)自己的研究目的選取合適的項目數(shù)據(jù)進行二次挖掘。

Experiment主要記錄了實驗相關的信息，包括建庫策略、測序平臺文庫構建等信息。一個Experiment只對應一個Project。右側還提供了具體實驗類型，用戶可以根據(jù)需要進行瀏覽。

Sample：描述樣本的資料信息，包括樣本的物種、組織、細胞系、數(shù)據(jù)類型、上傳者信息等。Sample與Project、Experiment沒有直接關聯(lián)關系。

Run：描述了使用某種測序方法對某一個樣本測序生成測序文件的記錄。點開每一個run，會得到如下界面，其中在Data information欄下提供了下載選項。

Analysis：主要是對原始數(shù)據(jù)進行研究分析產生的一些中間結果文件，例如SNP calling得到的vcf過程文件，RNA-seq分析中定量好的count值文件等等，但并不是所有實驗樣本都有過程文件。這里是小編最常用的一個模塊，如果有中間文件的數(shù)據(jù)，進行二次挖掘真是再友好不過了！！

需要提醒大家的是，所有的數(shù)據(jù)下載有的數(shù)據(jù)必須進行登錄，因此提前注冊一個賬號是必不可少的，注冊也很簡單，只需一個新的郵箱即可，點擊頁面右上方注冊按鈕，根據(jù)提示一步步填寫信息即可，最后通過郵箱收到的激活郵件進行激活即可~

另外有些數(shù)據(jù)并不是公開的，數(shù)據(jù)狀態(tài)為Restricted時，需向數(shù)據(jù)上傳者發(fā)出申請，通過申請后方可訪問，狀態(tài)如果是私有數(shù)據(jù)（Private），那么很遺憾，用戶無法檢索及訪問到此類數(shù)據(jù)，可能是因為原作者的文章還未接收，試著過段時間再來試試吧~

今天的數(shù)據(jù)庫介紹就到這里了，快打開數(shù)據(jù)庫檢索看看有沒有你感興趣的數(shù)據(jù)集呢？

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