2022.10.21

一．實(shí)驗(yàn)名稱：第一批糞便宏基因組數(shù)據(jù)的分析

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二．實(shí)驗(yàn)?zāi)康模和ㄟ^(guò)第一批宏基因組數(shù)據(jù)的分析，熟悉宏基因組分析流程，為后續(xù)數(shù)據(jù)分析積累經(jīng)驗(yàn)

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三．實(shí)驗(yàn)方法：用Trimgalore、FastQC/0.11.9 軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控分析

此次處理數(shù)據(jù)名稱：D2201105561（小鼠編號(hào)1F109L）

此次數(shù)據(jù)處理的軟件使用：trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o outdir DP8450000276BL_L01_429_1.fq.gz ?DP8450000276BL_L01_429_2.fq.gz（下圖為過(guò)程截圖）

接著用FastQC/0.11.9 軟件進(jìn)行質(zhì)控

處理數(shù)據(jù)名：DP8450000276BL_L01_429_1_val_1.fq.gz DP8450000276BL_L01_429_2_val_2.fq.gz

此次數(shù)據(jù)處理的軟件使用：fastqc *DP8450000276BL_L01_429_1_val_1.fq.gz DP8450000276BL_L01_429_2_val_2.fq.gz -o result（下圖為過(guò)程截圖）

四．實(shí)驗(yàn)結(jié)果

Trimgalore運(yùn)行結(jié)束（見(jiàn)下圖）

Fastqc運(yùn)行結(jié)束（見(jiàn)下圖）

HTML數(shù)據(jù)已經(jīng)存于桌面文件夾：HTML數(shù)據(jù)—第一批（17個(gè)）—1F109L_1_val_1_fastqc和1F109R_2_val_2_fastqc；

實(shí)驗(yàn)名稱：kneaddate的下載和數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建

Kneaddate下載：conda install -c "bioconda/label/cf201901" kneaddata（下載截圖如下）

Kneaddate的數(shù)據(jù)庫(kù)下載（截圖如下）：

mkdir?kneaddata_database

cd?kneaddata_database/

kneaddata_database?--download?human_genome?bowtie2?./

kneaddata_database?--download?mouse_C57BL?bowtie2?./

kneaddata_database?--download?human_transcriptome?bowtie2?./

kneaddata_database?--download?ribosomal_RNA?bowtie2?./

kneaddata_database?--download?ribosomal_RNA?bowtie2?./下載失敗

Kneaddate的使用：

單端數(shù)據(jù)：

kneaddata?-i?D84-1.fastq.gz??-o?./D84-1?-t?20?-p?20?-db?$KNEADDATA_DB_HUMAN_GENOME（指定數(shù)據(jù)庫(kù)）

雙端數(shù)據(jù)：

kneaddata?-i?D84-1.R1.fastq.gz?-i?D84-1.R2.fastq.gz?-o?./D84-1?--output-prefix?D84-1?-t?20?-p?20?--cat-final-output?--serial?-db?$KNEADDATA_DB_HUMAN_GENOME?-db?$KNEADDATA_DB_RNOR_6?-db?$KNEADDATA_DB_RIBOSOMAL_RNA（可指定多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)）

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