凌恩生物現(xiàn)已在宏組學(xué)、基因組、表觀(guān)遺傳以及蛋白代謝等多組學(xué)及聯(lián)合分析領(lǐng)域積累了深厚經(jīng)驗(yàn)，打造出成熟的科研服務(wù)平臺(tái)，以?xún)?yōu)質(zhì)售前方案和優(yōu)秀售后服務(wù)助力客戶(hù)在Nature、Science、PNAS、ISME和MIcrobiome等高端國(guó)際期刊上發(fā)表了大量文章。

伴隨著組學(xué)技術(shù)的進(jìn)步，越老越多的研究者將目光投向了與人類(lèi)命運(yùn)息息相關(guān)的病毒組研究。病毒宏基因組學(xué)能夠檢測(cè)病毒群落的DNA或RNA序列，了解病毒種類(lèi)、多樣性和適應(yīng)性等信息，進(jìn)而幫助人類(lèi)更好地了解病毒種群結(jié)構(gòu)，預(yù)測(cè)病毒傳播趨勢(shì)，提高抗病能力，降低感染風(fēng)險(xiǎn)，促進(jìn)人類(lèi)健康和經(jīng)濟(jì)發(fā)展。

基于宏組學(xué)的病毒組測(cè)序研究，未來(lái)有望成為病毒學(xué)領(lǐng)域的研究和診斷工具的重要組成部分，對(duì)于全球疾病控制和治療有著重要的意義。

2023年截止至5月，凌恩生物助力客戶(hù)發(fā)表高分宏病毒組文章多篇，樣本類(lèi)型包括土壤、水體、腸道糞便等，累計(jì)影響因子56.903分，平均影響因子9.484分。相關(guān)文章發(fā)表在Microbiome、Science of the Total Environment等著名期刊上。

接下來(lái)讓我們一起回顧一下吧~

01、根際噬菌體群落對(duì)青枯病的土壤抑制作用

Rhizosphere phage communities drive soil suppressiveness to bacterial wilt disease

發(fā)表期刊：Microbiome

影響因子：16.837

作者單位：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)

噬菌體通過(guò)侵染宿主細(xì)菌可以調(diào)控細(xì)菌種群數(shù)量，驅(qū)動(dòng)細(xì)菌群落多樣性和組成的變化，進(jìn)而影響生態(tài)系統(tǒng)功能。盡管土壤中噬菌體的豐度和多樣性都很高，但其與土壤生物障礙發(fā)生的關(guān)系還鮮有研究。本文通過(guò)LorMe實(shí)驗(yàn)室采用自主研發(fā)的非破壞性根際土連續(xù)原位采集裝置，對(duì)8個(gè)番茄樣本進(jìn)行5個(gè)時(shí)間段的采樣，對(duì)樣品進(jìn)行病毒富集提取后進(jìn)行宏基因組測(cè)序。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，噬菌體群落具有豐富的功能多樣性，能夠共同抵御不同種病原菌的攻擊，并可以通過(guò)適當(dāng)管理提高土壤的抗菌性。這項(xiàng)研究表明，根際噬菌體群落是一種重要的生物制劑，可用于控制細(xì)菌性病害，并為利用生物防治控制病害提供了理論和實(shí)踐基礎(chǔ)。

02、宏病毒組揭示了滸苔綠潮對(duì)沿海環(huán)境中病毒群落結(jié)構(gòu)和功能概況的影響

Virome reveals effect of Ulva prolifera green tide on the structural and functional profiles of virus communities in coastal environments

發(fā)表期刊：Science of the Total Environment

影響因子：10.753

作者單位：清華大學(xué)深圳研究生院

病毒廣泛分布在海洋環(huán)境中，它們通過(guò)調(diào)節(jié)宿主的新陳代謝影響物質(zhì)和能量的轉(zhuǎn)化。本文旨在探索病毒在綠藻水華中的多樣性和作用。實(shí)驗(yàn)對(duì)三個(gè)不同階段（水華前、水華中和水華后）共采集了18個(gè)樣本，通過(guò)宏基因組學(xué)分析研究了青島沿海地區(qū)自然水華中病毒的多樣性、豐度、生活方式和代謝潛力。結(jié)果表明，病毒豐富度、多樣性和群落結(jié)構(gòu)顯著響應(yīng)了水華形成過(guò)程中的變化，并在水華的不同階段表現(xiàn)出顯著的異質(zhì)性。多種環(huán)境因素影響病毒群落的結(jié)構(gòu)和豐度。網(wǎng)絡(luò)分析顯示，隨著水華的發(fā)展，病毒群落之間的聯(lián)系更加緊密。功能預(yù)測(cè)顯示，病毒可能通過(guò)輔助代謝基因的代謝增強(qiáng)來(lái)影響微生物碳?xì)浠衔锖吞嫉纳锝到?，為了解水華對(duì)各自生態(tài)事件中的碳循環(huán)和病毒適應(yīng)度的影響提供了新的思路。

03、從親本到后代豬的腸道病毒組特征的縱向研究

Longitudinal Investigation of Enteric Virome Signatures from Parental-Generation to Offspring Pigs

發(fā)表期刊：Microbiology Spectrum

影響因子：9.043

作者單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院

迄今為止，對(duì)豬腸道微生物組的研究幾乎只集中在細(xì)菌方面，關(guān)注的是對(duì)豬腸道病毒組不同年齡階段的全面縱向研究。文章收集36頭親代豬（18 頭種豬 [杜洛克] 和 18 頭懷孕/哺乳母豬 [長(zhǎng)白]）的54份糞便樣本和18頭后代豬在哺乳期（第3天）、保育期（第26、35和49天）、生長(zhǎng)期（第120天）和育成期（第180天）的108份糞便樣品，通過(guò)宏基因組測(cè)序表征不同生物分類(lèi)水平的親代和后代豬的腸道病毒組。研究表明，不同階段相關(guān)的豬腸道病毒組可能由年齡和/或不同生長(zhǎng)階段的腸道生理學(xué)決定，腸道病毒可能通過(guò)豐富的糖苷水解酶控制碳水化合物分解。這些發(fā)現(xiàn)填補(bǔ)了豬腸道病毒組縱向模式的空白，為研究豬腸道病毒的功能奠定了基礎(chǔ)。

04、中國(guó)牛羊新發(fā)小核酸病毒的系統(tǒng)監(jiān)測(cè)

Systematic Surveillance of an Emerging Picornavirus among Cattle and Sheep in China

發(fā)表期刊：Microbiology Spectrum

影響因子：6.706

作者單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院

新出現(xiàn)的病毒對(duì)人類(lèi)和動(dòng)物健康存在的持續(xù)威脅。Boosepivirus是一種被認(rèn)為是胃腸道病原體的新型picornaviru。文章從多地共75個(gè)農(nóng)場(chǎng)獲得了603份牛腹瀉臨床樣本，包括糞便、肛門(mén)拭子或腸道組織，另外采集了87份綿羊糞便樣本進(jìn)行宏病毒測(cè)序，與之前基因組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比研究。研究發(fā)現(xiàn)NX20-1與日本分離株Bo-12-38/2009/JPN親緣關(guān)系較近，屬于Boosepivirus?b型。此外，35份陽(yáng)性樣本還存在與其他腹瀉病原體的混合感染。重要的是，Boosepivirus也在綿羊中流行，這表明Boosepivirus可以感染不同的家畜，說(shuō)明Boosepivirus是一種潛在的腹瀉病原體，但其致病性和致病機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

05、宏基因組測(cè)序鑒定健康和腹瀉新生仔豬的特異性噬菌體特征

Metagenomic Sequencing Identified Specific Bacteriophage Signature Discriminating between Healthy and Diarrheal Neonatal Piglets

發(fā)表期刊：Nutrients

影響因子：6.706

作者單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院

新生兒腹瀉是人類(lèi)和豬最嚴(yán)重的疾病之一，會(huì)導(dǎo)致高死亡率和生長(zhǎng)遲緩。本文主要關(guān)注腸道病毒組在新生兒腹瀉中的作用。實(shí)驗(yàn)對(duì)38個(gè)健康仔豬和38個(gè)腹瀉仔豬的糞便進(jìn)行采樣，通過(guò)宏基因組測(cè)序?qū)S便病毒群落進(jìn)行了表征。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，腹瀉仔豬的病毒群落顯示出更高的個(gè)體異質(zhì)性和更高的肌病毒科豐度。通過(guò)預(yù)測(cè)確定的病毒基因組的細(xì)菌宿主，感染變形桿菌的噬菌體，特別是大腸桿菌，是新生兒腹瀉仔豬的主要類(lèi)群。與此相一致的是，大腸桿菌來(lái)源的抗生素抗性基因也在新生兒腹瀉仔豬中富集。最后，作者建立了一個(gè)隨機(jī)森林模型來(lái)準(zhǔn)確區(qū)分新生兒腹瀉仔豬和健康對(duì)照組，并確定了大腸桿菌屬和李斯特菌屬感染的噬菌體，包括psa和C5病毒，作為關(guān)鍵的生物標(biāo)志物。文章提供了腹瀉和健康新生仔豬的病毒群落和功能特征的第一手資料。這些發(fā)現(xiàn)擴(kuò)展了我們對(duì)噬菌體、細(xì)菌和腹瀉之間關(guān)系的理解，并可能促進(jìn)預(yù)防和治療新生兒腹瀉的療法的開(kāi)發(fā)。

06、口腔和糞便病毒組的分析檢測(cè)出蛇類(lèi)中多種新出現(xiàn)的病毒

The Analysis of Oral and Fecal Virome Detects Multiple Novel Emerging Viruses in Snakes

發(fā)表期刊：Transboundary and Emerging Diseases

影響因子：4.521

作者單位：宜賓學(xué)院農(nóng)林與食品工程學(xué)院

野生動(dòng)物被認(rèn)為是新出現(xiàn)和重新出現(xiàn)的病毒的儲(chǔ)庫(kù)，以前研究報(bào)告中，蝙蝠和蜱蟲(chóng)攜帶可變的重要致病病毒，其中一些可能導(dǎo)致人類(lèi)和牲畜的潛在疾病，而爬行動(dòng)物攜帶的病毒卻很少關(guān)注。研究首先對(duì)蛇的病毒組進(jìn)行了分析，以建立對(duì)潛在的跨境新發(fā)疾病的有效監(jiān)測(cè)。采集野生捕獲的10條蛇（蝮蛇4條、地鼠蛇3條和狹腹蛇3條）的咽拭子和肛拭子樣本進(jìn)行宏病毒測(cè)序。因此，根據(jù)與現(xiàn)有病毒的序列相似性，文章在口腔樣本中鑒定了腺病毒科、環(huán)狀病毒科、逆轉(zhuǎn)錄病毒科和細(xì)小病毒科。在糞便樣本中也檢出了小核糖核酸病毒科和腺病毒科。iflavirus和foamy病毒首次在原矛頭蝮中被報(bào)道，豐富了蛇體內(nèi)病毒的多樣性。系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示，這2種新發(fā)現(xiàn)的病毒與既往報(bào)道的病毒具有較低的遺傳相似性。本研究為我們了解蛇體內(nèi)微生物組多樣性以及監(jiān)測(cè)和預(yù)防新型未知病毒提供了基礎(chǔ)。