在gmx官網(wǎng)教程中 使用 gmx pdb2gmx -f 3htb.pdb -o 3htb.gro 開端基的報(bào)錯(cuò)的問題

而使用charmm36-jul2021.ff就不會(huì)報(bào)錯(cuò)。

如果你打開力場(chǎng)里面的aminoacids.c.tdb。會(huì)發(fā)現(xiàn)他們兩個(gè)處理端基有點(diǎn)不一樣。你也可以自己修改。不過這兩個(gè)精度沒有什么差別，改有點(diǎn)麻煩，charmm36-jul2021.ff 還是用的gmx pdb2gmx 默認(rèn)的處理方式端基?Default termini are ionized (NH3+ and COO-),端基處理。N端 加氫 C端去氫?

直接加三個(gè)氫也就是NH3+ ，在topol.top開頭文件里面也可以看到

末端同理。

gmx pdb2gmx -f?3htb.pdb -o 3htb.gro -ter? ?加 -ter 可選擇處理端基的模式

做一下對(duì)比

在選完水模型以后，可以很清楚的看到charm2022ff的 0選項(xiàng) 是1MET，也就是照應(yīng)著報(bào)錯(cuò)的地方，我猜“ 0選項(xiàng) ”是這個(gè)力場(chǎng)選擇處理端基的默認(rèn)方式。

所以改過來(lái)就好了，gmx pdb2gmx -f?3htb.pdb -o 3htb.gro -ter? 選完水模型以后，選擇 1? 回車

然后在選 0?以酸根的方式處理C端 ，就可以解決了。

而處理完以后 再細(xì)看topol.top的 charm2022ff 對(duì)比charm2021ff 處理的端基的帶電量一模一樣，其實(shí)繼續(xù)charm2021ff也沒什么問題。

? ??這些力場(chǎng)定義的帶電荷 mass等信息才是影響模擬精度的關(guān)鍵，都是研究人員研究開發(fā)出來(lái)的，如果這里面的信息你改了一些，并發(fā)現(xiàn)和實(shí)際的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)更接近，那絕對(duì)是一個(gè)很棒的發(fā)現(xiàn)。

至于選擇MET1有什么特殊的用處，我暫時(shí)還沒發(fā)現(xiàn)，歡迎補(bǔ)充指教。