眾所周知，一個轉(zhuǎn)錄因子能同時控制多個基因的表達(dá)，同時轉(zhuǎn)錄因子的功能作用也可能受多個調(diào)控因子的影響。轉(zhuǎn)錄因子對基因表達(dá)的調(diào)控至關(guān)重要，如何去科學(xué)的預(yù)測靶基因的轉(zhuǎn)錄因子，這是我們在做轉(zhuǎn)錄因子研究的時候需要考慮的問題。這里給大家羅列了幾個常用的轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測在線工具：

關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控基序（motif）就不多說了，學(xué)過分子生物學(xué)的同學(xué)應(yīng)該知道，motifmap和Jaspar主要基于motif進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測；

• 因?yàn)檗D(zhuǎn)錄因子是和DNA結(jié)合的，因此通過ChIP實(shí)驗(yàn)可以拉下與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA片段，結(jié)合高通量測序可以得到所有的靶基因，hTFtarget、Cistrome和ENCODE在線工具主要基于該技術(shù)；

• 另外轉(zhuǎn)錄因子會調(diào)控基因表達(dá)，因此敲低轉(zhuǎn)錄因子之后相關(guān)靶基因表達(dá)會發(fā)生改變，KnockTF就是整理了眾多轉(zhuǎn)錄因子敲低的GEO數(shù)據(jù)集；

• 與前一點(diǎn)相似，在沒有調(diào)低轉(zhuǎn)錄因子的樣本中，轉(zhuǎn)錄因子應(yīng)該也與靶基因表達(dá)之間存在相關(guān)性。因此可以基于大樣本的高通量數(shù)據(jù)進(jìn)行表達(dá)相關(guān)性分析。

關(guān)于這些轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫的使用介紹，大家自行查找或看一下我的B站視頻介紹，當(dāng)然我網(wǎng)站上面也有一些數(shù)據(jù)庫介紹。

https://www.jingege.wang/?s=%E8%BD%AC%E5%BD%95%E5%9B%A0%E5%AD%90

現(xiàn)在進(jìn)入正題，也就是這個轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測小工具的使用及數(shù)據(jù)來源，使大家使用的時候明明白白。

1. 首先打開之后是這個樣子，非常之簡單，相關(guān)設(shè)置如下圖：

2. 等待幾十秒之后可以得到結(jié)果：

3. 貼心的給出可視化結(jié)果，小于等于5個數(shù)據(jù)集使用Venn圖可視化，更多的話以花瓣圖進(jìn)行可視化，Venn圖相關(guān)參數(shù)自行摸索，基于VennDiagram包：

這是6個數(shù)據(jù)集交集的flower plot，我沒有給出圖形參數(shù)設(shè)置，偷個懶，默認(rèn)出圖還是不錯的：

4. 其實(shí)針對單個在線工具，還會有很多其他參數(shù)，所以為了方便大家進(jìn)一步篩選，app也提供了單個數(shù)據(jù)集的下載：

最后說一下這個app的原理：

• 對于hTFtarget、KnockTF、TTRUST和Cistrome，基于網(wǎng)頁爬蟲，所以結(jié)果是和網(wǎng)頁搜索應(yīng)該一致，對于Cistrome DB，爬蟲速度相對較慢，尤其是存在多個轉(zhuǎn)錄本的時候。

• 對于ENCODE和Jaspar，是基于Harmonizonme數(shù)據(jù)庫整理好的數(shù)據(jù)集，然后上傳到我的云服務(wù)器。

• 對于相關(guān)性分析，基于Xena browser上面提供的TCGA/GTEx數(shù)據(jù)集，提取轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)之后上傳到我的云服務(wù)器，再基于相關(guān)性分析計算靶基因與轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)的相關(guān)性。

That’s all！

Enjoy！??！

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點(diǎn)擊查看app鏈接：靶基因轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測小工具分享-整合多數(shù)據(jù)庫

https://www.jingege.wang/2023/09/04/%e9%9d%b6%e5%9f%ba%e5%9b%a0%e8%bd%ac%e5%bd%95%e5%9b%a0%e5%ad%90%e9%a2%84%e6%b5%8b%e5%b0%8f%e5%b7%a5%e5%85%b7%e5%88%86%e4%ba%ab-%e6%95%b4%e5%90%88%e5%a4%9a%e6%95%b0%e6%8d%ae%e5%ba%93/