深入淺出原核基因表達(dá)調(diào)控(乳糖操縱子、色氨酸操縱子)

前言
自然界里,能量時(shí)有時(shí)無(wú),各種生命為了讓自己能夠活下去,需要適應(yīng)環(huán)境,在不同的環(huán)境合成不同的蛋白質(zhì)。
原核生物體內(nèi)有很多細(xì)胞,細(xì)胞里面有很多蛋白質(zhì),但是這些蛋白質(zhì)在這些細(xì)胞里的個(gè)數(shù)(拷貝數(shù))因細(xì)胞而異。有的蛋白質(zhì)的數(shù)量在不同的細(xì)胞中都相差不大,而有一些則波動(dòng)很大。
我們把變化不大的蛋白質(zhì)叫做組成型(constitutive)合成蛋白質(zhì),其合成速率不受環(huán)境變化或代謝狀態(tài)的影響。為什么叫組成?大家想,如果組成變了,那細(xì)胞不也玩完了。而另一類(lèi)就是適應(yīng)型或調(diào)節(jié)型(adaptive or regulated)合成蛋白質(zhì),其合成速率明顯收環(huán)境影響而變化。
Constitutive:糖酵解體系的酶、DNA聚合酶、RNA聚合酶等細(xì)胞代謝過(guò)程和生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中必需的蛋白質(zhì)。
Adaptive/Regulated:其他參與糖代謝的酶和氨基酸、核苷酸合成系統(tǒng)的酶類(lèi)。
細(xì)胞中的調(diào)控體系一般有這樣的規(guī)律:需要時(shí)打開(kāi),不需要時(shí)關(guān)閉。這種“開(kāi)-關(guān)”(on-off)機(jī)制是通過(guò)調(diào)節(jié)基因轉(zhuǎn)錄來(lái)建立的。注意了,當(dāng)我們說(shuō)這個(gè)系統(tǒng)處于“關(guān)”的狀態(tài)時(shí),也可能會(huì)有本底水平的基因表達(dá),一般是每世代每個(gè)細(xì)胞之合成1或2個(gè)mRNA和極少量的蛋白質(zhì)。這個(gè)“關(guān)”不是說(shuō)這個(gè)基因不表達(dá),而是其表達(dá)量特別低,低至很難甚至無(wú)法檢測(cè)到。
中文名
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外文名
background
含 ?義
沒(méi)有進(jìn)樣時(shí)檢測(cè)器的信號(hào)值
原核基因表達(dá)調(diào)控總論
基因表達(dá)(gene expression)是從DNA到蛋白質(zhì)的過(guò)程,對(duì)這一過(guò)程的調(diào)節(jié)也就被稱(chēng)為基因表達(dá)調(diào)控(gene regulation 或 gene control)?;虮磉_(dá)的調(diào)控是為了“活下去”和“長(zhǎng)起來(lái)”。

圖1 基因表達(dá)
基因表達(dá)調(diào)控,主要是在兩個(gè)階段進(jìn)行:
轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控(transcriptional regulation)
轉(zhuǎn)錄后水平上的調(diào)控(post-transcriptional regulation)
mRNA加工成熟水平上的調(diào)控(differential processing of RNA transcript)
翻譯水平上的調(diào)控(differential translation of mRNA)
基因調(diào)控的指揮系統(tǒng)也是多樣的,不同的生物使用不同的信號(hào)來(lái)調(diào)控基因表達(dá)。原核生物中,營(yíng)養(yǎng)狀況(nutritional status)和環(huán)境因素(environmental factor)對(duì)基因表達(dá)起著舉足輕重的作用。真核生物則不一樣,尤其是高等真核生物中,激素水平(hormone level)和發(fā)育階段(developmental stage)是調(diào)控基因表達(dá)的最主要因素,營(yíng)養(yǎng)和環(huán)境因素的影響力大為下降。
轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控取決于DNA的結(jié)構(gòu)、RNA聚合酶的功能、蛋白質(zhì)因子和其他小分子配基的相互作用。在研究轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄調(diào)控前,我們先看看原核和真核生物轉(zhuǎn)錄和翻譯的特點(diǎn)。
因?yàn)樵思?xì)胞沒(méi)有細(xì)胞核,mRNA邊合成邊結(jié)合核糖體,所以,原核細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄與翻譯過(guò)程幾乎同時(shí)發(fā)生,即轉(zhuǎn)錄與翻譯相偶聯(lián)(coupled transcription and translation)。而在真核生物中,轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(primary transcript)需要從細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞核外,才能被核糖體翻譯成蛋白質(zhì)。
原核生物只存在一種RNA聚合酶參與轉(zhuǎn)錄,而真核生物中有3種RNA聚合酶參與(高等植物如水稻種存在RNA聚合酶Ⅳ和Ⅴ,屬于RNA聚合酶Ⅱ的同源基因)。
而對(duì)于轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)控,原核生物的蛋白質(zhì)合成與甲酰-甲硫氨酸(tRNAMet),并且在起始AUG序列上游存在一段富含嘌呤的SD序列(AGGAGGU),促進(jìn)翻譯起始。在真核生物中不存在SD序列,并且蛋白質(zhì)的合成起始于非甲?;募琢虬彼幔╰RNAiMet)。

圖2 SD序列和16S rRNA上的anti-SD序列結(jié)合

圖3 起始氨基酰tRNA與小亞基結(jié)合

圖4 真核生物的Met-tRNAMet不甲?;?/strong>
原核基因表達(dá)調(diào)控分類(lèi)
原核生物的基因表達(dá)調(diào)控主要發(fā)生在轉(zhuǎn)錄水平上,根據(jù)調(diào)控機(jī)制的不同可分為:負(fù)轉(zhuǎn)錄調(diào)控(negative transcription regulation)和正轉(zhuǎn)錄調(diào)控(positive transcription regulation)。在負(fù)轉(zhuǎn)錄調(diào)控系統(tǒng)中,調(diào)節(jié)基因的產(chǎn)物是阻遏蛋白(repressor),起著阻止結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄的作用。正轉(zhuǎn)錄調(diào)控系統(tǒng)中,調(diào)節(jié)基因的產(chǎn)物是激活蛋白(activator),如果沒(méi)有激活蛋白結(jié)構(gòu)基因則不能轉(zhuǎn)錄。

圖5 正轉(zhuǎn)錄調(diào)控和負(fù)轉(zhuǎn)錄調(diào)控
調(diào)控還可以分成誘導(dǎo)(induction)和阻遏(repression)這兩類(lèi)。誘導(dǎo)是通過(guò)小分子誘導(dǎo)物參與,是阻遏物失活或活化激活劑來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)基因或操縱子表達(dá)的調(diào)控。阻遏是通過(guò)小分子輔阻遏物參與,使激活劑失活或活化阻遏物來(lái)實(shí)現(xiàn)基因或操縱子不表達(dá)的調(diào)控。
我來(lái)總結(jié)一下:
負(fù)控誘導(dǎo):誘導(dǎo)因子和阻遏蛋白結(jié)合,使其變成非活性阻遏蛋白,這樣就阻遏不了了,故基因表達(dá);
正控誘導(dǎo):誘導(dǎo)因子和沒(méi)有活性的激活蛋白結(jié)合,使其變?yōu)榫哂谢钚缘募せ畹鞍?,所以可以激活,故基因表達(dá);
負(fù)控阻遏:共阻遏蛋白和沒(méi)有活性的阻遏蛋白結(jié)合,使其變?yōu)榫哂谢钚缘淖瓒舻鞍?,這樣就可以阻遏了,故基因不表達(dá);
正控阻遏:共阻遏蛋白和有活性的激活蛋白結(jié)合,使其變?yōu)闆](méi)有活性的激活蛋白,所以激活不了了,故基因不表達(dá)。

圖6 細(xì)菌中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控體系
原核基因表達(dá)調(diào)控的主要特點(diǎn)
操縱子的調(diào)控
操縱子(operon):在原核生物中,一些結(jié)構(gòu)基因可以串聯(lián)在一起,其表達(dá)收到同一調(diào)控系統(tǒng)的調(diào)控,這種基因的組織形式成為操縱子。

圖7 操縱子的結(jié)構(gòu)
操縱子包括了啟動(dòng)子、操作子、、終止子、調(diào)控基因、結(jié)構(gòu)基因等元件。
啟動(dòng)子(promoter,P)是指能被RNA聚合酶識(shí)別、結(jié)合并啟動(dòng)基因轉(zhuǎn)錄的一段DNA序列。操縱子至少有一個(gè)啟動(dòng)子,控制整個(gè)基因群的轉(zhuǎn)錄。
操作子(operator,O)是一段能被調(diào)控蛋白特異性結(jié)合的DNA序列。操作子常與啟動(dòng)子臨近或重疊,當(dāng)調(diào)控蛋白結(jié)合在操縱基因上,會(huì)影響其下游基因的轉(zhuǎn)錄。
終止子(terminator,T)是給予RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)的DNA序列。操縱子結(jié)構(gòu)基因群最后一個(gè)基因的末端存在一個(gè)終止子。
調(diào)控基因(regulatory gene)是編碼能與操作子結(jié)合的調(diào)控蛋白的基因。某些特定的物質(zhì)能夠和調(diào)控蛋白結(jié)合,使調(diào)控蛋白的空間構(gòu)象發(fā)生變化,從而改變其對(duì)基因轉(zhuǎn)錄的影響,這些物質(zhì)稱(chēng)為效應(yīng)物(effector)。調(diào)控基因可以在結(jié)構(gòu)基因群附近、也可以遠(yuǎn)離結(jié)構(gòu)基因,它是通過(guò)其基因產(chǎn)物調(diào)控蛋白來(lái)發(fā)揮作用的。

圖8 操縱子結(jié)構(gòu)圖解
操縱子有兩大類(lèi),分別是調(diào)節(jié)分解代謝和合成代謝的。
調(diào)節(jié)分解代謝的操縱子,它們都是屬于誘導(dǎo)型,并受cAMP-CAP的調(diào)節(jié)。分解代謝的底物常為小分子誘導(dǎo)物。
調(diào)節(jié)合成代謝的操縱子,它們都屬于阻遏型,不受cAMP-CAP影響。其中一些操縱子等具有弱化子(例如,Trp、His、Phe、Leu、Thr和Ilv的操縱子),最終產(chǎn)物為輔阻遏物。
乳糖操縱子
微生物對(duì)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的利用是有順序的,先易后難。葡萄糖代謝完了之后,乳糖才可以被進(jìn)一步利用。如何通過(guò)基因表達(dá)調(diào)控來(lái)實(shí)現(xiàn)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的選擇性利用呢?乳糖操縱子就是個(gè)很好的例子。

圖9 微生物利用糖的順序
乳糖的代謝過(guò)程如下圖,可以看到乳糖進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)之后,在β半乳糖苷酶的作用下,水解生成葡萄糖和半乳糖。

圖10 乳糖的代謝
乳糖操縱子的結(jié)構(gòu)
E. coli乳糖操縱子包括:?jiǎn)?dòng)子、操作子和3個(gè)結(jié)構(gòu)基因等。
這三個(gè)結(jié)構(gòu)基因稱(chēng)為lacZ、lacY及l(fā)acA。lacZ編碼β-半乳糖苷酶,這是一種將雙糖乳糖水解為葡萄糖與半乳糖兩個(gè)單糖的酶。lacY編碼β-半乳糖苷透性酶,這是一種在細(xì)胞膜的運(yùn)送蛋白質(zhì),負(fù)責(zé)將乳糖逼入細(xì)胞中。lacA編碼β-半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶,這是一種酶將乙酰基從乙酰輔酶A轉(zhuǎn)移至β-半乳糖苷。當(dāng)中只有l(wèi)acZ及l(fā)acY在乳糖的分解代謝是必須的。

圖11 乳糖操縱子的布局
轉(zhuǎn)錄時(shí)RNA聚合酶與啟動(dòng)子結(jié)合,通過(guò)操縱子,按Z→Y→A方向進(jìn)行轉(zhuǎn)錄。每轉(zhuǎn)錄出一條mRNA上都有Z、Y和A基因。

圖12 乳糖操縱子的結(jié)構(gòu)
Z→β-半乳糖苷酶,這是一種將雙糖乳糖水解為葡萄糖與半乳糖兩個(gè)單糖的酶。
Y→β-半乳糖苷透性酶,這是一種在細(xì)胞膜的運(yùn)送蛋白質(zhì),負(fù)責(zé)將乳糖逼入細(xì)胞中。
A→β-半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶,這是一種酶將乙?;鶑囊阴]o酶A轉(zhuǎn)移至β-半乳糖苷。當(dāng)中只有l(wèi)acZ及l(fā)acY在乳糖的分解代謝是必須的。
只有當(dāng)乳糖成為唯一的碳源時(shí),相關(guān)利用的酶才會(huì)被合成。
葡萄糖乳糖乳糖操縱子表達(dá)++off+-off-+off-+on
活化蛋白和阻遏蛋白共同調(diào)控lac基因
乳糖操縱子通常是關(guān)閉的,lacI編碼的阻遏蛋白以四聚體的形式與操作基因結(jié)合,關(guān)閉三個(gè)結(jié)構(gòu)基因的表達(dá)??梢钥吹絣acI編碼的這個(gè)綠色的阻遏蛋白單體形成四聚體后和操作子結(jié)合,然后就不能夠繼續(xù)轉(zhuǎn)錄了,所以結(jié)構(gòu)基因不表達(dá)。

圖13 lacI編碼的阻遏蛋白四聚體和操作子結(jié)合
活化蛋白CAP(catabolite activate protein)結(jié)合到CAP位點(diǎn),激活結(jié)構(gòu)基因的表達(dá)。從CAP這個(gè)名字,代謝激活蛋白,就是激活的意思。后面會(huì)詳細(xì)講講。

圖14 CAP蛋白激活轉(zhuǎn)錄
阻遏蛋白的負(fù)調(diào)節(jié)(negative control of repressor)
當(dāng)沒(méi)有乳糖的時(shí)候,乳糖操縱子處于關(guān)閉狀態(tài),lacI基因低水平、組成型表達(dá),產(chǎn)生阻遏蛋白,每個(gè)細(xì)胞中僅維持約10個(gè)分子的阻遏蛋白。阻遏蛋白結(jié)合在操作子上組織基因轉(zhuǎn)錄

圖15 阻遏蛋白四聚體的負(fù)調(diào)節(jié)
如果有乳糖。首先,操縱子有本底水平的表達(dá),細(xì)胞內(nèi)會(huì)有幾個(gè)分子的β-半乳糖苷酶和透性酶,當(dāng)環(huán)境中有乳糖的時(shí)候,會(huì)被透性酶轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞內(nèi)。在細(xì)胞內(nèi),乳糖受β-半乳糖苷酶的催化為別乳糖。
Carrierprotein:又稱(chēng)“透性酶”(Permease),指存在于膜上能識(shí)別結(jié)合特異性底物后通過(guò)構(gòu)象變化實(shí)現(xiàn)物質(zhì)轉(zhuǎn)移作用的跨膜蛋白,即能介導(dǎo)被動(dòng)運(yùn)輸,又能介導(dǎo)主動(dòng)運(yùn)輸。
別乳糖:乳糖的一種代謝產(chǎn)物。一種乳糖異構(gòu)體,為乳糖操縱子的天然誘導(dǎo)物。
從下面這個(gè)圖可以看到,乳糖通過(guò)透性酶從細(xì)胞外進(jìn)入細(xì)胞,然后再β-半乳糖苷酶的催化下轉(zhuǎn)變?yōu)閯e乳糖,再繼續(xù)催化生成半乳糖和葡萄糖。

圖16 乳糖的代謝
別乳糖和阻遏蛋白結(jié)合,阻遏蛋白構(gòu)象改變,不和操縱子結(jié)合。接下來(lái)結(jié)構(gòu)基因就可以進(jìn)行轉(zhuǎn)錄,β-半乳糖苷酶在細(xì)胞內(nèi)的含量可增加1000倍。

圖17 阻遏蛋白四聚體構(gòu)象改變

圖18 β-半乳糖苷酶在細(xì)胞內(nèi)的含量可增加1000倍
有乳糖,乳糖操縱子就開(kāi)啟,結(jié)構(gòu)基因就表達(dá)嗎?前面提到了乳糖操縱子只有在乳糖存在,同時(shí)葡萄糖缺乏時(shí)才會(huì)高水平表達(dá)。也就是說(shuō),葡萄糖和乳糖同時(shí)存在的時(shí)候,乳糖操縱子也是處于關(guān)閉狀態(tài)。
葡萄糖是細(xì)菌優(yōu)先利用的糖類(lèi)。當(dāng)葡萄糖和其他糖類(lèi)(比如乳糖)同時(shí)存在時(shí),細(xì)菌只利用葡萄糖而不代謝別的糖類(lèi),這種現(xiàn)象成為分解代謝物阻遏(catabolite repression)。
先不提葡萄糖,前面我們提到了CAP蛋白,Catabolite activator protein (CAP; also known as , CRP) 。

圖19 CAP (blue) bound to a piece of DNA (red)
CAP其實(shí)就是CRP,代謝激活蛋白是一個(gè)二聚體,也是cAMP(cyclic AMP)的結(jié)合位點(diǎn)。

圖20 cAMP結(jié)構(gòu)
CAP蛋白的活化
cAMP可與細(xì)菌中的CAP 特異結(jié)合,使CRP構(gòu)象改變,形成二聚體而活化。

圖21 CRP和cAMP結(jié)合使CRP形成二聚體而活化
CAP蛋白的正調(diào)控
cAMP-CRP二聚體能夠結(jié)合到啟動(dòng)子的上游識(shí)別位點(diǎn)上,通過(guò)招募RNA聚合酶激活乳糖操縱子的轉(zhuǎn)錄。

圖22 CAP激活轉(zhuǎn)錄
細(xì)胞內(nèi)cAMP的合成
cAMP是由ATP在腺苷酸環(huán)化酶的作用下生成的。

圖23 細(xì)胞內(nèi)AMP的合成
腺苷酸環(huán)化酶的激活
葡萄糖主要通過(guò)磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)(phosphotransferase system, PTS)被宿主細(xì)胞磷酸化和內(nèi)質(zhì)化,然后才能進(jìn)一步被菌體分解代謝,參與并維持菌體的生理活動(dòng)。這個(gè)磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)里面,有一個(gè)ⅡAGlc蛋白(crr編碼)它的磷酸化形式可以激活腺苷酸環(huán)化酶。
圖24 The glucose PTS system in E. coli and B. subtilis.
PEP group translocation, also known as the phosphotransferase system or PTS, is a distinct method used by bacteria for sugar uptake where the source of energy is from phosphoenolpyruvate (PEP). It is known to be a multicomponent system that always involves enzymes of the plasma membrane and those in the cytoplasm.


圖24 ⅡAGlc的磷酸化形式激活腺苷酸環(huán)化酶
葡萄糖進(jìn)入細(xì)胞時(shí),ⅡAGlc蛋白發(fā)生脫磷酸化,導(dǎo)致腺苷酸環(huán)化酶活性降低。當(dāng)環(huán)境中無(wú)葡萄糖時(shí),細(xì)胞內(nèi)cAMP含量升高。當(dāng)環(huán)境中有葡萄糖時(shí),細(xì)胞內(nèi)cAMP含量降低。

圖25 葡萄糖濃度對(duì)乳糖操縱子的影響
去磷酸化的ⅡAGlc不僅僅使腺苷酸環(huán)化酶活性降低,導(dǎo)致CAP蛋白沒(méi)有活性,激活作用減弱,從而結(jié)構(gòu)基因不表達(dá),而且它還會(huì)結(jié)合乳糖透性酶阻止乳糖進(jìn)入細(xì)胞。

圖26 去磷酸化的ⅡAGlc阻止乳糖向細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸
總結(jié)
總結(jié)一下葡萄糖的作用,首先葡萄糖濃度高,導(dǎo)致ⅡAGlc去磷酸化,細(xì)胞內(nèi)的腺苷酸環(huán)化酶不被激活,cAMP濃度低,CAP蛋白不被激活,無(wú)法發(fā)揮正調(diào)控作用,結(jié)構(gòu)基因不轉(zhuǎn)錄。其次,去磷酸化的ⅡAGlc結(jié)合乳糖透性酶阻止乳糖進(jìn)入細(xì)胞。
負(fù)調(diào)節(jié)和正調(diào)節(jié)協(xié)調(diào)合作
阻遏蛋白封閉轉(zhuǎn)錄的時(shí)候,CAP不發(fā)揮作用,如果沒(méi)有CAP加強(qiáng)轉(zhuǎn)錄,即使阻遏蛋白從操作子上解聚仍然沒(méi)有轉(zhuǎn)錄活性。葡萄糖可以降低cAMP濃度,CRP不被活化,從而抑制激活作用,從而抑制轉(zhuǎn)錄。乳糖作為效應(yīng)物使阻遏蛋白從操作子上解聚,有利于轉(zhuǎn)錄的發(fā)生。

圖27 不同的糖類(lèi)組合對(duì)應(yīng)的β-半乳糖苷酶的相對(duì)數(shù)量
通過(guò)這種機(jī)制,細(xì)菌優(yōu)先利用葡萄糖,只有無(wú)葡萄糖而有乳糖時(shí),細(xì)菌才利用乳糖。
從下面這個(gè)圖我們可以看到:
a) 只有葡萄糖的時(shí)候,低濃度的cAMP導(dǎo)致CAP沒(méi)有激活作用,同時(shí)阻遏蛋白和操作子結(jié)合,結(jié)構(gòu)基因不轉(zhuǎn)錄;
b) 葡萄糖和乳糖都存在,阻遏蛋白走了,但是CAP還是沒(méi)有激活;
c) 只有乳糖,阻遏蛋白走了,CAP開(kāi)始激活。

圖28 細(xì)菌優(yōu)先利用葡萄糖
色氨酸操縱子
色氨酸操縱子使控制一個(gè)編碼色氨酸生物合成需要的5種蛋白質(zhì)的多順?lè)醋觤RNA的表達(dá)。與乳糖操縱子通常處于關(guān)閉狀態(tài)不一樣,色氨酸操縱子一般是開(kāi)啟的。以大腸桿菌為例,如果培養(yǎng)基里面有色氨酸,大腸桿菌就可以直接利用色氨酸,而不需要自己再合成了。也就是說(shuō),某一代謝途徑最終產(chǎn)物合成酶的基因可以被這個(gè)產(chǎn)物本身所關(guān)閉,這個(gè)現(xiàn)象被成為可阻遏現(xiàn)象,這些起阻遏作用的小分子被稱(chēng)為阻遏物。這個(gè)可阻遏現(xiàn)象有些類(lèi)似于高中我們學(xué)的負(fù)反饋調(diào)節(jié)。
色氨酸的合成主要分為5個(gè)步驟,有7個(gè)基因參與整個(gè)合成過(guò)程。從這個(gè)圖里可以看到這七個(gè)基因分別是E G D F C B A。

圖29 色氨酸的合成步驟
我們?cè)賮?lái)看看色氨酸操縱子的結(jié)構(gòu),結(jié)構(gòu)基因是E D C B A,就是沒(méi)有上面的G和F,這些結(jié)構(gòu)基因同樣受上游的啟動(dòng)子P和操縱子O的調(diào)控。

圖30 色氨酸操縱子的結(jié)構(gòu)
這5個(gè)基因共有啟動(dòng)子和終止子,并且一起被調(diào)控,同時(shí)沒(méi)有絲氨酸被表達(dá)。
輔阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控
當(dāng)trpR遠(yuǎn)離trp操縱子時(shí),以組成型低水平表達(dá)無(wú)活性的調(diào)控蛋白R(shí)’,但色氨酸濃度足夠時(shí),色氨酸就和R’結(jié)合使其構(gòu)象改變而成為有活性的形式R。R可與操縱子O特異性結(jié)合,阻遏結(jié)構(gòu)基因的轉(zhuǎn)錄。

圖31 輔阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控1
當(dāng)缺乏色氨酸時(shí),色氨酸操縱子打開(kāi),5個(gè)結(jié)構(gòu)基因表達(dá),產(chǎn)生三個(gè)酶催化分支酸合成色氨酸。
當(dāng)有足夠的色氨酸時(shí),操縱子自動(dòng)關(guān)閉。細(xì)菌直接利用外界的色氨酸。

圖32 輔阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控2

圖33 輔阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控3
弱化作用
R的阻遏能力僅為lacI編碼的阻遏蛋白的1/1000,難道僅僅通過(guò)R就能夠很好地調(diào)控色氨酸操縱子嗎?
這里就要說(shuō)到弱化作用(attenuation)了,當(dāng)阻遏物對(duì)色氨酸操縱子的阻遏作用被解除,但細(xì)胞內(nèi)仍然有一定濃度的色氨酸時(shí),第二種調(diào)控機(jī)制使色氨酸的轉(zhuǎn)錄再抵達(dá)第一個(gè)結(jié)構(gòu)基因E之前就被提前終止。
DNA種導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄提前終止的一段序列稱(chēng)為弱化子(attenuator)。

圖34 弱化子在操縱子上的位置
色氨酸操縱子上具有一段前導(dǎo)序列,也就是O和E之間162bp的區(qū)域,弱化子是先導(dǎo)序列中長(zhǎng)約123~150bp的區(qū)域。
如果attenuator缺失,色氨酸基因表達(dá)可提高6~10倍。轉(zhuǎn)錄開(kāi)始后,除非培養(yǎng)基中完全沒(méi)有色氨酸,轉(zhuǎn)錄總是在弱化子這個(gè)區(qū)域終止。

圖35 弱化子在前導(dǎo)序列上
前導(dǎo)肽
在前導(dǎo)序列轉(zhuǎn)錄的mRNA中,包含起始密碼子AUG和終止密碼子UGA,這一段能夠產(chǎn)生一個(gè)含有14個(gè)aa的潛在多肽。

圖36 前導(dǎo)序列
前導(dǎo)序列的第10位和11位上有相鄰的色氨酸密碼子。由下表可以知道,是UGG。

圖37 氨基酸密碼子對(duì)應(yīng)表
前導(dǎo)序列含有三對(duì)反向重復(fù)序列(A=1+2;B=2+3;C=3+4)。

圖38 前導(dǎo)序列的具體序列信息
3+4形成的莖環(huán)結(jié)構(gòu)符合終止子特征。因?yàn)镃(3+4)后是poly(U),即C實(shí)際是一個(gè)終止子,如果轉(zhuǎn)錄mRNA時(shí)它形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),就能使RNA聚合酶停止轉(zhuǎn)錄而從mRNA上脫離下來(lái)。

圖39 C(3+4)
如果B(2+3)形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),A和C都不能再形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),則無(wú)法形成終止子。

圖40 B(2+3)
當(dāng)A(1+2)形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)時(shí),B就不能形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),卻有利于C(3+4)生成發(fā)夾結(jié)構(gòu),則形成終止子。

圖41 A和C形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)
前提條件
原核生物的轉(zhuǎn)錄和翻譯幾乎同時(shí)進(jìn)行,在Trp未達(dá)到能起阻遏作用的濃度時(shí),從Ptrp起始轉(zhuǎn)錄,RNA聚合酶沿DNA轉(zhuǎn)錄合成mRNA,同時(shí)核糖體結(jié)合在mRNA上開(kāi)始翻譯。

圖42?原核生物和真核生物表達(dá)的區(qū)別
前面都是知識(shí)鋪墊,下面是正兒八經(jīng)的調(diào)控過(guò)程。
Trp濃度高
當(dāng)色氨酸濃度高的時(shí)候,trp-tRNAtrp(攜帶者色氨酸的tRNA)濃度隨之升高,核糖體通過(guò)兩個(gè)UGG,在4區(qū)被轉(zhuǎn)錄之前就到達(dá)2區(qū)。
2+3不能配對(duì),之后3+4區(qū)形成終止子結(jié)構(gòu),轉(zhuǎn)錄停止。

圖43 3+4形成終止子
Trp濃度低
Trp-tRNAtrp量少,核糖體停止在mRNA上的Trp密碼子UGG處(要合成色氨酸),1+2不能形成發(fā)夾結(jié)構(gòu),因而2+3可以形成,阻止了3+4生成終止子。RNA pol可沿DNA繼續(xù)轉(zhuǎn)錄,trp操縱子就處于開(kāi)放狀態(tài)。

圖44 2+3不能形成終止子
所有氨基酸都不足
會(huì)形成終止子結(jié)構(gòu),因?yàn)楹颂求w翻譯移動(dòng)的速度就更慢,甚至不能占據(jù)1區(qū)的序列,就導(dǎo)致1+2和3+4發(fā)夾結(jié)構(gòu)的形成,于是轉(zhuǎn)錄停止。
也就是相當(dāng)于告訴細(xì)菌:“整個(gè)氨基酸都不足,即使合成色氨酸也不能合成蛋白質(zhì),不如不合成以節(jié)省能量”。
為什么需要兩套調(diào)控系統(tǒng)
細(xì)菌中為什么需要弱化子系統(tǒng)
阻遏物從有活性向無(wú)活性的轉(zhuǎn)變速度較慢,需要一個(gè)能更快地做出反應(yīng)的系統(tǒng),以保持培養(yǎng)基中適當(dāng)?shù)纳彼崴健?/span>
弱化子系統(tǒng)主要是對(duì)外源色氨酸濃度做出反應(yīng)。外源色氨酸濃度很低的信號(hào)雖然足以引起trp操縱子的去阻遏作用,但是這個(gè)信號(hào)還不足以很快引發(fā)內(nèi)源色氨酸的合成。在這種環(huán)境下,弱化子就通過(guò)抗終止的方法來(lái)增加trp基因表達(dá),從而提高內(nèi)源色氨酸濃度。
為什么還要有阻遏體系
阻遏物的作用是當(dāng)有大量外源色氨酸存在時(shí),阻止非必需的先導(dǎo)mRNA的合成,它使這個(gè)合成系統(tǒng)更加經(jīng)濟(jì)。 ?
不是所有氨基酸操縱子都是色氨酸操縱子。
自然界存在著不同類(lèi)型的合成體系,例如組氨酸操縱子擁有在功能上與trp操縱子完全相同的弱化子結(jié)構(gòu),但沒(méi)有阻遏物,它的表達(dá)完全受弱化子調(diào)節(jié)。
阻遏與弱化作用的協(xié)調(diào)
在trp操縱子中,阻遏蛋白的負(fù)調(diào)控起到粗調(diào)的作用,而衰減子起到細(xì)調(diào)的作用。
細(xì)菌通過(guò)弱化作用彌補(bǔ)阻遏作用的不足,因?yàn)樽瓒糇饔弥荒苁罐D(zhuǎn)錄不起始,而對(duì)于已經(jīng)起始的轉(zhuǎn)錄,只能通過(guò)弱化作用使之中途停頓下來(lái)。
阻遏作用的信號(hào)是細(xì)胞內(nèi)色氨酸的多少,弱化作用的信號(hào)則是細(xì)胞內(nèi)載有色氨酸的tRNA