文獻晶體數據改進示例13(特戊酸無序)
案例來源:
Dalton Trans.
2023
,
52
, 175–184. DOI:10.1039/d2dt03492a CCDC:2211477 ? 圖形用戶界面:Olex2
[1]
(版本:Olex2-1.5) 精修程序:SHELXL
[2]
(版本:SHELXL-2019/2) CIF文件下載:CCDC
[3]
官網 ? 根據CCDC號從CCDC官網下到2211477.cif文件,用Olex2打開并提取其hkl和res文件查看,如
圖1
所示,特戊酸中叔丁基做了無序拆分處理,但是其占有率固定為0.5,而電子云密度圖看起來也很有問題。
▲圖1 CCDC 2211477數據概覽
? 引入自由變量,精修至收斂后,如
圖2
所示,表明該叔丁基是一個0.14:0.86的無序比例,而不是原來的0.5:0.5。
▲圖2 引入自由變量精修結果
? 結構中另一個特戊酸上的叔丁基用PART 1做了分組,但是沒有做無序拆分,如
圖3
所示,可能是一個未完成狀態(tài)。
▲圖3 分組但未做無序拆分的叔丁基
? 對該叔丁基做常規(guī)無需拆分,并輔以
SAME指令
和
SIMU指令
限制,最終結果如
圖4
所示。
▲圖4 CCDC 2211477數據重新處理結果
? 視頻操作演示請參閱:https://www.bilibili.com/video/BV1pz4y1F7Wb ? 結語 通常情況下,無序組分的占有率通過精修自由變量來確定,很少采用直接固定的方式精修,除非有強有力的證據支持,例如元素分析、熱重分析、電荷平衡等,不過這些大多適用于不同物種的共占位無序(如無機化合物中的參雜),游離溶劑(如水等)。像本案例中的構象無序這種的,一般都用自由變量來精修無序占比。(當然,也可以在精修收斂后固定其占有率。) ? 參考文獻 [1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H.
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