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抗體CDR區(qū)序列分析:如何揭示其與抗原的特異性?

2023-10-18 10:02 作者:百泰派克生物科技  | 我要投稿

抗體是免疫系統(tǒng)中的重要分子,具有特異性地與抗原結(jié)合的能力??贵w的可變區(qū)域包括CDR(互補(bǔ)決定區(qū))區(qū),它們對抗原的識別和結(jié)合起著關(guān)鍵作用。了解抗體CDR區(qū)序列分析的重要性,對于理解抗體與抗原之間的特異性結(jié)合機(jī)制至關(guān)重要。

一、CDR區(qū)的功能和序列多樣性

CDR區(qū)由抗體的重鏈和輕鏈組成,分為CDR1、CDR2和CDR3三個(gè)亞區(qū)。它們位于抗體的可變區(qū)域,具有高度可變性和多樣性。CDR區(qū)的序列多樣性決定了抗體的特異性和親和力,因?yàn)樗鼈兺ㄟ^與抗原相互作用來識別和結(jié)合特定的抗原決定簇(Epitope)。

二、CDR區(qū)序列分析的計(jì)算方法

CDR區(qū)序列分析可以通過計(jì)算方法來實(shí)現(xiàn)。計(jì)算方法基于大量已知抗體序列的數(shù)據(jù)庫和模型,利用序列比對、統(tǒng)計(jì)學(xué)方法和機(jī)器學(xué)習(xí)等技術(shù),推斷CDR區(qū)的序列特征和結(jié)構(gòu)特征。這些計(jì)算方法可以揭示CDR區(qū)的序列保守性和變異性,幫助預(yù)測抗體與特定抗原的親和力和特異性。

三、CDR區(qū)序列分析的實(shí)驗(yàn)方法

CDR區(qū)序列分析也可以通過實(shí)驗(yàn)方法來進(jìn)行。其中,單細(xì)胞測序技術(shù)可以用于分析單個(gè)B細(xì)胞的CDR區(qū)序列,從而研究抗體的多樣性和親和力。此外,結(jié)構(gòu)生物學(xué)方法如X射線晶體學(xué)和核磁共振等,可以提供CDR區(qū)結(jié)構(gòu)的高分辨率信息,進(jìn)一步揭示抗體與抗原的特異性結(jié)合機(jī)制。

CDR區(qū)序列分析對于生物藥物研發(fā)具有重要意義。通過分析CDR區(qū)的序列特征,可以優(yōu)化抗體的親和力、特異性和穩(wěn)定性,提高生物藥物的療效和安全性。此外,在免疫學(xué)研究中,CDR區(qū)序列分析可用于研究抗體的免疫應(yīng)答和免疫記憶機(jī)制,以及開發(fā)疫苗和治療方法。

抗體CDR區(qū)序列分析是揭示抗體與抗原特異性結(jié)合的重要方法。通過計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法,我們可以深入了解CDR區(qū)的功能和序列多樣性,并揭示抗體與抗原之間的特異性結(jié)合機(jī)制。

蛋白質(zhì)測序技術(shù)的突破與應(yīng)用在生物制品研發(fā)和生物藥物領(lǐng)域具有重要意義。通過蛋白質(zhì)測序,科學(xué)家們可以更好地了解蛋白質(zhì)的組成和功能,從而推動(dòng)創(chuàng)新藥物的研發(fā)。隨著技術(shù)的進(jìn)步和發(fā)展,蛋白質(zhì)測序技術(shù)將繼續(xù)發(fā)揮關(guān)鍵作用,并為我們探索生物制品的多樣性提供更多的機(jī)會(huì)和挑戰(zhàn)。

? 納米顆粒

? 類病毒顆粒

? 脂質(zhì)體和外泌體

02應(yīng)用

? 識別和檢測蛋白聚體和片段

? 蛋白偶鏈物組分分析

? Biosimilar相似性分析

? 疫苗:分子量/尺寸/數(shù)量密度

? 脂質(zhì)體/外泌體/類病毒顆粒表征

03結(jié)果展示

LC-MS高分辨率分子量檢測結(jié)果

MALDI-TOF 分子量檢測結(jié)果

SEC-MALS 分子量檢測結(jié)果

2. 序列分析

BTP為您提供單蛋白基于Edman降解法的蛋白質(zhì)N端序列檢測、單蛋白和復(fù)雜蛋白基于高分辨質(zhì)譜法(LC-MS/MS)的蛋白質(zhì)N端序列檢測、蛋白C端序列分析以及蛋白全序列分析。

01應(yīng)用場景

? 蛋白質(zhì)、多肽、抗體、疫苗等生物制品的N端、C端及全序列驗(yàn)證分析

? 蛋白質(zhì)翻譯后修飾和化學(xué)修飾分析

? 蛋白質(zhì)、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸序列突變分析

02結(jié)果展示

Edman降解法檢測樣品N端第1位氨基酸

基于LC-MS/MS的蛋白質(zhì)N端序列MS2質(zhì)譜圖

基于LC-MS/MS的蛋白質(zhì)C端序列測定結(jié)果

基于LC-MS/MS的蛋白質(zhì)全序列測定結(jié)果

3. 肽圖分析

BTP基于公司自有的高效液相色譜儀和液質(zhì)聯(lián)用儀,建立了HPLC肽圖和HPLC質(zhì)量肽圖分析平臺,并通過CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,可以為您提供直接的HPLC肽圖/HPLC質(zhì)量肽圖分析服務(wù)和完整的方法學(xué)建立&驗(yàn)證&轉(zhuǎn)讓服務(wù)。

01應(yīng)用場景

? HPLC肽圖分析可以在產(chǎn)品放行檢驗(yàn)的鑒別試驗(yàn)中評價(jià)生產(chǎn)工藝的批間一致性和生產(chǎn)用細(xì)胞基質(zhì)表達(dá)的穩(wěn)定性

? HPLC質(zhì)量肽圖分析可以檢測和監(jiān)控單個(gè)氨基酸改變、氧化、去酰胺化以及其它降解形式;直接檢測常見的生物制品修飾變異,如N端環(huán)化,C端賴氨酸處理,N-糖基化等

02結(jié)果展示

基于反相高效液相色譜法的HPLC肽圖分析結(jié)果

基于質(zhì)譜法的HPLC質(zhì)量肽圖分析結(jié)果

4. 肽段覆蓋率分析

BTP應(yīng)用現(xiàn)有的質(zhì)譜技術(shù)平臺,結(jié)合Nano-LC納升色譜技術(shù),提供以液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜LC-MS/MS為基礎(chǔ)的肽段覆蓋度檢測分析。

01應(yīng)用場景

? 確認(rèn)蛋白的表達(dá)是否完整

? 用于對蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的確認(rèn)

? 通過比較供試品和參比的異同,進(jìn)行批間一致性分析,實(shí)現(xiàn)對藥物表征結(jié)果的準(zhǔn)確評估

02結(jié)果展示

基于LC-MS/MS的肽段覆蓋度分析結(jié)果

二、高級結(jié)構(gòu)分析

1. 二硫鍵定位

BTP提供基于液質(zhì)聯(lián)用高分辨質(zhì)譜儀的二硫鍵定位分析服務(wù),可對多肽鏈內(nèi)/鏈間的一對/多對二硫鍵進(jìn)行鑒定和定位。

01應(yīng)用場景

? 對蛋白多肽類生物制品中的二硫鍵配對情況進(jìn)行定位和相對定量分析

02 案例展示

二硫鍵定位分析肽段二級質(zhì)譜圖

2.圓二色譜(CD)

BTP基于Jasco公司的圓二色譜儀建立分析平臺,用于研究蛋白/多肽等生物制品的二級結(jié)構(gòu)。儀器配備的溫控和滴度模塊可以進(jìn)一步研究溫度、pH值、離子強(qiáng)度等因素對于蛋白折疊狀態(tài)和穩(wěn)定性的影響。

01應(yīng)用場景

? 推斷物質(zhì)的構(gòu)型和構(gòu)象

? 蛋白質(zhì)/多肽等生物制品的二級結(jié)構(gòu)和高級結(jié)構(gòu)信息分析

02案例展示

基于圓二色譜的二級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果

3.氫氘交換(HDX MS)

BTP采用waters先進(jìn)的nanoACQUITY UPLC HD-Exchange System分析系統(tǒng)提供蛋白/多肽等生物制品氫氘交換質(zhì)譜分析服務(wù)。

01應(yīng)用場景

? 蛋白質(zhì)/多肽等生物制品空間構(gòu)象及活性位點(diǎn)研究

? 蛋白質(zhì)/多肽等生物制品空間表位動(dòng)態(tài)變化

? 蛋白質(zhì)/多肽等生物制品與藥物之間的結(jié)合動(dòng)態(tài)研究

? 蛋白質(zhì)間相互作用位點(diǎn)研究

? 蛋白質(zhì)/多肽等突變或其他處理對蛋白質(zhì)/多肽構(gòu)象和動(dòng)力學(xué)的影響

02技術(shù)流程

氫氘交換質(zhì)譜分析示意圖

4.紅外光譜分析(FT-IR)

BTP基于Thermo公司Nicolet系列儀器建立分析平臺,測定樣品中蛋白和多肽等生物制品的紅外光譜,并進(jìn)行后續(xù)的基線校正、Gaussian去卷積、二階導(dǎo)數(shù)擬合。

01應(yīng)用場景

? 根據(jù)峰面積確定樣品中蛋白和多肽的二級結(jié)構(gòu)信息

02結(jié)果展示

人血清白蛋白去卷積紅外圖譜

5.熱穩(wěn)定行分析(DSC)

BTP配備了Malvern Panalytical公司的MicroCal VP-Capillary DSC系統(tǒng)。該自動(dòng)化、集成式高通量平臺可以應(yīng)用于:

01應(yīng)用場景

? 鑒定和選擇生物治療藥物開發(fā)過程中最穩(wěn)定的蛋白質(zhì)或潛在候選藥物

? 配體相互作用研究

? 純化和生產(chǎn)條件的快速優(yōu)化

? 簡易、快速確定液體制劑的最佳條件

? 對用于篩選的靶蛋白進(jìn)行快速穩(wěn)定性指示分析

02結(jié)果展示

熱穩(wěn)定性分析結(jié)果

6.自由巰基定量

BTP基于Ellman法建立了自由巰基定量檢測平臺,通過CNAS認(rèn)證,具備完整的方法學(xué)開發(fā)、驗(yàn)證和檢測能力。

01應(yīng)用場景

? 對自由巰基的含量進(jìn)行檢測,可以在工藝早期對細(xì)胞系進(jìn)行篩選,對于蛋白的結(jié)構(gòu)研究也具有一定意義

02結(jié)果展示

用半胱氨酸標(biāo)準(zhǔn)品定量自由巰基

三、電荷異質(zhì)性分析

1.等電點(diǎn)測定

BTP基于CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量認(rèn)證體系,根據(jù)毛細(xì)管等電聚焦(cIEF)和等電聚焦(IEF)原理,建立了針對于不同類別生物制品的蛋白等電點(diǎn)檢測平臺,可實(shí)現(xiàn)對蛋白、抗體、疫苗、多肽、膠原蛋白等的等電點(diǎn)精確測定。

01應(yīng)用場景

? 用于多種氨基酸、多肽、重組蛋白、膠原蛋白、抗體、疫苗等生物制品等電點(diǎn)測定

02結(jié)果展示

基于cIEF法的單抗樣品等電點(diǎn)檢測結(jié)果

基于IEF法的膠原蛋白樣品等電點(diǎn)測定結(jié)果

2.糖基化修飾分析

BTP開發(fā)了一系列穩(wěn)定且高效的液相色譜高分辨質(zhì)譜(LC-MS/MS)表征方法。這些方法涵蓋了從糖鏈分析到糖基化位點(diǎn)鑒定,再到糖肽解析的完整分析流程,能夠準(zhǔn)確分析寡糖的結(jié)構(gòu),為糖基化研究提供了強(qiáng)大的工具和技術(shù)支持。

01應(yīng)用場景

? 糖基化位點(diǎn)的定位,即蛋白質(zhì)中哪些位點(diǎn)發(fā)生了糖基化修飾

? 區(qū)分N糖基化位點(diǎn)和O糖基化位點(diǎn),以確定糖鏈修飾的類型

? 獲取每個(gè)N糖基化位點(diǎn)對應(yīng)的糖鏈組成、結(jié)構(gòu)和相對含量信息

? 獲取每個(gè)O糖基化位點(diǎn)對應(yīng)的糖鏈組成和相對含量信息

02結(jié)果展示

糖基化修飾類別

每一個(gè)糖基化位點(diǎn)各種糖型比例

N糖基化位點(diǎn)二級圖

O糖基化位點(diǎn)二級圖

四、雜質(zhì)分析

1. 純度及產(chǎn)品相關(guān)雜質(zhì)分析

BTP基于公司已經(jīng)建立的理化分析平臺和結(jié)構(gòu)表征平臺(包括尺寸排阻色譜(SEC)、SDS-PAGE、CE-SDS、毛細(xì)管等電聚焦(cIEF)和離子色譜)可以實(shí)現(xiàn)對分子大小變異體以及電荷變異體的分離和全面表征分析。

01應(yīng)用場景

? 檢測因分子聚集或者斷裂產(chǎn)生的分子大小變異體

? 檢測因脫酰胺、氧化、糖基化、糖化、N末端或者C末端的變化、三維結(jié)構(gòu)的喪失或者二硫鍵的還原等原因造成的電荷異構(gòu)體

02結(jié)果展示

基于尺寸排阻色譜(SEC)的大小變異體分析

基于CE-SDS的大小變異體分析

基于離子色譜的電荷變異體分析

2. 宿主殘留蛋白(HCP)分析

1)HCP含量檢測

BTP基于酶聯(lián)免疫吸附法(ELISA)和液質(zhì)聯(lián)用高分辨質(zhì)譜法(LC-MS/MS)建立了針對HCP的定性鑒定、相對定量和絕對定量分析平臺。

01應(yīng)用場景

? 鑒定出生物制品中包含的每一個(gè)HCP具體名稱、pI、MW的信息,篩選高風(fēng)險(xiǎn)HCP,提供工藝優(yōu)化的線索

? 實(shí)現(xiàn)對某些特定HCP(幾個(gè)到幾十個(gè)均可)的相對和絕對含量測定

? 對生物制品中所有HCP總量進(jìn)行絕對定量分析

02結(jié)果展示

基于ELISA的HCP含量分析

基于LC-MS/MS的脂肪酶 HCP 定量結(jié)果

2)抗體覆蓋率分析

百泰派克生物科技結(jié)合法規(guī)和實(shí)際應(yīng)用,建立了2D-WB、2D-DIGE、AAE-2D、AAE-nanoLC-MS/MS四種HCP抗體覆蓋率分析技術(shù)平臺,確保HCP抗體的有效性。

01應(yīng)用場景

? 評估抗體的特異性和敏感性,以確保它們能夠準(zhǔn)確地檢測目標(biāo)HCP

? 確保使用的抗體不會(huì)與非目標(biāo)蛋白(例如藥物本身)發(fā)生交叉反應(yīng)

? 確保能夠檢測到所有可能的HCP,可以降低藥物中含有有害HCP的風(fēng)險(xiǎn),從而提高藥物的安全性

02結(jié)果展示

基于2D DIGE分析抗體對總蛋白的覆蓋度

基于AAE-nanoLC-MS/MS 的抗體覆蓋率分析

五、從頭測序

BTP基于高分辨率質(zhì)譜儀Obitrap Fusion Lumos,結(jié)合豐富的生物信息學(xué)分析經(jīng)驗(yàn),建立了全新一代蛋白從頭測序和突變分析(De Novo Sequencing)平臺,能夠?qū)崿F(xiàn)對蛋白質(zhì)序列和突變 進(jìn)行快速準(zhǔn)確的分析。

01應(yīng)用場景

? 確認(rèn)新的具有潛在的治療效果的蛋白質(zhì)或多肽的精確序列

? 在單克隆抗體藥物的開發(fā)中,從頭測序可以確??贵w的變量區(qū)域(即識別特定抗原的部分)的序列正確無誤


多肽從頭測序質(zhì)譜圖


單克隆抗體從頭測序

六、mRNA分析


BTP基于液質(zhì)聯(lián)用高分辨平臺提供mRNA加帽效率分析和3’Poly(A)長度和分布分析服務(wù)。

01 應(yīng)用場景

? mRNA疫苗的開發(fā)和優(yōu)化

? mRNA疫苗的質(zhì)量控制

? mRNA的轉(zhuǎn)錄和翻譯機(jī)制

02結(jié)果展示

mRNA 3’Poly(A)片段去卷積質(zhì)譜圖

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等專業(yè)服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循CDE、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過 CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,軟件審計(jì)追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,專業(yè)提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白質(zhì)組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!





























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