《母巢之戰(zhàn)》的劇情由克里斯·梅森設(shè)計，延續(xù)在《星際爭霸》劇情之后，通過游戲內(nèi)的任務(wù)摘要、對話、關(guān)鍵點上的過場動畫以及游戲手冊向玩家呈現(xiàn)。游戲情節(jié)設(shè)定于公元26世紀(jì)初，發(fā)生在銀河系中心的克普魯星區(qū)。在劇情開始之前，從地球流放出來的人族建立了數(shù)個政權(quán)，而人族帝國最終在一場公會戰(zhàn)爭中取得勝利。但此時地球上的國際組織地球聯(lián)合理事會派出了一支遠征艦隊，意圖掃清整個星區(qū)。與此同時，主宰率領(lǐng)的蟲族也入侵了神族的母星艾爾，但最終神族殺死了蟲族主宰。艾爾上的蟲族仍在肆虐，幾只腦蟲正在試圖合成一個新的主宰?！赌赋仓畱?zhàn)》的劇情發(fā)生在《星際爭霸》結(jié)束的兩天之后。劇情分為三個章節(jié)，依次以神族、人族和蟲族為故事主線。

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